30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1567 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1567  HK97 family phage major capsid protein  100 
 
 
414 aa  845  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.944174  decreased coverage  6.90857e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1339  HK97 family phage major capsid protein  96.14 
 
 
418 aa  801  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.124448 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1682  HK97 family phage major capsid protein  48.53 
 
 
418 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0649  Phage major capsid protein, HK97  48.52 
 
 
465 aa  350  3e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.296668  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1600  phage major capsid protein, HK97 family  46.89 
 
 
433 aa  338  8e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2592  phage major capsid protein, HK97 family  47.12 
 
 
396 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.339104 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2963  prophage LambdaSo, HK97 family major capsid protein  47.49 
 
 
396 aa  304  2e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1668  phage major capsid protein, HK97  44.27 
 
 
403 aa  290  4e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4465  phage major capsid protein, HK97 family  41.52 
 
 
405 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  7.06363e-05 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1634  major head protein  44.16 
 
 
405 aa  277  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0991  HK97 family phage major capsid protein  42.09 
 
 
449 aa  259  8e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0362  HK97 family phage major capsid protein  42.09 
 
 
449 aa  259  8e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0642  phage major head protein  43.64 
 
 
403 aa  249  9e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3318  HK97 family phage major capsid protein  37.12 
 
 
433 aa  226  8e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0235436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2067  prophage LambdaSo, HK97 family major capsid protein  36.87 
 
 
433 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023752  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3394  HK97 family phage major capsid protein  35.46 
 
 
397 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  5.37798e-09 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3943  HK97 family phage major capsid protein  32.17 
 
 
400 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.204605  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3579  phage major capsid protein, HK97  32.66 
 
 
411 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.978109  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0461  major phage capsid subunit precursor  33.81 
 
 
417 aa  155  1e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.561977 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3892  hypothetical protein  31.74 
 
 
421 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0353742 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2917  HK97 family phage prohead protease  25.31 
 
 
579 aa  73.9  5e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.595306  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3892  putative phage head  23.72 
 
 
414 aa  58.9  2e-07  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.862088  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3898  major capsid protein HK97  28.65 
 
 
279 aa  55.1  2e-06  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  29.27 
 
 
397 aa  50.4  6e-05  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  29.81 
 
 
397 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  25.83 
 
 
399 aa  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  23.81 
 
 
403 aa  47.4  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0627  phage major capsid protein, HK97 family  26.83 
 
 
368 aa  47  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2837  hypothetical protein  26.19 
 
 
352 aa  45.1  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0998237  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  24.77 
 
 
389 aa  43.1  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>