More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2297 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2297  integrative genetic element Ppu40, integrase  100 
 
 		 274 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  34.48 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  34.48 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  33.74 
 
 		 348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  35.48 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  31.76 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  31.47 
 
 		 343 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  33.02 
 
 		 353 aa  91.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.55 
 
 		 251 aa  90.5  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1462  Phage integrase  30.77 
 
 		 387 aa  88.6  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  31.05 
 
 		 367 aa  87.4  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.3 
 
 		 404 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  27.1 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  26.82 
 
 		 412 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  30.12 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  30.12 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  35.63 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  30.08 
 
 		 379 aa  79.7  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  28.05 
 
 		 337 aa  79  0.00000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  28.21 
 
 		 386 aa  78.6  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  27.52 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  28.15 
 
 		 387 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.42 
 
 		 429 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  28.21 
 
 		 387 aa  76.3  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  29.95 
 
 		 338 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  34.18 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  28.82 
 
 		 384 aa  75.5  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  29.11 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  28.74 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  27.48 
 
 		 340 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  28.57 
 
 		 275 aa  73.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2649  phage integrase family protein  28.76 
 
 		 381 aa  73.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.833719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  28.95 
 
 		 444 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.12 
 
 		 359 aa  72.8  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  27.65 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  26.84 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  27.27 
 
 		 387 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  33.96 
 
 		 172 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  31.34 
 
 		 340 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  28.7 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  27.57 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0447  phage integrase  24.91 
 
 		 381 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7637  integrase family protein  27.98 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0926  phage integrase family protein  24.91 
 
 		 381 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  28.78 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  28.77 
 
 		 369 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  28.77 
 
 		 369 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  28.77 
 
 		 369 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  28.77 
 
 		 369 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  33.33 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  33.33 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  33.33 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  24.9 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  25.68 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  27.91 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  27.2 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.12 
 
 		 402 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  27.94 
 
 		 398 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  25.75 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2283  phage integrase family protein  35.66 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  29.09 
 
 		 347 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  28.63 
 
 		 413 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  31.65 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  28.12 
 
 		 341 aa  66.2  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  26.94 
 
 		 347 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 347 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  25.93 
 
 		 421 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  27.93 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  26.64 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  29.2 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  25.23 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  27.76 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  28.63 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  27.72 
 
 		 391 aa  64.3  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  28.23 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  27.59 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  25.23 
 
 		 387 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2257  phage integrase family protein  28.45 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0034941  normal  0.642714 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  26.89 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  30.34 
 
 		 337 aa  63.5  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  26.03 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  28.95 
 
 		 395 aa  63.2  0.000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  29.78 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  25.71 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  27.76 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_002936  DET0323  phage integrase family site specific recombinase  26.8 
 
 		 336 aa  63.2  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.158931  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  26.32 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  28.79 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  31.78 
 
 		 380 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  32.62 
 
 		 334 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0196  integrase family protein  26.25 
 
 		 328 aa  61.6  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000565414 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3803  integrase family protein  29.46 
 
 		 368 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  27.16 
 
 		 451 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  25.81 
 
 		 397 aa  60.8  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  31.69 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  28.74 
 
 		 375 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  27.23 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  26.89 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  31.69 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  26.78 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>