More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1779 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1779  lipopolysaccharide ABC export system, ATP-binding protein  100 
 
 
405 aa  837  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0028065 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0918  ABC transporter  73.09 
 
 
405 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.441705  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1731  ABC transporter-related protein  60.41 
 
 
410 aa  498  1e-140  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0564  ABC transporter related  58.17 
 
 
406 aa  498  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0767  ABC transporter related  56.3 
 
 
406 aa  471  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281524  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71940  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  57.14 
 
 
421 aa  470  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6240  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  56.89 
 
 
421 aa  469  1e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5685  ABC transporter-like  55.04 
 
 
416 aa  457  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0795174  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1387  ABC transporter related  48.49 
 
 
402 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928113  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1244  ATPase  41.01 
 
 
432 aa  306  5e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  4.85389e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3643  ABC transporter related  38.07 
 
 
443 aa  273  5e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000162695  decreased coverage  8.34131e-05 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3460  ABC transporter ATP-binding protein  36.51 
 
 
440 aa  268  9e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100585  normal  0.102308 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0494  ABC transporter  34.75 
 
 
394 aa  268  1e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.491328  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2758  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.92 
 
 
465 aa  266  3e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00103163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1985  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.92 
 
 
465 aa  266  3e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0805636  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1847  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.92 
 
 
465 aa  266  3e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0556444  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3136  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.92 
 
 
465 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.28076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3099  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.92 
 
 
465 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.56935  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0928  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.96 
 
 
471 aa  266  7e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3159  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  38.2 
 
 
469 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0371  putative ABC-2 type transport system ATP-binding protein  34.82 
 
 
410 aa  262  7e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1474  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  37.47 
 
 
469 aa  262  8e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.509315  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2170  putative ABC transporter  41.22 
 
 
431 aa  262  8e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0717  ABC transporter related  35.37 
 
 
464 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0028  ABC transporter related  36.77 
 
 
472 aa  260  4e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4048  ABC transporter-like  37.56 
 
 
438 aa  259  5e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.192199  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3117  ABC transporter related  36.15 
 
 
436 aa  257  3e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0319  ABC transporter related  35.14 
 
 
455 aa  257  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.746089  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2398  ABC transporter related  37.72 
 
 
488 aa  254  3e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3925  ABC transporter related  36.21 
 
 
449 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.466767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4089  ABC transporter related  34.61 
 
 
870 aa  251  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.591422  normal  0.870036 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03166  ABC transporter, ATP binding protein  36.34 
 
 
437 aa  251  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2313  ABC transporter related  35.51 
 
 
450 aa  247  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0239499 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3976  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, ATPase subunit  38.25 
 
 
435 aa  246  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1075  O-antigen ABC transporter, ATP-binding protein, putative  33.87 
 
 
454 aa  243  4e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.164394  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3798  ABC O-antigen/lipopolysaccharide exporter, ATPase subunit  34.01 
 
 
448 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3964  ABC transporter related  39.26 
 
 
416 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1228  ABC transporter, ATPase subunit  41.35 
 
 
416 aa  239  8e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0545  ABC transporter related  39.56 
 
 
816 aa  237  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.4863 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3813  ABC transporter related  35.82 
 
 
711 aa  236  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.396147  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4318  ABC transporter related  34.53 
 
 
456 aa  236  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.976448 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3133  ABC transporter related  33.17 
 
 
423 aa  234  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0650  ABC transporter related  37.68 
 
 
409 aa  233  4e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15970  ABC transporter, ATP binding component  34.95 
 
 
447 aa  232  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1362  ABC transporter related  42.15 
 
 
472 aa  230  3e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0452028  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0858  ABC transporter related  41.61 
 
 
407 aa  230  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.166623  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2515  ABC transporter related  38.61 
 
 
424 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.780644 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0651  ABC polysaccharide efflux pump, ATPase subunit  35.32 
 
 
472 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601465  normal  0.274396 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4204  ABC transporter related  34.72 
 
 
424 aa  228  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.257703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0886  ABC transporter related  41.64 
 
 
493 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4245  ABC transporter related  33.42 
 
