More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2475 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
197 aa  414  1e-115  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  74.48 
 
 
194 aa  302  2e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  73.96 
 
 
194 aa  296  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  67.88 
 
 
194 aa  264  6e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  60.1 
 
 
194 aa  247  7e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  52.91 
 
 
200 aa  219  2e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.47212e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  54.4 
 
 
198 aa  217  9e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  53.89 
 
 
198 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  53.89 
 
 
198 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  53.89 
 
 
198 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  54.5 
 
 
200 aa  214  5e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  54.26 
 
 
206 aa  214  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  53.3 
 
 
202 aa  213  1e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  54.79 
 
 
206 aa  211  5e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  51.78 
 
 
198 aa  208  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  53.72 
 
 
206 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  51.78 
 
 
198 aa  208  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  52.6 
 
 
196 aa  209  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  54.26 
 
 
206 aa  208  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  53.72 
 
 
206 aa  206  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  48.45 
 
 
195 aa  206  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  53.72 
 
 
206 aa  206  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  53.72 
 
 
206 aa  206  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  51.27 
 
 
198 aa  205  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17006e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  50.76 
 
 
198 aa  203  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  49.52 
 
 
206 aa  202  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  48.44 
 
 
199 aa  198  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  52.41 
 
 
200 aa  199  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 
196 aa  198  4e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  50.76 
 
 
201 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 
193 aa  191  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  55.08 
 
 
311 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
200 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
200 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
200 aa  183  1e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
200 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
200 aa  183  1e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
200 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
247 aa  183  2e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  49.22 
 
 
193 aa  182  2e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  48.19 
 
 
193 aa  181  4e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  47.87 
 
 
196 aa  177  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  45.99 
 
 
206 aa  175  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  3.6044e-05 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  46.07 
 
 
209 aa  175  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  44.27 
 
 
199 aa  174  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  44.27 
 
 
199 aa  173  1e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
199 aa  172  3e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  43.23 
 
 
199 aa  171  8e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  43.23 
 
 
199 aa  171  8e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  43.23 
 
 
199 aa  171  8e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.15862e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  43.23 
 
 
199 aa  171  8e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  46.52 
 
 
222 aa  171  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 
199 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
199 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 
199 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
199 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
199 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  46.28 
 
 
209 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
199 aa  168  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  44.27 
 
 
212 aa  162  2e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  44.92 
 
 
199 aa  160  8e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  44.92 
 
 
199 aa  160  8e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.86036e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  44.92 
 
 
199 aa  160  8e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.39552e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
196 aa  159  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  43.16 
 
 
212 aa  156  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  39.25 
 
 
190 aa  148  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.52 
 
 
171 aa  144  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  7.98557e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  41.52 
 
 
171 aa  144  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  4.76829e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
212 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
212 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
186 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
212 aa  102  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
212 aa  99.8  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 
192 aa  98.6  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
211 aa  98.2  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  31.58 
 
 
196 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  30.39 
 
 
198 aa  96.3  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
186 aa  95.9  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  32.46 
 
 
196 aa  94.4  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 
214 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
212 aa  91.7  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
212 aa  91.3  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  30.68 
 
 
213 aa  90.9  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
210 aa  90.9  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  29.83 
 
 
219 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
220 aa  89  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.82515e-09 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
200 aa  88.6  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
191 aa  88.2  8e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
196 aa  87.8  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
205 aa  87.8  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 
193 aa  87.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
215 aa  87  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
209 aa  85.9  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  31.28 
 
 
209 aa  85.1  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
221 aa  85.1  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  30.34 
 
 
222 aa  83.2  2e-15  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
214 aa  82.4  4e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
196 aa  82.4  4e-15  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
176 aa  82  6e-15  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 
190 aa  81.6  7e-15  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>