More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2355 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3340  response regulator receiver protein  100 
 
 
153 aa  297  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2355  response regulator receiver protein  100 
 
 
153 aa  297  4e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1955  response regulator receiver protein  98.69 
 
 
153 aa  293  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.205931  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1795  response regulator receiver protein  96.73 
 
 
153 aa  287  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225692 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3142  response regulator receiver protein  81.21 
 
 
164 aa  238  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.460947  normal  0.158986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2794  response regulator receiver protein  81.21 
 
 
155 aa  237  6e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.531019 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1813  response regulator receiver protein  70.83 
 
 
156 aa  210  7e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2205  response regulator receiver protein  73.76 
 
 
153 aa  209  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0837995  normal  0.255714 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0540  response regulator receiver protein  67.38 
 
 
153 aa  199  1e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4269  response regulator receiver protein  66.67 
 
 
153 aa  197  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.306283 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1283  response regulator receiver protein  67.61 
 
 
153 aa  194  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0282174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0974  response regulator receiver protein  62.76 
 
 
162 aa  186  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3286  response regulator receiver protein  62.76 
 
 
162 aa  184  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0934  response regulator receiver protein  59.29 
 
 
160 aa  177  4e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.152024  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3434  response regulator receiver protein  53.57 
 
 
146 aa  163  7e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0662678 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1826  response regulator receiver domain-containing protein  55.24 
 
 
148 aa  161  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04305  two-component system regulatory protein  53.57 
 
 
146 aa  160  8e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3011  response regulator receiver protein  53.9 
 
 
145 aa  155  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0415054  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4420  response regulator receiver protein  52.48 
 
 
149 aa  149  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.390394 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2153  response regulator receiver protein  54.81 
 
 
167 aa  148  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0689732  normal  0.426146 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0092  response regulator receiver protein  54.61 
 
 
152 aa  149  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1192  response regulator receiver domain-containing protein  53.19 
 
 
147 aa  146  1e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0582118  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1757  response regulator receiver  49.3 
 
 
149 aa  145  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.282821  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1115  response regulator receiver protein  52.45 
 
 
149 aa  144  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0290  response regulator receiver protein  49.65 
 
 
151 aa  142  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.40993e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2566  two component signal transduction response regulator  50.34 
 
 
151 aa  135  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3218  response regulator receiver domain-containing protein  46.43 
 
 
150 aa  130  4e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.02211e-09  hitchhiker  0.000261654 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3261  response regulator  48.25 
 
 
150 aa  129  1e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4198  response regulator receiver domain-containing protein  47.1 
 
 
146 aa  129  1e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2298  response regulator receiver domain-containing protein  47.55 
 
 
146 aa  129  2e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12586  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2693  response regulator receiver protein  47.86 
 
 
154 aa  128  3e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2131  response regulator receiver protein  47.83 
 
 
148 aa  127  4e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.159262  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2198  response regulator receiver protein  50 
 
 
152 aa  127  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.718868  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1954  response regulator receiver protein  47.1 
 
 
146 aa  126  1e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0679  response regulator receiver protein  47.45 
 
 
144 aa  125  2e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145382  normal  0.0176538 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2451  response regulator receiver  42.75 
 
 
148 aa  125  2e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.694561  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0554  response regulator receiver protein  45.26 
 
 
156 aa  125  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0449  response regulator receiver protein  47.83 
 
 
146 aa  124  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2409  response regulator receiver protein  48.09 
 
 
151 aa  124  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2262  response regulator receiver protein  47.1 
 
 
146 aa  124  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3060  response regulator receiver protein  45.59 
 
 
147 aa  123  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.527476  hitchhiker  0.00457067 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1811  response regulator receiver protein  44.93 
 
 
153 aa  122  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.121023 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0708  response regulator receiver protein  45.71 
 
 
154 aa  121  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4344  response regulator receiver domain-containing protein  42.75 
 
 
146 aa  121  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.676678  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2540  response regulator receiver protein  45 
 
 
150 aa  121  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2877  response regulator receiver domain-containing protein  42.25 
 
 
154 aa  120  8e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3016  response regulator receiver protein  44.2 
 
 
148 aa  118  4e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4644  response regulator receiver protein  46.72 
 
 
145 aa  117  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0382992  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2664  response regulator receiver protein  44.44 
 
