More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1771 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1771  cytidylate kinase  100 
 
 
228 aa  452  1e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00506628  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3943  cytidylate kinase  100 
 
 
225 aa  445  1e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302806  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1362  cytidylate kinase  98.68 
 
 
228 aa  446  1e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105821  normal  0.0198977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1378  cytidylate kinase  94.74 
 
 
228 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.925348  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4073  cytidylate kinase  84.14 
 
 
229 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.93328e-05  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3643  cytidylate kinase  83.11 
 
 
229 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000551434  normal  0.674927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1749  cytidylate kinase  81.94 
 
 
229 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00238031  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1853  cytidylate kinase  79.37 
 
 
221 aa  352  3e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0179513  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  76 
 
 
229 aa  341  6e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  77.98 
 
 
229 aa  339  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  3.01501e-05  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15860  cytidylate kinase  78.28 
 
 
229 aa  315  5e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1708  cytidylate kinase  65.9 
 
 
229 aa  282  3e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.12654e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1026  cytidylate kinase  63.23 
 
 
226 aa  276  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  4.34199e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2002  cytidylate kinase  64.06 
 
 
225 aa  275  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0311014  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1734  cytidylate kinase  64.06 
 
 
225 aa  275  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000603603  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  63.13 
 
 
230 aa  275  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  4.10063e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  63.13 
 
 
230 aa  275  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.68011e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  63.13 
 
 
230 aa  275  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  9.03512e-09  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2310  cytidylate kinase  61.57 
 
 
230 aa  270  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.98578e-06  hitchhiker  4.43143e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2733  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.97985e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1007  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  8.20305e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1071  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  1.34482e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1016  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.87427e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00921  hypothetical protein  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2686  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  2.00966e-08  normal  0.762789 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2210  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.77871e-05  normal  0.370624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2418  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  4.59306e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  63.59 
 
 
227 aa  268  5e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00914  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  268  5e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1078  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0687941 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2072  cytidylate kinase  58.67 
 
 
230 aa  267  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.70816e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1045  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.185526  normal  0.763998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0986  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  7.06228e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1093  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0104083  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1013  cytidylate kinase  63.13 
 
 
227 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2340  cytidylate kinase  59.38 
 
 
229 aa  266  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000158492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2124  cytidylate kinase  58.22 
 
 
229 aa  265  5e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.09139e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2164  cytidylate kinase  61.95 
 
 
232 aa  265  6e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00199731  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1735  cytidylate kinase  58.56 
 
 
231 aa  261  5e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  6.10181e-08  decreased coverage  8.7686e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1752  cytidylate kinase  59.17 
 
 
227 aa  261  6e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.25539e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2334  cytidylate kinase  61.47 
 
 
226 aa  260  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000116453  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2043  cytidylate kinase  60.65 
 
 
230 aa  260  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.46913e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2055  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  259  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  6.28627e-07  unclonable  2.41467e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1923  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  7.22421e-08  unclonable  4.03388e-11 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1506  cytidylate kinase  61.06 
 
 
229 aa  259  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.36579e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1976  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  260  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.66074e-05  hitchhiker  1.64919e-09 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2299  cytidylate kinase  60.47 
 
 
230 aa  259  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.99193e-08  unclonable  9.55893e-11 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2467  cytidylate kinase  61.4 
 
 
225 aa  258  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.50284e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2065  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  258  6e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.05966e-09  unclonable  2.13103e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2397  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  258  6e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.69082e-07  unclonable  9.86897e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2280  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  258  6e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  7.93863e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2069  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  258  6e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.9021e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2856  cytidylate kinase  60.09 
 
 
227 aa  258  7e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.1992e-05  hitchhiker  1.24191e-08 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003019  cytidylate kinase  58.33 
 
 
226 aa  258  8e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.38917e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2403  cytidylate kinase  56.89 
 
 
230 aa  256  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02861  cytidylate kinase  58.77 
 
 
226 aa  254  6e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0564  cytidylate kinase  59.38 
 
 
227 aa  252  3e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1953  cytidylate kinase  58.22 
 
 
230 aa  246  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.56815e-08  hitchhiker  5.48451e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2219  cytidylate kinase  60 
 
 
224 aa  247  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000392774  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0930  cytidylate kinase  57.96 
 
 
234 aa  245  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2238  cytidylate kinase  62.21 
 
 
230 aa  243  2e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000316854  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1645  cytidylate kinase  54.59 
 
 
225 aa  238  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.170178 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1542  cytidylate kinase  58.3 
 
 
225 aa  237  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.624713  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0254  cytidylate kinase  55.5 
 
 
225 aa  236  2e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.13077  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0179  cytidylate kinase  55.96 
 
 
227 aa  236  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  8.47233e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3014  cytidylate kinase  57.55 
 
 
228 aa  234  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  1.96489e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1211  cytidylate kinase  58.74 
 
 
235 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00218748  normal  0.15361 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0955  cytidylate kinase  60.1 
 
 
225 aa  230  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  2.42866e-06  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1375  cytidylate kinase  51.11 
 
 
230 aa  228  4e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1371  cytidylate kinase  51.11 
 
 
230 aa  228  4e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2140  cytidylate kinase  55.56 
 
 
224 aa  222  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00890  cytidylate kinase  51.56 
 
 
227 aa  222  4e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.007598  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0977  cytidylate kinase  53.67 
 
 
237 aa  218  8e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  4.631e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0745  cytidylate kinase  55.16 
 
 
228 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.804624  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4159  cytidylate kinase  55.71 
 
 
228 aa  214  6e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0849  cytidylate kinase  54.46 
 
 
231 aa  214  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.744629  normal  0.265979 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0778  cytidylate kinase  54.46 
 
 
231 aa  214  9e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00825892 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1005  cytidylate kinase  55.71 
 
 
228 aa  214  1e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1598  cytidylate kinase  51.83 
 
 
223 aa  214  1e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1046  cytidylate kinase  55.71 
 
 
228 aa  214  1e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1279  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  57.48 
 
 
643 aa  214  1e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.091835  normal  0.851498 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0567  cytidylate kinase  55.71 
 
 
228 aa  214  1e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0721  cytidylate kinase  52.31 
 
 
219 aa  213  2e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0824528  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1637  cytidylate kinase  54.93 
 
 
228 aa  213  2e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1541  cytidylate kinase  51.83 
 
 
223 aa  213  3e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1332  cytidylate kinase  56.28 
 
 
219 aa  211  6e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  4.33479e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2883  cytidylate kinase  54.46 
 
 
228 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0880838  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2946  cytidylate kinase  54.46 
 
 
228 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2570  cytidylate kinase  51.85 
 
 
221 aa  210  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138254  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2573  cytidylate kinase  53.99 
 
 
228 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0883038  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2468  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  52.09 
 
 
673 aa  210  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.835531  normal  0.361895 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2995  cytidylate kinase  54.46 
 
 
255 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0200  cytidylate kinase  53.99 
 
 
228 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0429  cytidylate kinase  53.99 
 
 
228 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0948  cytidylate kinase  53.99 
 
 
228 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0902  cytidylate kinase  54.5 
 
 
226 aa  209  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.210574  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0928  cytidylate kinase  51.61 
 
 
226 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  4.97834e-08  normal  0.452756 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1024  cytidylate kinase  54.5 
 
 
226 aa  209  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  1.94676e-06  unclonable  2.98139e-11 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1392  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  51.63 
 
 
673 aa  209  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121243  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1072  cytidylate kinase  51.61 
 
 
226 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.46962e-09  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>