More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2253 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2253  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218359  normal  0.132912 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3485  GntR family transcriptional regulator  98.2 
 
 		 222 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.122835  normal  0.855003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1884  GntR family transcriptional regulator  95.05 
 
 		 222 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.372242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1727  GntR family transcriptional regulator  93.64 
 
 		 226 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.136748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  50.95 
 
 		 263 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 251 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 251 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  51.98 
 
 		 259 aa  208  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 255 aa  208  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  51.98 
 
 		 259 aa  207  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 254 aa  207  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4880  GntR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 231 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  48.37 
 
 		 249 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  48.1 
 
 		 249 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 248 aa  150  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  40.2 
 
 		 250 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  40.78 
 
 		 236 aa  145  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  39.6 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 244 aa  141  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  40.49 
 
 		 236 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  38.94 
 
 		 233 aa  138  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0834  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0069  GntR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3272  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 236 aa  136  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  37.91 
 
 		 235 aa  134  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 245 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0403  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 238 aa  128  6e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000148823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3371  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 244 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.302554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2469  GntR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 256 aa  126  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1096  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 277 aa  126  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 235 aa  125  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 235 aa  125  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  37.56 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 234 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1934  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 252 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0424955 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 268 aa  124  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0914  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  38.19 
 
 		 246 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 221 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 247 aa  122  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 251 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 234 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 234 aa  121  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 234 aa  121  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 238 aa  121  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  37.13 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 245 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 228 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0727  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 232 aa  118  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 221 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2117  transcription regulator protein  36.45 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.930818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0196  hypothetical protein  38.42 
 
 		 244 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.55028  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4418  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.494465  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 221 aa  115  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01480  hypothetical protein  38.95 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.909575 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3930  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 237 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.709239  normal  0.547681 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3474  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 246 aa  111  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0657  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 240 aa  111  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.322488  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  37 
 
 		 225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0867  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0899  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 240 aa  109  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5379  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 252 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5787  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00572916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 260 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7611  transcriptional regulator GntR family  32.34 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3147  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 246 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3276  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3301  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 259 aa  105  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4320  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3638  hypothetical protein  36.27 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.513406  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>