More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1976 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 
387 aa  790    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  94.02 
 
 
351 aa  673    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  98.97 
 
 
387 aa  776    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  80.06 
 
 
349 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  74.34 
 
 
355 aa  527  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  74.27 
 
 
344 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  72.86 
 
 
349 aa  500  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  42.81 
 
 
390 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0499  secretion protein HlyD family protein  38.44 
 
 
364 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  39.46 
 
 
351 aa  248  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  40.48 
 
 
354 aa  247  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7473  secretion protein HlyD family protein  40.16 
 
 
390 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  40.94 
 
 
351 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  41.93 
 
 
351 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3991  secretion protein HlyD family protein  42.64 
 
 
371 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  40.62 
 
 
351 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  39.69 
 
 
350 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  40.31 
 
 
352 aa  236  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  40.31 
 
 
352 aa  236  7e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  40.31 
 
 
352 aa  236  7e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0452  secretion protein HlyD family protein  39.16 
 
 
352 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  40.31 
 
 
352 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  38.79 
 
 
380 aa  233  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  40.95 
 
 
348 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  39.23 
 
 
380 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  41.01 
 
 
358 aa  230  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2114  multidrug resistance protein A  40.11 
 
 
393 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0954  secretion protein HlyD family protein  37.2 
 
 
413 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.702567  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  40.26 
 
 
355 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3793  secretion protein HlyD  40.73 
 
 
373 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167137  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4416  secretion protein HlyD family protein  36.18 
 
 
366 aa  224  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.401076  normal  0.621386 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  38.33 
 
 
372 aa  223  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1815  secretion protein HlyD family protein  36.72 
 
 
390 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1543  secretion protein HlyD family protein  38.15 
 
 
352 aa  217  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2191  HlyD family secretion protein  38.04 
 
 
373 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201005  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4494  secretion protein HlyD family protein  36.5 
 
 
374 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.001486  normal  0.244602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2980  secretion protein HlyD family protein  37.87 
 
 
383 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6591  secretion protein HlyD family protein  39.68 
 
 
378 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  36.73 
 
 
383 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  37.83 
 
 
375 aa  212  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1512  secretion protein HlyD family protein  38.76 
 
 
405 aa  212  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3795  secretion protein HlyD family protein  37.43 
 
 
373 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4465  secretion protein HlyD  38.3 
 
 
374 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3626  secretion protein HlyD family protein  38.3 
 
 
374 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.382081  normal  0.990317 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3901  secretion protein HlyD family protein  38.3 
 
 
374 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  37.07 
 
 
393 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5998  secretion protein HlyD family protein  39.46 
 
 
394 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0744  secretion protein HlyD  39.12 
 
 
363 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0834  secretion protein HlyD family protein  38.3 
 
 
396 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.541495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3276  secretion protein HlyD family protein  38.04 
 
 
372 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  37.46 
 
 
414 aa  210  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  34.18 
 
 
411 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2304  secretion protein HlyD family protein  36.74 
 
 
358 aa  209  7e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.396898  normal  0.0133431 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4584  secretion protein HlyD family protein  38.37 
 
 
402 aa  208  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0736  major facilitator superfamily multidrug efflux pump membrane fusion protein  36.31 
 
 
375 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3279  secretion protein HlyD  38.36 
 
 
385 aa  208  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.119493  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5332  secretion protein HlyD family protein  33.84 
 
 
347 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6488  secretion protein HlyD family protein  38.86 
 
 
394 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1088  MFP family transporter  32.58 
 
 
368 aa  207  2e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.802038  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  37.13 
 
 
372 aa  206  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  34.8 
 
 
413 aa  206  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6188  putative multidrug resistance protein A  36.13 
 
 
456 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.650101  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  38.26 
 
 
365 aa  205  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2344  HlyD family secretion protein  36.74 
 
 
364 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6561  secretion protein HlyD family protein  37.66 
 
 
397 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0560581  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1980  secretion protein HlyD  37.07 
 
 
411 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.539609  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0524  HlyD family secretion protein  41.49 
 
 
301 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2501  secretion protein HlyD family protein  36.59 
 
 
358 aa  203  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.259226  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  35.03 
 
 
375 aa  203  5e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2928  HlyD family secretion protein  40.05 
 
 
372 aa  203  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  36.79 
 
 
381 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2795  secretion protein HlyD family protein  36.59 
 
 
402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.758551 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  35.24 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3442  secretion protein HlyD family protein  35.85 
 
 
421 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.711294 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3768  secretion protein HlyD family protein  35.78 
 
 
364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.20986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4608  secretion protein HlyD  35.78 
 
 
364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4968  secretion protein HlyD  40.92 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3192  secretion protein HlyD family protein  40.92 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3755  secretion protein HlyD family protein  35.78 
 
 
364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.178549  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1332  secretion protein HlyD family protein  35.9 
 
 
342 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.729441  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4487  secretion protein HlyD  36.87 
 
 
358 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4287  secretion protein HlyD family protein  40.92 
 
 
374 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0584309  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  34.53 
 
 
368 aa  199  6e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4061  secretion protein HlyD family protein  36.76 
 
 
422 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4102  secretion protein HlyD family protein  34.89 
 
 
401 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1703  secretion protein HlyD family protein  34.21 
 
 
358 aa  199  7.999999999999999e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2257  HlyD family secretion protein  37.11 
 
 
341 aa  199  9e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105446  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3632  secretion protein HlyD family protein  35.78 
 
 
363 aa  199  9e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5486  secretion protein HlyD family protein  35.78 
 
 
363 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707329  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4453  secretion protein HlyD family protein  37.28 
 
 
367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0217211  normal  0.353022 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3675  secretion protein HlyD family protein  37.82 
 
 
381 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4975  secretion protein HlyD family protein  35.78 
 
 
363 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710374  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3415  secretion protein HlyD family protein  32.95 
 
 
406 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1272  secretion protein HlyD family protein  36.99 
 
 
367 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.529481  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0312  secretion protein HlyD family protein  36.75 
 
 
400 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4248  secretion protein HlyD family protein  37.98 
 
 
397 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0400018  normal  0.0754484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2068  multidrug efflux MFS membrane fusion protein, putative  38.38 
 
 
425 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.851411 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3406  secretion protein HlyD  35.69 
 
 
419 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0814588  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2126  secretion protein HlyD family protein  35.54 
 
 
358 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  35.02 
 
 
368 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>