90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2264 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  72.32 
 
 
610 aa  830  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  98.96 
 
 
579 aa  1187  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  72.58 
 
 
577 aa  848  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  64.83 
 
 
579 aa  755  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  58.96 
 
 
573 aa  724  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  3.32483e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  67.48 
 
 
573 aa  801  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  74.48 
 
 
574 aa  907  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  66.43 
 
 
574 aa  783  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
579 aa  1199  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  72.2 
 
 
580 aa  855  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  84.97 
 
 
580 aa  1008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  67.6 
 
 
572 aa  789  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  68.3 
 
 
574 aa  799  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  97.75 
 
 
579 aa  1173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  69.64 
 
 
588 aa  805  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  67.77 
 
 
579 aa  832  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  70.49 
 
 
581 aa  816  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  66.49 
 
 
574 aa  790  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  69.16 
 
 
577 aa  803  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  72.64 
 
 
577 aa  838  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  2.05955e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  66.96 
 
 
574 aa  786  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  65.81 
 
 
558 aa  742  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  66.32 
 
 
574 aa  786  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  72.05 
 
 
596 aa  864  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  70.51 
 
 
578 aa  819  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  66.49 
 
 
580 aa  805  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  69.03 
 
 
580 aa  802  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  71.33 
 
 
577 aa  833  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  72.83 
 
 
577 aa  839  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  66.96 
 
 
573 aa  774  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  64 
 
 
593 aa  779  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  62.46 
 
 
577 aa  743  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  1.2875e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  68.94 
 
 
580 aa  816  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  68.13 
 
 
574 aa  798  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  74.95 
 
 
599 aa  866  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  72.32 
 
 
579 aa  841  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  79.49 
 
 
590 aa  991  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  68.7 
 
 
577 aa  820  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  63.43 
 
 
569 aa  738  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  74.22 
 
 
598 aa  864  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  68.58 
 
 
573 aa  796  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  78.81 
 
 
590 aa  989  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  100 
 
 
579 aa  1199  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  72.58 
 
 
577 aa  843  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  76.05 
 
 
573 aa  915  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  1.22164e-05  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  70.51 
 
 
580 aa  810  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  69.2 
 
 
579 aa  813  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  88.79 
 
 
580 aa  1086  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  70.34 
 
 
595 aa  855  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  54.1 
 
 
569 aa  618  1e-176  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  25.36 
 
 
484 aa  112  1e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 
536 aa  105  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  23.18 
 
 
477 aa  92.8  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
443 aa  90.5  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  22.63 
 
 
477 aa  89.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 
441 aa  84.3  6e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 
484 aa  76.6  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.64 
 
 
486 aa  72.4  2e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 
443 aa  67  8e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
428 aa  67  1e-09  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
443 aa  65.9  2e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  22.92 
 
 
433 aa  64.3  6e-09  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 
424 aa  63.9  7e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 
435 aa  63.9  8e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  22.98 
 
 
439 aa  62.8  1e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
436 aa  63.5  1e-08  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.9 
 
 
419 aa  62.4  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  22.78 
 
 
436 aa  62.8  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  28.9 
 
 
419 aa  62.4  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 
513 aa  62  3e-08  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.5 
 
 
326 aa  60.1  1e-07  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  34.41 
 
 
425 aa  56.6  1e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 
478 aa  55.8  2e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
439 aa  55.8  2e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  22.83 
 
 
447 aa  55.8  2e-06  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 
451 aa  54.7  4e-06  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 
438 aa  50.8  7e-05  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 
448 aa  49.7  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.14 
 
 
439 aa  48.5  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  21.93 
 
 
480 aa  48.5  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  22.92 
 
 
479 aa  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.57 
 
 
439 aa  47.8  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  21.25 
 
 
495 aa  47  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  35.38 
 
 
408 aa  46.6  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0758  extracellular solute-binding protein family 1  31.9 
 
 
443 aa  45.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
477 aa  45.4  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
497 aa  45.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  23.38 
 
 
437 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
497 aa  44.3  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  21.78 
 
 
449 aa  43.9  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>