292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2467 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3223  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
64 aa  125  2e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2467  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
64 aa  125  2e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00110477  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3479  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
64 aa  125  2e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0370445  normal  0.0138501 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1969  50S ribosomal protein L35  95.31 
 
 
64 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00375988  hitchhiker  0.00635162 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2164  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.05441e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1933  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  7.71602e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2380  ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113129  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1978  50S ribosomal protein L35  93.75 
 
 
64 aa  120  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0378736  normal  0.0703875 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20440  50S ribosomal protein L35  90.62 
 
 
64 aa  115  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.836721  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28670  50S ribosomal protein L35  82.81 
 
 
64 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.7021e-09 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2506  50S ribosomal protein L35  82.81 
 
 
64 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.684912  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1579  50S ribosomal protein L35  76.19 
 
 
64 aa  93.6  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2059  ribosomal protein L35  73.33 
 
 
63 aa  87  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.617937  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1801  50S ribosomal protein L35  67.21 
 
 
64 aa  82.4  2e-15  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00132404  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2301  50S ribosomal protein L35  72.88 
 
 
65 aa  79.7  1e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000837102  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2318  50S ribosomal protein L35  71.19 
 
 
65 aa  79  2e-14  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.44382e-09  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1998  50S ribosomal protein L35  69.49 
 
 
65 aa  77  7e-14  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0506186  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02081  50S ribosomal protein L35  67.21 
 
 
64 aa  75.5  2e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003714  LSU ribosomal protein L35p  65.57 
 
 
64 aa  74.7  3e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.81829e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1758  50S ribosomal protein L35  65.57 
 
 
64 aa  72  2e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0940  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  72.8  2e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.54984e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0695  ribosomal protein L35  62.9 
 
 
65 aa  72  3e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0980955  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0914  ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  71.6  3e-12  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  66.13 
 
 
65 aa  70.5  8e-12  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0489  ribosomal protein L35  64.52 
 
 
65 aa  69.3  1e-11  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2497  50S ribosomal protein L35  64.52 
 
 
65 aa  69.7  1e-11  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00340395  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1665  50S ribosomal protein L35  64.52 
 
 
65 aa  69.7  1e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1707  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  68.9  2e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0213276  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2489  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  68.9  2e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.37036e-06  hitchhiker  7.46157e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2026  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  68.9  2e-11  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0783263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2328  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  67.8  4e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  8.25235e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2220  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  67.8  4e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.30929e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2595  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  67.8  4e-11  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.19025e-07  hitchhiker  0.00116473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2186  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  67.8  4e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.22256e-05  normal  0.0355999 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2150  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  67.8  4e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.91739e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2016  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  67.8  5e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.10298e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1009  50S ribosomal protein L35P  62.9 
 
 
65 aa  67.8  5e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0922518  hitchhiker  0.0085078 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2217  ribosomal protein L35  61.29 
 
 
94 aa  67.4  6e-11  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000246908  normal  0.126884 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1908  ribosomal protein L35  56.25 
 
 
66 aa  67.4  6e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2030  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  67  9e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  7.22543e-05  hitchhiker  2.19314e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2019  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.6  1e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000101706  normal  0.0487659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2045  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.6  1e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.99534e-09  hitchhiker  0.00708309 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1957  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.6  1e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.32572e-07  normal  0.347549 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2301  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.6  1e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1767  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.6  1e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.52967e-08  normal  0.0187188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2122  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  66.2  1e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.15801e-07  normal  0.0294636 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2907  ribosomal protein L35  58.06 
 
 
101 aa  66.2  1e-10  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471347  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2097  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  66.2  2e-10  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1614  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
64 aa  65.9  2e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.48702e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0561  hypothetical protein  54.69 
 
 
64 aa  65.9  2e-10  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0100298 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2241  50S ribosomal protein L35  59.68 
 
 
65 aa  65.5  3e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00115942  hitchhiker  0.00480689 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2612  50S ribosomal protein L35  59.68 
 
 
65 aa  65.5  3e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0594985  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0365  50S ribosomal protein L35P  59.68 
 
 
65 aa  65.1  3e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  2.90331e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01385  50S ribosomal protein L35  56.45 
 
 
65 aa  64.7  4e-10  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2018  50S ribosomal protein L35  56.45 
 
 
65 aa  64.7  4e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1420  ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  64.7  4e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.90106e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2261  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
64 aa  64.7  4e-10  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.46297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0766  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  64.7  5e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2803  50S ribosomal protein L35  56.45 
 
 
65 aa  63.9  7e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0026  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  63.9  8e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0493  ribosomal protein L35  55.74 
 
 
63 aa  63.2  1e-09  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1338  ribosomal protein L35  53.23 
 
 
73 aa  63.2  1e-09  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1142  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  63.5  1e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.61072e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1413  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  63.5  1e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.96271e-12  normal  0.451536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0995  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1477  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.567723  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1094  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0139822  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2593  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1892  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265203  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1537  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1454  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.190157  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1401  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158617  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1556  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1737  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.713888  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4617  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00520028  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1714  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.143899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0965  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.511335  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0216  50S ribosomal protein L35  53.97 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.59393e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1361  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
81 aa  61.6  3e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.531997  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0621  ribosomal protein L35  54.69 
 
 
68 aa  62  3e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1644a  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
64 aa  62  3e-09  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00277503  normal  0.0564408 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2641  50S ribosomal protein L35  58.73 
 
 
66 aa  61.2  4e-09  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1223  ribosomal protein L35  58.73 
 
 
64 aa  61.2  4e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00194553  hitchhiker  0.00674467 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2768  50S ribosomal protein L35  58.73 
 
 
66 aa  61.2  4e-09  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3023  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  61.2  5e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1373  50S ribosomal protein L35  56.45 
 
 
65 aa  61.2  5e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140505  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2852  50S ribosomal protein L35  53.23 
 
 
67 aa  60.8  6e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0103934 
 
 
-
 
NC_002950  PG0990  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  60.8  6e-09  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2675  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  60.5  9e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.227493 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0799  50S ribosomal protein L35  51.61 
 
 
66 aa  60.1  1e-08  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2104  50S ribosomal protein L35  53.23 
 
 
67 aa  59.7  1e-08  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365417  normal  0.232505 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2399  ribosomal protein L35  54.84 
 
 
63 aa  60.1  1e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00298171  normal  0.367465 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1162  50S ribosomal protein L35  53.23 
 
 
65 aa  60.1  1e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245099  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2754  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  59.7  1e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.10263  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  54.84 
 
 
65 aa  58.9  2e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3755  ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  59.3  2e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00241542 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2306  ribosomal protein L35  51.61 
 
 
65 aa  59.3  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0184658  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1771  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
66 aa  59.3  2e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  6.08449e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1737  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
66 aa  59.3  2e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  6.17441e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0045  ribosomal protein L35  50 
 
 
65 aa  58.9  2e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>