 
147 aa  117  8e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.213222  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0149  response regulator receiver protein  48.95 
 
 
149 aa  117  8e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.549388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0133  response regulator receiver protein  48.95 
 
 
149 aa  116  1e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5035  response regulator receiver protein  42.86 
 
 
145 aa  115  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1869  response regulator receiver protein  42.75 
 
 
146 aa  115  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.124922  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4791  response regulator receiver protein  45.32 
 
 
147 aa  114  4e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.612255  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1124  response regulator receiver protein  46.62 
 
 
165 aa  114  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0039  response regulator receiver protein  44.37 
 
 
149 aa  114  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.138289 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1704  response regulator receiver  42.31 
 
 
139 aa  113  1e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.635187  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4413  response regulator receiver protein  40.15 
 
 
152 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0271352 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22950  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  43.61 
 
 
146 aa  111  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.213656 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4351  response regulator receiver protein  40.15 
 
 
152 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0991  response regulator receiver protein  39.58 
 
 
162 aa  110  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221744  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2690  response regulator receiver protein  42.31 
 
 
147 aa  110  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0483585  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2720  response regulator receiver protein  42.31 
 
 
147 aa  110  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.227152  normal  0.416438 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2734  response regulator receiver protein  42.31 
 
 
147 aa  110  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.192545  normal  0.228442 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2989  response regulator receiver protein  42.31 
 
 
146 aa  110  7e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.539609  normal  0.704166 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2528  response regulator receiver protein  44.62 
 
 
145 aa  110  7e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3878  response regulator receiver protein  42.86 
 
 
146 aa  109  1e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.205471 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0444  response regulator receiver protein  43.17 
 
 
144 aa  108  2e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.247834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1008  response regulator  42.75 
 
 
150 aa  109  2e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1654  response regulator receiver domain-containing protein  41.3 
 
 
139 aa  108  2e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00207304  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5135  response regulator receiver protein  38.13 
 
 
146 aa  109  2e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.00577e-09 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1843  response regulator  41.84 
 
 
150 aa  107  4e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.682299  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1433  response regulator  41.84 
 
 
150 aa  107  4e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.826903  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0166  response regulator receiver protein  45.86 
 
 
137 aa  108  4e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0381  response regulator  41.84 
 
 
150 aa  107  4e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0909  response regulator  41.84 
 
 
150 aa  107  4e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2342  response regulator receiver  41.01 
 
 
143 aa  107  4e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00382381  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8462  response regulator receiver protein  41.61 
 
 
149 aa  107  4e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0175  response regulator  41.84 
 
 
150 aa  107  4e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0473  response regulator  41.84 
 
 
150 aa  107  4e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3853  response regulator receiver domain-containing protein  41.43 
 
 
148 aa  107  4e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1933  response regulator  41.84 
 
 
150 aa  107  4e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1578  response regulator receiver protein  42.31 
 
 
145 aa  107  4e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.649884  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3270  response regulator receiver protein  41.67 
 
 
146 aa  107  6e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2147  response regulator receiver protein  44.2 
 
 
153 aa  107  8e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0036  response regulator receiver protein  42.42 
 
 
148 aa  106  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3063  response regulator receiver domain-containing protein  37.68 
 
 
147 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0907373  normal  0.427952 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0789  response regulator receiver protein  38.97 
 
 
148 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1899  response regulator receiver protein  44.93 
 
 
139 aa  104  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.727216  normal  0.206125 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0782  response regulator receiver protein  39.86 
 
 
160 aa  104  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00636968  normal  0.0949177 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1357  response regulator receiver protein  37.23 
 
 
148 aa  104  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.463554  normal  0.0634619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2726  response regulator receiver protein  42.34 
 
 
145 aa  104  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1144  response regulator receiver protein  41.13 
 
 
150 aa  104  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.497845  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1356  response regulator receiver domain-containing protein  39.29 
 
 
151 aa  104  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4153  response regulator receiver protein  39.13 
 
 
152 aa  104  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5014  response regulator receiver protein  43.41 
 
 
138 aa  103  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01274  putative two-component response regulator  39.13 
 
 
150 aa  102  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5359  response regulator receiver protein  40.29 
 
 
148 aa  103  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0684  response regulator receiver protein  40 
 
 
148 aa  102  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0817521 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0807  response regulator receiver protein  37.96 
 
 
158 aa  102  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>