70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1857 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1857  hypothetical protein  100 
 
 
377 aa  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3857  hypothetical protein  97.88 
 
 
377 aa  748    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.0139145 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1432  hypothetical protein  92.04 
 
 
377 aa  704    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.62375  normal  0.236218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1467  hypothetical protein  79.84 
 
 
377 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3629  hypothetical protein  62.96 
 
 
378 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.024176 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1764  hypothetical protein  62.43 
 
 
378 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.862195  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4000  hypothetical protein  63.73 
 
 
380 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000276231  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15270  hypothetical protein  64.19 
 
 
377 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0260789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2129  hypothetical protein  64.08 
 
 
380 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.325483  normal  0.257058 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2303  hypothetical protein  60.11 
 
 
376 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.000136711  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27200  hypothetical protein  60.38 
 
 
376 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0597023  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2036  hypothetical protein  47.59 
 
 
360 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.406778  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0856  hypothetical protein  48.69 
 
 
381 aa  333  3e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.331879 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0133  hypothetical protein  51.59 
 
 
395 aa  332  8e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1938  hypothetical protein  47.19 
 
 
393 aa  326  5e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000960978  hitchhiker  0.001985 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2411  hypothetical protein  48.95 
 
 
383 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00211608 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2037  hypothetical protein  46.94 
 
 
399 aa  323  4e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000141693  hitchhiker  0.000596189 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2140  hypothetical protein  46.94 
 
 
410 aa  322  5e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000144093  hitchhiker  0.0000349236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1700  hypothetical protein  44.01 
 
 
388 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000144386  normal  0.0296487 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1909  hypothetical protein  44.5 
 
 
395 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00034683  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2269  hypothetical protein  44.85 
 
 
392 aa  318  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000211648  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2245  hypothetical protein  47.66 
 
 
387 aa  317  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1916  hypothetical protein  46.79 
 
 
389 aa  315  8e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000231696  unclonable  0.0000021691 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2231  hypothetical protein  45.24 
 
 
392 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000496649  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4517  hypothetical protein  45.24 
 
 
392 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2329  hypothetical protein  45.52 
 
 
395 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2140  hypothetical protein  44.99 
 
 
392 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000016162  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2244  hypothetical protein  44.73 
 
 
392 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000119779  decreased coverage  0.0000000000494195 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2050  hypothetical protein  42.32 
 
 
404 aa  309  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000198084  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2190  hypothetical protein  45.24 
 
 
392 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  unclonable  0.00000574894 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2338  hypothetical protein  44.33 
 
 
392 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322197  hitchhiker  0.000102479 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1094  hypothetical protein  47.49 
 
 
397 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1876  hypothetical protein  44.73 
 
 
392 aa  301  9e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000489639  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1000  hypothetical protein  46.43 
 
 
397 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.320089  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1018  hypothetical protein  48.01 
 
 
397 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2890  hypothetical protein  46.44 
 
 
397 aa  298  8e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.780148  normal  0.230135 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0850  hypothetical protein  50.91 
 
 
393 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0187674  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2162  hypothetical protein  48.94 
 
 
397 aa  296  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.315971 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1738  hypothetical protein  48.95 
 
 
406 aa  296  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191079  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0935  hypothetical protein  50 
 
 
397 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.224232  normal  0.0374864 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1070  hypothetical protein  49.71 
 
 
396 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000120552  normal  0.185672 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1754  hypothetical protein  44.09 
 
 
366 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.346748 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1991  hypothetical protein  41.35 
 
 
407 aa  290  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390048  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1022  hypothetical protein  47.21 
 
 
395 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1781  hypothetical protein  50.3 
 
 
406 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.162288  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1897  hypothetical protein  41.44 
 
 
410 aa  281  1e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0747984  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2823  hypothetical protein  50.3 
 
 
406 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0821891  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2831  hypothetical protein  50 
 
 
406 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2885  hypothetical protein  50 
 
 
431 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0566  hypothetical protein  43.78 
 
 
382 aa  280  4e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0551  hypothetical protein  50 
 
 
434 aa  279  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2458  hypothetical protein  50 
 
 
406 aa  279  7e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2770  hypothetical protein  50.3 
 
 
402 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593896  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4254  hypothetical protein  46.68 
 
 
397 aa  269  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.934605  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1961  hypothetical protein  45.07 
 
 
356 aa  267  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.12391  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1100  hypothetical protein  44.95 
 
 
397 aa  265  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0662  hypothetical protein  44.41 
 
 
397 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1142  hypothetical protein  44.44 
 
 
397 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1933  hypothetical protein  43.43 
 
 
405 aa  247  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.272354 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2243  hypothetical protein  42.16 
 
 
381 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0757113  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1780  hypothetical protein  46.35 
 
 
387 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2872  hypothetical protein  46.59 
 
 
377 aa  237  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0270524  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0414  hypothetical protein  39.79 
 
 
356 aa  232  7.000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0586317  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1626  hypothetical protein  40.16 
 
 
375 aa  230  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1649  hypothetical protein  41.93 
 
 
362 aa  226  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2361  hypothetical protein  43.01 
 
 
370 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.391649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2874  hypothetical protein  43.01 
 
 
370 aa  226  6e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.407828  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0422  hypothetical protein  42.37 
 
 
356 aa  225  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3073  hypothetical protein  40 
 
 
375 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.172057 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2702  hypothetical protein  43.43 
 
 
426 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.425385 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>