285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2545 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2545  trans-aconitate 2-methyltransferase  100 
 
 
272 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00229105 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3170  trans-aconitate 2-methyltransferase  99.22 
 
 
258 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.781198  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3371  trans-aconitate 2-methyltransferase  95.74 
 
 
258 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.362106 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2216  trans-aconitate 2-methyltransferase  91.09 
 
 
258 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.414358  normal  0.438361 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3508  trans-aconitate 2-methyltransferase  62.84 
 
 
257 aa  329  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.510981  normal  0.74985 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2002  Trans-aconitate 2-methyltransferase  63.67 
 
 
258 aa  321  1e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.681077 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2203  trans-aconitate 2-methyltransferase  62.5 
 
 
258 aa  317  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.968625  hitchhiker  0.00608144 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3459  trans-aconitate 2-methyltransferase  59.23 
 
 
256 aa  312  3e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.064868  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1327  trans-aconitate methyltransferase, putative  57.31 
 
 
256 aa  310  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3612  methyltransferase type 11  57.69 
 
 
256 aa  303  1e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5169  trans-aconitate 2-methyltransferase  59.53 
 
 
262 aa  301  8e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2805  trans-aconitate 2-methyltransferase  59.38 
 
 
261 aa  298  5e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3331  trans-aconitate 2-methyltransferase  58.37 
 
 
262 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.911002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4124  trans-aconitate 2-methyltransferase  58.2 
 
 
261 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2425  trans-aconitate 2-methyltransferase  55.04 
 
 
253 aa  277  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.576064 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3392  trans-aconitate 2-methyltransferase  59.35 
 
 
221 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4775  trans-aconitate 2-methyltransferase  59.24 
 
 
253 aa  253  2e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0941  trans-aconitate 2-methyltransferase  47.91 
 
 
256 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.842807  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1142  trans-aconitate 2-methyltransferase  49.81 
 
 
258 aa  244  8e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5330  trans-aconitate 2-methyltransferase  49.23 
 
 
260 aa  243  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0827  trans-aconitate 2-methyltransferase  48.08 
 
 
256 aa  241  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5272  trans-aconitate 2-methyltransferase  51.16 
 
 
257 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1922  trans-aconitate 2-methyltransferase  47.33 
 
 
256 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.146762  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2481  trans-aconitate 2-methyltransferase  47.71 
 
 
256 aa  236  4e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0101749  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2909  trans-aconitate 2-methyltransferase  47.31 
 
 
256 aa  235  5e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0465109  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1498  trans-aconitate 2-methyltransferase  48.05 
 
 
258 aa  233  2e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  6.87545e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1770  trans-aconitate 2-methyltransferase  47.66 
 
 
258 aa  233  4e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.80921e-10  hitchhiker  0.00972565 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3467  Trans-aconitate 2-methyltransferase  46.51 
 
 
257 aa  232  4e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1603  trans-aconitate 2-methyltransferase  47.66 
 
 
258 aa  233  4e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.463552  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1719  trans-aconitate 2-methyltransferase  46.09 
 
 
255 aa  232  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0581  trans-aconitate 2-methyltransferase  46.77 
 
 
257 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423521  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1455  trans-aconitate 2-methyltransferase  46.33 
 
 
255 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1410  trans-aconitate 2-methyltransferase  46.33 
 
 
255 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3451  trans-aconitate 2-methyltransferase  45.8 
 
 
256 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4126  trans-aconitate 2-methyltransferase  45.59 
 
 
256 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.613741  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2136  trans-aconitate 2-methyltransferase  47.13 
 
 
256 aa  228  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000208135  decreased coverage  0.00294275 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5925  Methyltransferase type 11  48.06 
 
 
258 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2207  trans-aconitate 2-methyltransferase  45.98 
 
 
260 aa  222  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1433  trans-aconitate 2-methyltransferase  45.45 
 
 
259 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1653  trans-aconitate 2-methyltransferase  43.75 
 
 
252 aa  214  9e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.217982  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01476  trans-aconitate 2-methyltransferase  44.14 
 
 
252 aa  214  1e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2127  Trans-aconitate 2-methyltransferase  44.14 
 
 
252 aa  214  1e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10768  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01487  hypothetical protein  44.14 
 
 
252 aa  214  1e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2139  trans-aconitate 2-methyltransferase  44.14 
 
 
252 aa  214  1e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1719  trans-aconitate 2-methyltransferase  43.75 
 
 
252 aa  214  1e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.335531  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1601  trans-aconitate 2-methyltransferase  43.75 
 
 
252 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.767111  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1690  trans-aconitate 2-methyltransferase  44.76 
 
 
243 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00892197  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2132  trans-aconitate 2-methyltransferase  43.75 
 
 
252 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.523623  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2280  trans-aconitate 2-methyltransferase  43.8 
 
 
258 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2430  trans-aconitate 2-methyltransferase  44.32 
 
 
268 aa  202  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10909  conserved hypothetical protein  44.54 
 
 
333 aa  203  3e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00364748  normal  0.0877124 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2790  trans-aconitate 2-methyltransferase  43.41 
 
