More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2060 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  100 
 
 
151 aa  309  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  98.68 
 
 
151 aa  304  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  96.69 
 
 
151 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  66.43 
 
 
154 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  66.43 
 
 
154 aa  194  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  66.19 
 
 
152 aa  191  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  65.71 
 
 
152 aa  191  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  65.71 
 
 
152 aa  191  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  65.71 
 
 
152 aa  191  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  65.71 
 
 
152 aa  191  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  65.71 
 
 
152 aa  191  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  65.69 
 
 
169 aa  191  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  64.34 
 
 
158 aa  188  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  62.68 
 
 
184 aa  183  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  60.27 
 
 
161 aa  181  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  60.27 
 
 
152 aa  174  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35170  putative redox-sensing activator of soxS  58.22 
 
 
156 aa  173  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  60.28 
 
 
149 aa  173  9e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1341  MerR family transcriptional regulator  62.94 
 
 
148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.446119  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  57.97 
 
 
145 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3931  transcriptional regulator, MerR family  65.07 
 
 
154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2967  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.53 
 
 
156 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0340992  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  60.42 
 
 
159 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02196  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  60.58 
 
 
148 aa  170  7.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3439  MerR family transcriptional regulator  55.32 
 
 
150 aa  167  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.408622 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  56.93 
 
 
143 aa  166  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  58.96 
 
 
144 aa  166  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  55.63 
 
 
156 aa  165  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2818  transcriptional regulator, MerR family  56.25 
 
 
171 aa  165  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000370461  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2950  MerR family transcriptional regulator  55.63 
 
 
161 aa  165  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  53.47 
 
 
150 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9086  putative transcriptional regulator, MerR family  57.25 
 
 
162 aa  160  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2129  MerR family transcriptional regulator  56.12 
 
 
150 aa  160  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.802398  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  56.03 
 
 
173 aa  160  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  54.35 
 
 
162 aa  155  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1373  MerR family transcriptional regulator  55.8 
 
 
159 aa  154  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4811  MerR family transcriptional regulator  56.72 
 
 
144 aa  154  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.229804  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  49.29 
 
 
146 aa  154  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1922  MerR family transcriptional regulator  56.3 
 
 
155 aa  154  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  52.11 
 
 
153 aa  153  7e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0738  transcriptional regulator, MerR family  52.52 
 
 
160 aa  153  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282121  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1494  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  53.52 
 
 
165 aa  150  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4363  MerR family transcriptional regulator  55.22 
 
 
143 aa  149  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0411786 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4277  MerR family transcriptional regulator  55.22 
 
 
143 aa  149  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.637089  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4656  MerR family transcriptional regulator  55.22 
 
 
143 aa  149  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.871775  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1099  transcriptional regulator, MerR family  50.35 
 
 
151 aa  149  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  53.54 
 
 
148 aa  147  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  53.68 
 
 
163 aa  147  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  50.35 
 
 
155 aa  146  9e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1966  transcriptional regulator, MerR family  54.93 
 
 
155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000297683  unclonable  0.0000000258793 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  48.2 
 
 
148 aa  145  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2806  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  48.23 
 
 
158 aa  144  3e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.37472  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4431  transcriptional regulator, MerR family  53.85 
 
 
160 aa  144  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290243  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01780  transcriptional regulator, MerR family  52.17 
 
 
158 aa  144  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.95899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1995  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 
149 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.414348  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  50.72 
 
 
152 aa  141  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0408  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  51.45 
 
 
153 aa  141  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.381542  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00260  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  49.29 
 
 
169 aa  139  9e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  50.72 
 
 
161 aa  139  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  47.22 
 
 
166 aa  139  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  48.92 
 
 
155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  47.95 
 
 
163 aa  138  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3207  putative transcriptional regulator, MerR family  49.65 
 
 
143 aa  139  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.789074  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4471  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  48.91 
 
 
145 aa  137  4.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00882257 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4984  MerR family transcriptional regulator  48.91 
 
 
145 aa  137  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000669635 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01270  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  51.45 
 
 
165 aa  134  3.0000000000000003e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0157  MerR family transcriptional regulator  45.14 
 
 
167 aa  133  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1480  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  47.1 
 
 
148 aa  130  5e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00810919  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36770  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  46.81 
 
 
167 aa  130  7.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.25815  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3746  MerR family transcriptional regulator  45.65 
 
 
151 aa  126  9.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  44.76 
 
 
156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2165  MerR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
156 aa  123  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0369388  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  44.53 
 
 
158 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  45.19 
 
 
146 aa  122  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  43.8 
 
 
159 aa  121  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  43.8 
 
 
159 aa  121  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  43.07 
 
 
159 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  43.07 
 
 
159 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  43.07 
 
 
159 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0954  MerR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
146 aa  120  9e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0450773  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  43.07 
 
 
158 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0250  transcriptional regulator, MerR family  47.01 
 
 
154 aa  116  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1582  MerR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000567314  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
141 aa  76.3  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  38.76 
 
 
147 aa  73.6  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
138 aa  73.2  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  37.01 
 
 
141 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
142 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  35.77 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
154 aa  70.5  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>