 
425 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2549  efflux ABC transporter, ATP-binding protein, putative  38.6 
 
 
415 aa  227  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.935109  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4136  ABC transporter related  44.31 
 
 
468 aa  226  5e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  5.82944e-07 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2372  ABC transporter related protein  36.15 
 
 
411 aa  226  5e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041258 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3694  ABC transporter related  34.79 
 
 
429 aa  226  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4003  ABC transporter related  33.73 
 
 
457 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.584674  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1314  ABC transporter related  48.72 
 
 
424 aa  224  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.471926  normal  0.0317706 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2757  ABC transporter related  42.07 
 
 
408 aa  223  4e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0255  teichoic acid translocation ATP-binding protein  47.01 
 
 
390 aa  221  2e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2200  ABC transporter related  31.96 
 
 
498 aa  221  2e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.206971  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0264  ABC transporter, ATP-binding protein  46.58 
 
 
390 aa  220  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0955  ABC transporter-related protein  43.4 
 
 
594 aa  220  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0421  ABC transporter related  34.11 
 
 
424 aa  219  7e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2409  ABC transporter related protein  34.66 
 
 
415 aa  219  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4590  ABC transporter related  34.17 
 
 
416 aa  216  6e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0267  ABC transporter, ATP-binding protein  42.29 
 
 
393 aa  216  6e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0258  teichoic acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.29 
 
 
393 aa  216  6e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.591721  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3196  ABC transporter related  33.85 
 
 
433 aa  215  1e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4145  ABC transporter-related protein  44.26 
 
 
429 aa  214  2e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.79677e-06 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2759  ABC transporter related  49.25 
 
 
428 aa  213  4e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.237153  hitchhiker  0.00117132 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0673  ABC transporter related  37.39 
 
 
412 aa  213  4e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00619068  hitchhiker  0.000755206 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3088  ABC transporter related  36.67 
 
 
428 aa  211  1e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204093  normal  0.388179 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3354  ABC transporter related  37.76 
 
 
411 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1066  ABC transporter related  34.2 
 
 
399 aa  210  4e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2174  ABC transporter related  41.77 
 
 
420 aa  209  7e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.108509  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1494  ABC transporter related  42.86 
 
 
254 aa  209  7e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0356774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1398  ABC transporter-related protein  42.86 
 
 
254 aa  209  7e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00437719  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2461  ABC transporter, ATPase subunit  42.86 
 
 
254 aa  209  9e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00443651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2358  ABC transporter related  46.83 
 
 
421 aa  206  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1647  ABC transporter related  34.87 
 
 
422 aa  207  4e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1760  ABC transporter related  37.24 
 
 
415 aa  206  4e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.959569 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3355  ABC transporter related  38.41 
 
 
429 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4904  ABC transporter-like protein protein  33.71 
 
 
418 aa  206  8e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1033  ABC transporter related  34.63 
 
 
427 aa  205  1e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4465  ABC transporter related  42.19 
 
 
649 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3032  ABC transporter related  30.38 
 
 
478 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0851  ATPase  38.4 
 
 
433 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1102  ABC transporter related  32.66 
 
 
431 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3246  ABC transporter related  36.09 
 
 
435 aa  204  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224686  normal  0.539755 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1557  ABC transporter related  46.8 
 
 
422 aa  204  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2770  ABC transporter related  36.71 
 
 
418 aa  204  3e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.906203 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1182  ABC transporter, ATP-binding protein  41.77 
 
 
418 aa  202  1e-50  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0625  carbohydrate ABC transporter, ATP-binding protein, putative  46.34 
 
 
417 aa  202  1e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0209  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system, ATPase component  40.17 
 
 
397 aa  201  1e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4203  ABC transporter related  32.46 
 
 
429 aa  202  1e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2571  ABC transporter related protein  38.28 
 
 
419 aa  201  2e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00120547  normal  0.533864 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2895  ATPase  44.05 
 
 
369 aa  201  2e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1587  ABC transporter related  45.45 
 
 
427 aa  201  2e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2802  ABC transporter related protein  42.41 
 
 
439 aa  201  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1505  ABC transporter, ATP-binding protein  48.95 
 
 
422 aa  200  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>