60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2159 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2159  plastocyanin/azurin family copper binding protein  100 
 
 
175 aa  360  7e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0076427  normal  0.727347 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3583  hypothetical protein  97.71 
 
 
175 aa  325  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1700  blue (type1) copper domain-containing protein  91.43 
 
 
175 aa  298  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1676  blue (type1) copper domain-containing protein  78.29 
 
 
167 aa  282  2e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549233  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27840  hypothetical protein  54.1 
 
 
205 aa  182  2e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3854  uncharacterized copper-binding protein  54.17 
 
 
177 aa  182  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2350  hypothetical protein  51.12 
 
 
182 aa  174  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0125  copper-binding protein  47.06 
 
 
177 aa  139  1e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2231  blue (type1) copper domain-containing protein  47.68 
 
 
177 aa  139  2e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.503031  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2232  hypothetical protein  38.12 
 
 
185 aa  116  1e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.53865  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0348  blue (type1) copper domain-containing protein  36.21 
 
 
189 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.471869 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0713  hypothetical protein  33.55 
 
 
190 aa  96.3  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1260  blue (type1) copper domain-containing protein  37.18 
 
 
272 aa  96.3  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0922125  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5685  blue (type 1) copper domain protein  37.33 
 
 
168 aa  95.9  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5106  blue (type 1) copper domain protein  34.27 
 
 
160 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00549955 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6116  putative oxido-reductase protein CopI  34.23 
 
 
158 aa  92.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251154  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2197  blue (type 1) copper domain protein  34 
 
 
164 aa  91.7  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0969  hypothetical protein  33.33 
 
 
169 aa  91.7  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3913  blue (type 1) copper domain protein  35.1 
 
 
162 aa  91.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444429  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4027  blue (type 1) copper domain protein  35.1 
 
 
162 aa  91.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0457304  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2721  blue (type1) copper domain-containing protein  32.67 
 
 
166 aa  90.9  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0479159  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3425  putative copper tolerance protein  29.49 
 
 
151 aa  90.5  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.792125  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0575  blue (type1) copper domain-containing protein  31.67 
 
 
154 aa  89.4  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0159129  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2668  blue (type1) copper domain-containing protein  32.79 
 
 
163 aa  88.6  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  0.234604 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1833  blue (type 1) copper domain protein  34.9 
 
 
159 aa  87.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00584393 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06367  hypothetical protein  32.89 
 
 
188 aa  87.4  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4551  blue (type1) copper domain-containing protein  34.9 
 
 
171 aa  85.9  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2655  blue (type1) copper domain-containing protein  33.33 
 
 
164 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.366193  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9844  copper tolerance protein  33.14 
 
 
159 aa  84.3  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3487  blue (type1) copper domain-containing protein  32.56 
 
 
170 aa  83.6  1e-15  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5030  blue (type1) copper domain-containing protein  31.4 
 
 
159 aa  83.6  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4583  normal  0.77741 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001394  hypothetical protein  32.24 
 
 
188 aa  83.2  2e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.08588e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9849  copper tolerance protein  32.43 
 
 
159 aa  82  4e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5863  blue (type 1) copper domain protein  31.25 
 
 
159 aa  80.9  8e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2909  blue (type1) copper domain-containing protein  30.23 
 
 
163 aa  80.5  1e-14  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.272302  normal  0.0133564 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6520  putative copper tolerance protein (cupredoxin)  29.22 
 
 
153 aa  80.5  1e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1635  oxidoreductase  32.89 
 
 
181 aa  78.2  6e-14  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.400621  normal  0.0387336 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4824  blue (type1) copper domain-containing protein  28.57 
 
 
160 aa  77.8  7e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.904248  normal  0.294152 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0734  blue (type 1) copper domain protein  32.89 
 
 
159 aa  77.4  1e-13  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227893  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4603  blue (type1) copper domain-containing protein  28.57 
 
 
160 aa  77.4  1e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.258245 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1667  blue (type1) copper domain-containing protein  30.07 
 
 
164 aa  75.9  3e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3995  blue (type1) copper domain-containing protein  31.37 
 
 
180 aa  75.1  5e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.704782  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1207  blue (type 1) copper domain protein  32.3 
 
 
160 aa  74.7  5e-13  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4269  blue (type1) copper domain-containing protein  26.58 
 
 
161 aa  74.7  7e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1267  blue (type1) copper domain-containing protein  32.86 
 
 
171 aa  73.6  1e-12  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7873  blue (type 1) copper domain protein  28.57 
 
 
156 aa  73.2  2e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1092  blue (type 1) copper domain protein  27.39 
 
 
165 aa  73.2  2e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2601  blue (type1) copper domain-containing protein  31.68 
 
 
160 aa  72.8  2e-12  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.377321  normal  0.709674 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3980  blue (type 1) copper domain protein  30.67 
 
 
166 aa  71.6  5e-12  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4902  blue (type1) copper domain-containing protein  25.97 
 
 
156 aa  70.5  1e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4053  transposase Tn3 family protein  31.16 
 
 
166 aa  68.6  4e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3263  putative copper binding protein  30 
 
 
176 aa  66.6  2e-10  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  25 
 
 
534 aa  54.3  8e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1660  blue (type 1) copper domain protein  23.81 
 
 
314 aa  47.8  8e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2073  blue (type1) copper domain-containing protein  27.5 
 
 
161 aa  45.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.256815  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2634  blue (type 1) copper domain protein  25 
 
 
140 aa  45.4  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2981  hypothetical protein  25.56 
 
 
150 aa  43.5  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.227676  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1802  blue (type1) copper domain-containing protein  27.81 
 
 
179 aa  42.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.495145 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2540  blue-copper-protein-like protein  23.64 
 
 
153 aa  41.6  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00275414  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0146  blue (type 1) copper domain protein  34.48 
 
 
119 aa  41.2  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>