More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1438 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  100 
 
 		 224 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  98.21 
 
 		 224 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  77.58 
 
 		 224 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  78.03 
 
 		 224 aa  360  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  74.89 
 
 		 224 aa  353  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  74.89 
 
 		 224 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  73.66 
 
 		 224 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.66 
 
 		 224 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.66 
 
 		 224 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.66 
 
 		 224 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0046  two component heavy metal response transcriptional regulator  69.51 
 
 		 224 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.398344  normal  0.151204 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0029  DNA-binding response regulator CzrR  69.51 
 
 		 224 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000398254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0043  two component heavy metal response transcriptional regulator  69.51 
 
 		 224 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.955175  hitchhiker  0.00039578 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0043  two component heavy metal response transcriptional regulator  69.51 
 
 		 224 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.216902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2714  putative two-component response regulator  72.2 
 
 		 224 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.681326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31960  putative two-component response regulator  72.2 
 
 		 224 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.029957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  67.71 
 
 		 226 aa  305  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63.68 
 
 		 226 aa  280  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  62.33 
 
 		 228 aa  277  8e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.33 
 
 		 230 aa  277  8e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60.18 
 
 		 225 aa  277  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  62.33 
 
 		 226 aa  276  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.88 
 
 		 228 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.78 
 
 		 227 aa  275  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.88 
 
 		 228 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  60.18 
 
 		 225 aa  275  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000269255  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.23 
 
 		 232 aa  275  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.88 
 
 		 225 aa  275  6e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  62.16 
 
 		 228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.56 
 
 		 219 aa  272  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  62.05 
 
 		 223 aa  271  4.0000000000000004e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  62.78 
 
 		 228 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.26 
 
 		 225 aa  270  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  61.09 
 
 		 229 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.54 
 
 		 225 aa  269  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  59.46 
 
 		 224 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.54 
 
 		 225 aa  268  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.43 
 
 		 228 aa  268  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  0.00000222676 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 		 224 aa  267  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  57.78 
 
 		 230 aa  266  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  60.71 
 
 		 223 aa  265  2.9999999999999995e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  59.73 
 
 		 228 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.88 
 
 		 227 aa  265  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.36 
 
 		 225 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  61.16 
 
 		 228 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.59 
 
 		 223 aa  264  8.999999999999999e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.99 
 
 		 225 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.99 
 
 		 225 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.99 
 
 		 225 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.54 
 
 		 225 aa  263  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  57.4 
 
 		 229 aa  263  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  58.64 
 
 		 223 aa  263  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.43 
 
 		 228 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.43 
 
 		 228 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.43 
 
 		 227 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.01 
 
 		 226 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 		 225 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  60.44 
 
 		 228 aa  262  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  262  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.99 
 
 		 228 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1524  transcriptional activator protein IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 		 224 aa  261  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  59.19 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.19 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.88 
 
 		 232 aa  261  8e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.99 
 
 		 227 aa  261  8e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  58.18 
 
 		 223 aa  260  8.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.19 
 
 		 224 aa  260  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 		 223 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  60.27 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.01 
 
 		 225 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.01 
 
 		 225 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.64 
 
 		 223 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.01 
 
 		 225 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  61.88 
 
 		 226 aa  259  3e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.92 
 
 		 224 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  56.05 
 
 		 229 aa  258  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.3 
 
 		 224 aa  257  8e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  57.85 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5672  DNA-binding response regulator  61.43 
 
 		 228 aa  257  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.74 
 
 		 223 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.78 
 
 		 227 aa  256  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.82 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.74 
 
 		 223 aa  256  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1742  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  62.33 
 
 		 228 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.3 
 
 		 223 aa  255  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.16 
 
 		 226 aa  255  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.3 
 
 		 223 aa  255  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.16 
 
 		 242 aa  255  4e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.16 
 
 		 226 aa  255  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.4 
 
 		 225 aa  254  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 		 223 aa  254  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2234  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.09 
 
 		 225 aa  254  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.162422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2490  heavy metal response regulator  60.99 
 
 		 228 aa  254  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.289616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>