More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1433 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4288  ribonuclease III  100 
 
 
229 aa  459  1e-128  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1433  ribonuclease III  100 
 
 
229 aa  459  1e-128  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00353608  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4374  ribonuclease III  98.25 
 
 
229 aa  452  1e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1073  ribonuclease III  96.07 
 
 
229 aa  427  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0994  ribonuclease III  91.27 
 
 
229 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683034  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  88.65 
 
 
229 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4217  ribonuclease III  88.21 
 
 
229 aa  394  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13780  ribonuclease III  87.77 
 
 
229 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  86.46 
 
 
229 aa  384  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4749  ribonuclease III  83.41 
 
 
229 aa  370  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.190764  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54330  ribonuclease III  83.41 
 
 
229 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  64.29 
 
 
226 aa  294  7e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  61.71 
 
 
229 aa  277  8e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  60.85 
 
 
227 aa  263  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  57.99 
 
 
225 aa  254  1e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  57.08 
 
 
225 aa  252  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  57.08 
 
 
225 aa  252  4e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  56.56 
 
 
227 aa  249  3e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  58.41 
 
 
226 aa  243  1e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  55.75 
 
 
223 aa  241  8e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  56.48 
 
 
226 aa  237  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.58412e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  54.63 
 
 
226 aa  232  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  55.09 
 
 
226 aa  231  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  55.09 
 
 
226 aa  232  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  54.63 
 
 
226 aa  229  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  54.63 
 
 
226 aa  229  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  56.22 
 
 
245 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  56.22 
 
 
245 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  56.22 
 
 
245 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  56.22 
 
 
245 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  56.22 
 
 
245 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  56.48 
 
 
225 aa  228  5e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  228  6e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3071  ribonuclease III  56.22 
 
 
226 aa  228  9e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  54.73 
 
 
226 aa  227  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  55.22 
 
 
226 aa  227  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  55.22 
 
 
226 aa  227  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  54.17 
 
 
226 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.88917e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  53.7 
 
 
226 aa  226  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  55.09 
 
 
226 aa  226  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  53.7 
 
 
226 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  53.7 
 
 
226 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3669  ribonuclease III  57.34 
 
 
226 aa  224  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  53.7 
 
 
226 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1204  ribonuclease III  55.72 
 
 
226 aa  224  9e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.401784  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1136  ribonuclease III  57.21 
 
 
226 aa  222  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0329439  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1189  ribonuclease III  57.21 
 
 
226 aa  222  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.17286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3611  ribonuclease III  57.21 
 
 
226 aa  222  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228874  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  51.85 
 
 
266 aa  221  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  54.25 
 
 
225 aa  220  2e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  52.27 
 
 
228 aa  217  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  50.23 
 
 
233 aa  215  4e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  48.86 
 
 
227 aa  214  6e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  52.78 
 
 
225 aa  213  2e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  53.42 
 
 
230 aa  213  2e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  48.4 
 
 
227 aa  211  5e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1243  ribonuclease III  53.23 
 
 
225 aa  209  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.71922e-08  unclonable  1.31093e-08 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0281  ribonuclease III  50.67 
 
 
225 aa  209  3e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  52.25 
 
 
228 aa  207  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  56.13 
 
 
227 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  7.76488e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1007  ribonuclease III  51.24 
 
 
248 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0279333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0863  ribonuclease III  51.24 
 
 
248 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.016205 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  50.24 
 
 
233 aa  206  3e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  54.33 
 
 
228 aa  206  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  50.45 
 
 
234 aa  206  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  53.95 
 
 
233 aa  204  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  49.76 
 
 
233 aa  202  3e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  52.86 
 
 
222 aa  201  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  50.68 
 
 
224 aa  200  1e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  50.23 
 
 
224 aa  201  1e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  51.16 
 
 
243 aa  200  2e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  55.56 
 
 
228 aa  200  2e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  51.64 
 
 
230 aa  199  3e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  52.29 
 
 
222 aa  199  4e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  53.92 
 
 
226 aa  194  9e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0367  ribonuclease III  50 
 
 
265 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0273818 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0333  ribonuclease III  49.53 
 
 
265 aa  192  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.283295  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  47.32 
 
 
226 aa  192  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  49.09 
 
 
263 aa  192  4e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  47.03 
 
 
233 aa  189  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  49.07 
 
 
256 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  49.07 
 
 
256 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  51.11 
 
 
226 aa  185  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  51.11 
 
 
226 aa  185  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  50.23 
 
 
263 aa  185  5e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  49.07 
 
 
256 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2975  ribonuclease III  49.28 
 
 
226 aa  183  2e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00170504  hitchhiker  0.00754361 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  47.51 
 
 
233 aa  182  4e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  48.67 
 
 
227 aa  181  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0374  ribonuclease III  47.2 
 
 
259 aa  181  8e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.7646  hitchhiker  0.000724257 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  48.29 
 
 
256 aa  181  9e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  49.78 
 
 
228 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>