 
258 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.513297  normal  0.178369 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2018  trans-aconitate 2-methyltransferase  42.19 
 
 
252 aa  198  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00947857  normal  0.156367 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0992  Trans-aconitate 2-methyltransferase  41.79 
 
 
294 aa  197  2e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17170  trans-aconitate methyltransferase  41.41 
 
 
255 aa  184  1e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00821566  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3620  Trans-aconitate 2-methyltransferase  61.97 
 
 
201 aa  184  2e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0386  trans-aconitate 2-methyltransferase  38.13 
 
 
254 aa  171  8e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0397352  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0374  trans-aconitate 2-methyltransferase  38.13 
 
 
254 aa  171  8e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.603842  normal  0.758289 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0395  trans-aconitate 2-methyltransferase  38.13 
 
 
254 aa  171  8e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.578699 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4083  Trans-aconitate 2-methyltransferase  38.08 
 
 
257 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.30188 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1297  trans-aconitate 2-methyltransferase  37.4 
 
 
249 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3156  trans-aconitate 2-methyltransferase  40.6 
 
 
258 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.397868 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1778  trans-aconitate 2-methyltransferase  39.53 
 
 
265 aa  169  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.525506  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13820  trans-aconitate 2-methyltransferase  38.76 
 
 
255 aa  169  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.535788 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3852  trans-aconitate 2-methyltransferase  39.61 
 
 
269 aa  167  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.223127  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8614  Trans-aconitate 2-methyltransferase  39.69 
 
 
250 aa  166  3e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0316  trans-aconitate 2-methyltransferase  36.96 
 
 
255 aa  163  2e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.224637  normal  0.898974 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10301  trans-aconitate 2-methyltransferase  35.91 
 
 
261 aa  163  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0338576  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0425  trans-aconitate 2-methyltransferase  39.08 
 
 
254 aa  162  4e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.500195  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4574  Trans-aconitate 2-methyltransferase  36.33 
 
 
255 aa  161  9e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1765  trans-aconitate 2-methyltransferase  38.37 
 
 
264 aa  161  9e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.736943  hitchhiker  0.00277995 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0077  trans-aconitate methyltransferase  38.43 
 
 
258 aa  157  1e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0119  Trans-aconitate 2-methyltransferase  38.11 
 
 
268 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.464742  normal  0.645262 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0608  Trans-aconitate 2-methyltransferase  37.69 
 
 
262 aa  152  6e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0288273  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2673  trans-aconitate methyltransferase  36.26 
 
 
280 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1621  trans-aconitate methyltransferase  35.88 
 
 
344 aa  147  2e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.898496  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3158  trans-aconitate 2-methyltransferase  36.96 
 
 
252 aa  147  2e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2668  hypothetical protein  36.26 
 
 
275 aa  145  7e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31370  hypothetical protein  35.88 
 
 
275 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14144  hitchhiker  1.0613e-14 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2075  trans-aconitate 2-methyltransferase  34.22 
 
 
287 aa  144  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.864232  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0567  trans-aconitate 2-methyltransferase  37.25 
 
 
293 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.445388  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0640  Trans-aconitate 2-methyltransferase  38.37 
 
 
252 aa  141  9e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1276  trans-aconitate 2-methyltransferase  33.59 
 
 
271 aa  140  2e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281343  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0644  Trans-aconitate 2-methyltransferase  37.45 
 
 
253 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.069805 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1816  Trans-aconitate 2-methyltransferase  34.23 
 
 
259 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.17275e-11 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6020  Trans-aconitate 2-methyltransferase  32.31 
 
 
252 aa  130  2e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3059  Trans-aconitate 2-methyltransferase  32.57 
 
 
255 aa  129  4e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000652441 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11260  trans-aconitate methyltransferase  31.69 
 
 
307 aa  122  6e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.22553  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1351  Trans-aconitate 2-methyltransferase  30.5 
 
 
254 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0825265 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3939  trans-aconitate 2-methyltransferase  25.93 
 
 
255 aa  105  8e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0474  trans-aconitate 2-methyltransferase  33.33 
 
 
277 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.901578 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4335  trans-aconitate 2-methyltransferase  28.79 
 
 
254 aa  97.1  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1955  methyltransferase type 11  27.68 
 
 
268 aa  79  7e-14  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0024  biotin biosynthesis protein BioC  33.83 
 
 
283 aa  71.2  1e-11  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00323673  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1742  Methyltransferase type 11  32.86 
 
 
247 aa  69.7  5e-11  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.455146  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1523  methyltransferase type 11  25.32 
 
 
263 aa  69.3  6e-11  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.409061  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1516  methyltransferase type 11  25.32 
 
 
263 aa  69.3  6e-11  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0145455  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1530  methyltransferase type 11  25.32 
 
 
263 aa  69.3  6e-11  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2012  Methyltransferase type 11  22.22 
 
 
263 aa  65.9  8e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  8.02206e-05  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0112  Methyltransferase type 11  25.41 
 
 
258 aa  65.1  1e-09  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.387929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>