More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2408 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  100 
 
 
425 aa  832  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  94 
 
 
417 aa  679  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  99.53 
 
 
464 aa  827  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  67.83 
 
 
423 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  67.83 
 
 
423 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  5.29043e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  67.83 
 
 
423 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  69.55 
 
 
394 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  65.85 
 
 
408 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  65.36 
 
 
408 aa  477  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  61.4 
 
 
415 aa  471  1e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  53.63 
 
 
416 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  50.12 
 
 
428 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  50.65 
 
 
428 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  44.64 
 
 
438 aa  264  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  40.36 
 
 
426 aa  240  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  43.77 
 
 
425 aa  236  6e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  37.44 
 
 
418 aa  232  8e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  39.31 
 
 
421 aa  230  4e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  37.2 
 
 
418 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.96082e-06  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  39.07 
 
 
440 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  40.11 
 
 
451 aa  219  7e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  37.5 
 
 
458 aa  213  6e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  41.14 
 
 
431 aa  213  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  42.46 
 
 
441 aa  210  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  37.4 
 
 
443 aa  207  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  39.63 
 
 
433 aa  206  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  39.59 
 
 
435 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  39.34 
 
 
439 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  39.34 
 
 
439 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  39.29 
 
 
437 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  37.67 
 
 
443 aa  203  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  39.38 
 
 
443 aa  201  2e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  36.36 
 
 
472 aa  200  4e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  39.38 
 
 
461 aa  200  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  39.38 
 
 
461 aa  200  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  39.38 
 
 
461 aa  200  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  39.38 
 
 
452 aa  200  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  39.38 
 
 
461 aa  200  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  39.38 
 
 
443 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  35.06 
 
 
471 aa  198  2e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  39.66 
 
 
442 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  39.63 
 
 
444 aa  189  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  36.32 
 
 
436 aa  173  4e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  31.78 
 
 
424 aa  156  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  33.75 
 
 
438 aa  153  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  31.97 
 
 
423 aa  149  9e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  34.85 
 
 
423 aa  148  2e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  32.14 
 
 
422 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4530  outer membrane efflux protein  33.09 
 
 
425 aa  143  7e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3648  outer membrane efflux protein  30.05 
 
 
424 aa  137  3e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  29.76 
 
 
423 aa  133  7e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  30.02 
 
 
423 aa  131  2e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  29.76 
 
 
423 aa  130  4e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1455  Outer membrane efflux protein  28.93 
 
 
423 aa  128  2e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.170729  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  29.73 
 
 
423 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  28.4 
 
 
431 aa  122  1e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  31.88 
 
 
433 aa  121  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  29.48 
 
 
432 aa  120  5e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  28.64 
 
 
437 aa  120  5e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  29.22 
 
 
432 aa  120  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4156  outer membrane efflux protein  27.19 
 
 
446 aa  115  1e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.283296 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3507  Outer membrane efflux protein  29.38 
 
 
435 aa  115  1e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  30.79 
 
 
420 aa  111  2e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0828  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  30.19 
 
 
428 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3371  outer membrane efflux protein  29.38 
 
 
407 aa  109  7e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.252246  normal  0.409086 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  29.05 
 
 
432 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2373  HelC protein  25.06 
 
 
414 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3455  outer membrane efflux protein  24.94 
 
 
449 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414344  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0502  outer membrane efflux protein  28.15 
 
 
433 aa  107  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  23.76 
 
 
416 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  27.42 
 
 
422 aa  103  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2353  chemiosmotic efflux system C protein C  28.43 
 
 
437 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  29.56 
 
 
485 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2075  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  27.85 
 
 
437 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  32.22 
 
 
435 aa  100  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2609  outer membrane efflux protein  32.37 
 
 
425 aa  100  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  26.11 
 
 
453 aa  99  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  30.18 
 
 
437 aa  97.1  5e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  29.48 
 
 
434 aa  96.7  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2065  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  27.32 
 
 
441 aa  95.5  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  26.35 
 
 
448 aa  95.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3766  cation efflux system protein  26.46 
 
 
415 aa  95.5  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0385  outer membrane efflux protein  25.37 
 
 
474 aa  94  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2447  outer membrane efflux protein  33.24 
 
 
423 aa  92  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  25.24 
 
 
437 aa  92  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2148  outer membrane efflux protein  33.33 
 
 
400 aa  90.5  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00372  putative RND efflux system protein  25.33 
 
 
426 aa  89  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0276  outer membrane efflux protein  28.88 
 
 
449 aa  88.6  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0967709  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2628  Outer membrane efflux protein  26.46 
 
 
432 aa  87.4  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.753633 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0516  outer membrane efflux protein  27.07 
 
 
413 aa  87.4  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4120  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin HmyC  27.18 
 
 
460 aa  87  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0294  Outer membrane efflux protein  27.03 
 
 
420 aa  86.7  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2294  outer membrane efflux protein  31.87 
 
 
409 aa  85.9  1e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02027  putative RND efflux system protein  26.4 
 
 
413 aa  85.5  1e-15  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1582  outer membrane efflux protein  25.47 
 
 
523 aa  84.7  2e-15  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4684  outer membrane efflux protein  29.83 
 
 
448 aa  84.7  3e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.307779 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3607  outer membrane efflux protein  29.83 
 
 
448 aa  84.7  3e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0150  Outer membrane efflux protein  28.64 
 
 
415 aa  84.3  3e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.921658  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1957  putative RND efflux system protein  24.11 
 
 
444 aa  84.7  3e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2254  Outer membrane efflux protein  27.7 
 
 
436 aa  84.7  3e-15  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>