More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2207 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  100 
 
 		 354 aa  696    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1830  hypothetical protein  94.92 
 
 		 354 aa  664    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  99.15 
 
 		 354 aa  689    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1855  hypothetical protein  91.53 
 
 		 354 aa  642    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0258165 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3717  hypothetical protein  74.5 
 
 		 353 aa  528  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396811  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3210  hypothetical protein  72.8 
 
 		 354 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3378  hypothetical protein  72.24 
 
 		 354 aa  502  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1653  hypothetical protein  65.54 
 
 		 362 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.81767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  59.54 
 
 		 352 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  59.31 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1226  hypothetical protein  57.47 
 
 		 352 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11000  hypothetical protein  56.27 
 
 		 346 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  57.56 
 
 		 352 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  53.85 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  54.04 
 
 		 387 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  54.67 
 
 		 356 aa  375  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4053  hypothetical protein  58.26 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.920687 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2289  hypothetical protein  53.03 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.864507  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  50.72 
 
 		 356 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  53.94 
 
 		 365 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0529  hypothetical protein  56.17 
 
 		 352 aa  361  8e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  56.4 
 
 		 350 aa  361  9e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0253  hypothetical protein  56.48 
 
 		 352 aa  359  4e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1436  hypothetical protein  56.48 
 
 		 352 aa  359  4e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2642  hypothetical protein  56.48 
 
 		 352 aa  359  4e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00776691  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0289  hypothetical protein  56.48 
 
 		 352 aa  359  4e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700262  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1633  hypothetical protein  56.48 
 
 		 352 aa  359  4e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2503  hypothetical protein  56.48 
 
 		 352 aa  359  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0937  PerM family permease  56.48 
 
 		 374 aa  358  9e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0540  protein of unknown function UPF0118  53.49 
 
 		 349 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  50.87 
 
 		 360 aa  355  6.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5533  hypothetical protein  53.6 
 
 		 355 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3717  hypothetical protein  53.03 
 
 		 350 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0661403  normal  0.22421 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3807  hypothetical protein  53.03 
 
 		 353 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.911463  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  56.1 
 
 		 352 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4556  hypothetical protein  53.03 
 
 		 398 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3708  hypothetical protein  53.31 
 
 		 355 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860776  normal  0.168874 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  56.1 
 
 		 381 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4931  hypothetical protein  52.45 
 
 		 351 aa  346  4e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  53.33 
 
 		 358 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  52.49 
 
 		 371 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  50.85 
 
 		 384 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4931  hypothetical protein  52.45 
 
 		 353 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.850306  normal  0.602485 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3427  hypothetical protein  48.73 
 
 		 355 aa  332  5e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2998  hypothetical protein  50.73 
 
 		 359 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0460  hypothetical protein  48 
 
 		 352 aa  315  6e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.353952  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0400  hypothetical protein  48 
 
 		 372 aa  315  6e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.413713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  48.4 
 
 		 353 aa  315  9e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  42.86 
 
 		 347 aa  308  6.999999999999999e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  46.69 
 
 		 365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  46.08 
 
 		 373 aa  302  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2425  hypothetical protein  46.75 
 
 		 363 aa  301  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  45.48 
 
 		 369 aa  294  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  44.48 
 
 		 389 aa  292  5e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  44.58 
 
 		 406 aa  289  4e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  41.94 
 
 		 358 aa  288  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1267  protein of unknown function UPF0118  42.01 
 
 		 371 aa  261  2e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0792338  normal  0.0741439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1563  hypothetical protein  33.24 
 
 		 398 aa  172  6.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  29.94 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  30.91 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0203  hypothetical protein  30.7 
 
 		 362 aa  157  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2238  protein of unknown function UPF0118  31.21 
 
 		 379 aa  157  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  31.47 
 
 		 359 aa  150  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  31.96 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2573  membrane protein  32.15 
 
 		 361 aa  147  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0338  protein of unknown function UPF0118  32.92 
 
 		 363 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0228  hypothetical protein  32.21 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  28.65 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4731  hypothetical protein  31.92 
 
 		 359 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226742  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  33.33 
 
 		 363 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0152  putative lipoprotein  30.21 
 
 		 361 aa  138  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2181  protein of unknown function UPF0118  30.97 
 
 		 376 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00612132  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2679  hypothetical protein  32.62 
 
 		 352 aa  135  8e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0689913  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  30.25 
 
 		 361 aa  135  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2229  hypothetical protein  31.42 
 
 		 392 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2311  protein of unknown function UPF0118  30.28 
 
 		 393 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002589  predicted permease  32.37 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00334796  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1102  hypothetical protein  30.48 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00400546  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03420  hypothetical protein  33.12 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0916  protein of unknown function UPF0118  29.3 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.116301  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0292  hypothetical protein  26.27 
 
 		 391 aa  124  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2610  protein of unknown function UPF0118  27.44 
 
 		 370 aa  123  5e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2369  hypothetical protein  31.21 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00120754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  29.07 
 
 		 363 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0276  protein of unknown function UPF0118  28.2 
 
 		 423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133789  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0336  hypothetical protein  26.51 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000639163  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1950  protein of unknown function UPF0118  30.49 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.863146  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2413  hypothetical protein  26.77 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.480547  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2212  protein of unknown function UPF0118  27.19 
 
 		 355 aa  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000181482  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  26.05 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2764  hypothetical protein  29.01 
 
 		 346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.327799  normal  0.0566584 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2448  hypothetical protein  27.8 
 
 		 415 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0466557  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  29.25 
 
 		 373 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0940  protein of unknown function UPF0118  28.43 
 
 		 345 aa  107  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.726387  normal  0.96935 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3082  protein of unknown function UPF0118  28.83 
 
 		 397 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1868  hypothetical protein  40.74 
 
 		 399 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0467497  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  27.91 
 
 		 362 aa  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2958  protein of unknown function UPF0118  26.09 
 
 		 339 aa  106  7e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  29.34 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2015  protein of unknown function UPF0118  28.66 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000281213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>