298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1889 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 831 aa  1697    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  55.82 
 
 		 832 aa  931    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  57.21 
 
 		 837 aa  929    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  57.47 
 
 		 837 aa  943    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  49.22 
 
 		 841 aa  761    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  54.89 
 
 		 857 aa  846    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  35.5 
 
 		 850 aa  452  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  35.62 
 
 		 833 aa  452  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  36.09 
 
 		 833 aa  452  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  35.37 
 
 		 833 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.49 
 
 		 851 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  35.07 
 
 		 878 aa  445  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  35.07 
 
 		 878 aa  445  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  34.16 
 
 		 878 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.95 
 
 		 878 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  34.58 
 
 		 856 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.53 
 
 		 876 aa  439  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  34.46 
 
 		 863 aa  439  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.64 
 
 		 837 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.47 
 
 		 840 aa  436  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.32 
 
 		 851 aa  432  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.31 
 
 		 838 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.44 
 
 		 838 aa  429  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  34.18 
 
 		 863 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  34.31 
 
 		 838 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.87 
 
 		 871 aa  423  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  34.31 
 
 		 838 aa  426  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  34.31 
 
 		 838 aa  426  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.62 
 
 		 828 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  34.31 
 
 		 838 aa  425  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  34.51 
 
 		 840 aa  421  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.88 
 
 		 861 aa  421  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.25 
 
 		 901 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  34.26 
 
 		 839 aa  420  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  34.96 
 
 		 901 aa  420  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.66 
 
 		 866 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  32.42 
 
 		 866 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.3 
 
 		 844 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  31.54 
 
 		 866 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.19 
 
 		 852 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  31.54 
 
 		 866 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  32.3 
 
 		 866 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  34.55 
 
 		 839 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  32.22 
 
 		 866 aa  411  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  31.66 
 
 		 866 aa  411  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  32.82 
 
 		 871 aa  412  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.44 
 
 		 875 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  34.78 
 
 		 839 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.44 
 
 		 875 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  32.61 
 
 		 842 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  34.29 
 
 		 851 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  32.49 
 
 		 842 aa  402  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  33.42 
 
 		 844 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  32.49 
 
 		 842 aa  402  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.45 
 
 		 833 aa  402  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.29 
 
 		 851 aa  402  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.9 
 
 		 853 aa  399  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  33.5 
 
 		 870 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.01 
 
 		 850 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  33.62 
 
 		 870 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  33.25 
 
 		 870 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  33.25 
 
 		 870 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.72 
 
 		 877 aa  393  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  34.57 
 
 		 888 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  33.57 
 
 		 870 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  34.45 
 
 		 888 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  34.57 
 
 		 873 aa  392  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  34.33 
 
 		 888 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  32.59 
 
 		 869 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.14 
 
 		 869 aa  389  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  32.9 
 
 		 869 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  34.45 
 
 		 888 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  32.59 
 
 		 869 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  32.82 
 
 		 869 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  33.02 
 
 		 869 aa  386  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.94 
 
 		 867 aa  385  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  33.42 
 
 		 740 aa  383  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.37 
 
 		 872 aa  381  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  33.46 
 
 		 809 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.58 
 
 		 867 aa  382  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.66 
 
 		 859 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  33.46 
 
 		 809 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  33.46 
 
 		 809 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  33.46 
 
 		 809 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  34.51 
 
 		 868 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  33.33 
 
 		 809 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  32.49 
 
 		 848 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.79 
 
 		 856 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  32.5 
 
 		 848 aa  372  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.75 
 
 		 930 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.25 
 
 		 852 aa  372  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  32.37 
 
 		 848 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  32.56 
 
 		 939 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  32.61 
 
 		 848 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.08 
 
 		 884 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  32.37 
 
 		 848 aa  369  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.53 
 
 		 866 aa  365  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.96 
 
 		 866 aa  366  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  34.53 
 
 		 844 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  32.83 
 
 		 914 aa  365  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>