More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2132 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2132  universal stress protein  100 
 
 		 146 aa  300  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0989997 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3608  UspA domain-containing protein  97.95 
 
 		 146 aa  267  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358614  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1674  UspA domain-containing protein  95.21 
 
 		 146 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  93.15 
 
 		 146 aa  254  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  75.34 
 
 		 149 aa  228  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2142  hypothetical protein  75 
 
 		 145 aa  227  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25040  hypothetical protein  75 
 
 		 145 aa  226  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14170  universal stress protein, UspA family  69.86 
 
 		 146 aa  211  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3881  hypothetical protein  78.62 
 
 		 145 aa  209  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3520  universal stress protein family  77.03 
 
 		 153 aa  205  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3293  hypothetical protein  73.29 
 
 		 146 aa  202  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2397  hypothetical protein  50.35 
 
 		 151 aa  152  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1142  UspA domain-containing protein  50.71 
 
 		 143 aa  147  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.925681  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  48.61 
 
 		 146 aa  144  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1780  universal stress protein  50 
 
 		 149 aa  144  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.134073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1974  hypothetical protein  44.3 
 
 		 166 aa  120  6e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  40.71 
 
 		 143 aa  101  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  40.71 
 
 		 143 aa  102  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  39.04 
 
 		 144 aa  97.8  5e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2094  hypothetical protein  39.19 
 
 		 140 aa  97.4  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  38.36 
 
 		 144 aa  95.1  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0206  universal stress protein A  39.46 
 
 		 146 aa  93.6  8e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2117  universal stress protein family protein  38.78 
 
 		 146 aa  91.3  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0504  UspA domain-containing protein  39.33 
 
 		 151 aa  89  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00200377  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5095  UspA domain protein  29.94 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  34.25 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4186  UspA domain protein  29.94 
 
 		 182 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4225  UspA domain protein  29.94 
 
 		 182 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.109852  normal  0.228049 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  30.61 
 
 		 150 aa  73.2  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2946  universal stress protein A  33.8 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1231  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  29.86 
 
 		 162 aa  71.6  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0928925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  28.97 
 
 		 151 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00532  universal stress protein  29.58 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  32.19 
 
 		 160 aa  69.7  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2196  UspA domain-containing protein  30 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001946  universal stress protein A  29.58 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4029  UspA domain protein  32.5 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  31.94 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3987  UspA domain protein  32.5 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4568  hypothetical protein  33.12 
 
 		 173 aa  68.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  33.33 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02048  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein  62.26 
 
 		 69 aa  68.6  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00697742  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0754  UspA domain protein  32.88 
 
 		 152 aa  67.8  0.00000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0606368  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4785  UspA domain protein  29.41 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  31.76 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2130  hypothetical protein  30 
 
 		 153 aa  67  0.00000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1843  universal stress protein  30 
 
 		 153 aa  66.6  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.120416  normal  0.660633 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3038  hypothetical protein  26.57 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000975242  normal  0.515565 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  30.34 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1801  UspA domain-containing protein  28 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1766  UspA domain-containing protein  28 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2438  universal stress protein A  29.17 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1678  UspA domain-containing protein  32.41 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.222334  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0486  UspA domain-containing protein  30.82 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000206197  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  32.41 
 
 		 143 aa  63.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1769  UspA domain-containing protein  27.59 
 
 		 154 aa  63.9  0.0000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00594463  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0973  UspA domain protein  30.67 
 
 		 155 aa  63.5  0.0000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0340  UspA domain protein  33.54 
 
 		 160 aa  63.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.558809 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4652  hypothetical protein  33.56 
 
 		 180 aa  63.5  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.741195 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2701  UspA domain protein  28.1 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1497  hypothetical protein  29.29 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1486  hypothetical protein  29.29 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1383  UspA domain protein  28.87 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  28.67 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  27.97 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  31.51 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0762  UspA domain protein  31.13 
 
 		 148 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1273  universal stress protein  27.33 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  29.37 
 
 		 303 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  32.65 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  27.59 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3734  UspA domain protein  32.62 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.210471  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  28.38 
 
 		 147 aa  62  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  28.67 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1861  UspA domain protein  30.56 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0942342  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1257  UspA domain protein  32.61 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1448  universal stress protein UspA  34.72 
 
 		 164 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  27.86 
 
 		 304 aa  61.6  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5007  UspA domain protein  38.3 
 
 		 217 aa  62  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.773862 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0631  UspA domain protein  32.21 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113911  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  28.67 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  31.69 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2059  UspA domain protein  32.64 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.3944  hitchhiker  0.00218931 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  33.33 
 
 		 155 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2330  UspA domain protein  27.92 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  28.26 
 
 		 288 aa  60.5  0.000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2538  UspA domain protein  30.41 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205387  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 		 145 aa  60.5  0.000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0538  UspA domain protein  26.57 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2634  UspA domain protein  30.41 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.765417  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2381  UspA domain protein  27.92 
 
 		 157 aa  60.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.726392 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  30.92 
 
 		 159 aa  60.1  0.000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1055  universal stress protein  31.17 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  50 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  34.93 
 
 		 162 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  32.19 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4254  UspA domain protein  28.67 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  28.87 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>