210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1355 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1355  AmpG-related permease  100 
 
 		 515 aa  1019    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.010612  normal  0.140605 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13420  AmpG-related permease  74.51 
 
 		 515 aa  742    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4383  ampG protein, putative  82.24 
 
 		 516 aa  823    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.920569  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0962  AmpG-related permease  93.98 
 
 		 515 aa  926    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4078  AmpG-related permease  82.17 
 
 		 516 aa  818    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1198  AmpG permease  86.03 
 
 		 519 aa  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4494  AmpG-related permease  97.86 
 
 		 515 aa  961    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.769685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4369  AmpG-related permease  99.22 
 
 		 515 aa  1014    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389334 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4964  putative permease  48.29 
 
 		 594 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.559843  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  47.14 
 
 		 471 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  47.91 
 
 		 471 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  45.05 
 
 		 472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  47.32 
 
 		 471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  48.15 
 
 		 461 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  46.64 
 
 		 471 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  48.05 
 
 		 463 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  46.64 
 
 		 471 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  45.54 
 
 		 478 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  47.12 
 
 		 465 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  46.01 
 
 		 466 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  46.08 
 
 		 472 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  45.93 
 
 		 476 aa  381  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  46.38 
 
 		 461 aa  371  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0941  hypothetical protein  71.83 
 
 		 598 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.274634 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0147  major facilitator transporter  43.85 
 
 		 550 aa  349  7e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  41.34 
 
 		 475 aa  335  1e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  41.44 
 
 		 439 aa  329  9e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1235  muropeptide MFS uptake transporter AmpG  39.35 
 
 		 550 aa  328  1.0000000000000001e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.988982 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1156  major facilitator transporter  40.32 
 
 		 553 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0968602  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57100  putative permease  58.94 
 
 		 594 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2143  major facilitator transporter  41.72 
 
 		 450 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  40.52 
 
 		 468 aa  292  8e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0190  major facilitator transporter  37.07 
 
 		 576 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.397868 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  58.46 
 
 		 415 aa  237  4e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  59.47 
 
 		 417 aa  237  4e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  56.07 
 
 		 462 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  58.85 
 
 		 466 aa  231  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  56.06 
 
 		 466 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  56.77 
 
 		 478 aa  228  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0263  major facilitator superfamily MFS_1  59.09 
 
 		 462 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464987  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  57.67 
 
 		 465 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  57.67 
 
 		 463 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  55.85 
 
 		 447 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0276  major facilitator superfamily transporter  55.19 
 
 		 449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  57.14 
 
 		 475 aa  212  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  56.22 
 
 		 444 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  51.3 
 
 		 1565 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  51.3 
 
 		 1565 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2636  major facilitator transporter  55.06 
 
 		 429 aa  207  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103448  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  29.8 
 
 		 450 aa  206  9e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0516  major facilitator transporter  58.33 
 
 		 441 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  33.81 
 
 		 443 aa  199  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1667  major facilitator transporter  28.88 
 
 		 451 aa  197  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0579205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  31.13 
 
 		 416 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0814  putative permease  27.91 
 
 		 424 aa  191  2e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1400  signal transducer ampG1  28.72 
 
 		 502 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00988952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1773  major facilitator transporter  38.22 
 
 		 630 aa  180  4.999999999999999e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  49.2 
 
 		 465 aa  176  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3596  major facilitator transporter  44.81 
 
 		 478 aa  170  7e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.597959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02935  signal transducer  43.87 
 
 		 431 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.726126  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  43.18 
 
 		 457 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  45.79 
 
 		 447 aa  158  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  42.47 
 
 		 459 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  42.08 
 
 		 454 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  41.55 
 
 		 443 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  41.82 
 
 		 456 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  41.23 
 
 		 452 aa  150  5e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  42.51 
 
 		 492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  41.67 
 
 		 495 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  41.87 
 
 		 492 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  41.87 
 
 		 492 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0296  AmpG protein  40.89 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  42.29 
 
 		 495 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  41.87 
 
 		 492 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  35.94 
 
 		 491 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  36.28 
 
 		 491 aa  143  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  36.28 
 
 		 491 aa  143  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  36.28 
 
 		 491 aa  143  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  36.28 
 
 		 491 aa  143  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  43.38 
 
 		 455 aa  143  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  36.28 
 
 		 491 aa  143  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  36.28 
 
 		 491 aa  143  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  36.28 
 
 		 491 aa  143  8e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  35.81 
 
 		 491 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  35.81 
 
 		 491 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4070  HNH endonuclease  29.55 
 
 		 509 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  40.41 
 
 		 388 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0879  hypothetical protein  45.64 
 
 		 528 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.207268  hitchhiker  0.000254267 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2881  muropeptide transporter  38.12 
 
 		 489 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457618  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  38.93 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  36.7 
 
 		 491 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  35.85 
 
 		 428 aa  132  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  36.7 
 
 		 491 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  38.95 
 
 		 504 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  36.7 
 
 		 493 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  36.7 
 
 		 491 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  36.7 
 
 		 493 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  39.79 
 
 		 409 aa  131  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  39.6 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  38.42 
 
 		 482 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>