More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2210 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  99.3 
 
 		 287 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  93.38 
 
 		 287 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  92.68 
 
 		 287 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  83.1 
 
 		 286 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  75.52 
 
 		 286 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  76.49 
 
 		 286 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 289 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 295 aa  175  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  40.86 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 286 aa  161  9e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  159  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 274 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  35.63 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 305 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 322 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 324 aa  115  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  31.38 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.47 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 337 aa  112  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 336 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  31.14 
 
 		 322 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.14 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.14 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 337 aa  107  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.82 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>