More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2097 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
800 aa  1604    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  78.85 
 
 
796 aa  1201    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  50.94 
 
 
796 aa  739    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  58.85 
 
 
794 aa  859    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  96.62 
 
 
796 aa  1468    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  91.73 
 
 
796 aa  1403    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  63.55 
 
 
323 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2312  CHASE domain/PAS domain protein  44.67 
 
 
507 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693705  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  37.86 
 
 
476 aa  233  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.94 
 
 
625 aa  225  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  38.75 
 
 
602 aa  213  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 
464 aa  192  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.47 
 
 
463 aa  191  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 
730 aa  186  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  26.01 
 
 
768 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.94 
 
 
1078 aa  179  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  45.88 
 
 
659 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.71 
 
 
646 aa  172  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.34 
 
 
710 aa  162  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 
424 aa  161  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.41 
 
 
610 aa  158  4e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.85 
 
 
728 aa  157  6e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.31 
 
 
851 aa  157  9e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  50 
 
 
332 aa  156  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  48.12 
 
 
373 aa  156  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 
772 aa  156  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.46 
 
 
1215 aa  155  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  30.68 
 
 
1061 aa  154  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 
476 aa  153  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.67 
 
 
951 aa  153  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.3 
 
 
1215 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.87 
 
 
843 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  51.28 
 
 
753 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 
505 aa  152  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  40.6 
 
 
323 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  49.07 
 
 
354 aa  152  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  40.17 
 
 
323 aa  151  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  45.88 
 
 
432 aa  150  8e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  32.05 
 
 
437 aa  150  8e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.44 
 
 
1047 aa  150  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.65 
 
 
302 aa  150  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
637 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.92 
 
 
1079 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
775 aa  149  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.09 
 
 
1215 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  47.85 
 
 
461 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  47.78 
 
 
559 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.34 
 
 
578 aa  148  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
2693 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.44 
 
 
1047 aa  147  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  44.31 
 
 
336 aa  146  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.18 
 
 
1228 aa  147  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.47 
 
 
448 aa  146  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
620 aa  146  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
227 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.78 
 
 
405 aa  145  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.44 
 
 
799 aa  145  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.7 
 
 
921 aa  144  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.53 
 
 
1301 aa  144  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.78 
 
 
648 aa  144  8e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  47.17 
 
 
339 aa  144  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
487 aa  144  8e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.54 
 
 
994 aa  143  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
456 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.08 
 
 
438 aa  143  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44.71 
 
 
432 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.41 
 
 
237 aa  143  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  33.62 
 
 
634 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.65 
 
 
791 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  39.16 
 
 
712 aa  142  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  28.38 
 
 
451 aa  141  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  46.06 
 
 
464 aa  141  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.52 
 
 
492 aa  141  4.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.26 
 
 
474 aa  141  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.11 
 
 
1209 aa  140  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.23 
 
 
1209 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  45.71 
 
 
563 aa  140  8.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  45.56 
 
 
555 aa  140  8.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
901 aa  140  1e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  47.5 
 
 
454 aa  140  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  40 
 
 
401 aa  140  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 
769 aa  140  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  49.07 
 
 
559 aa  140  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  47.53 
 
 
736 aa  140  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.38 
 
 
919 aa  139  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  44.77 
 
 
733 aa  138  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 
454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
494 aa  139  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.56 
 
 
708 aa  138  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.98 
 
 
425 aa  138  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
611 aa  138  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.57 
 
 
458 aa  138  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  33.65 
 
 
808 aa  138  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
278 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  41.15 
 
 
398 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  32.45 
 
 
1037 aa  137  7.000000000000001e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  43.71 
 
 
307 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 
328 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  44.04 
 
 
632 aa  137  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.24 
 
 
669 aa  137  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>