52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1344 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1344  hypothetical protein  100 
 
 
209 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444258  decreased coverage  6.72782e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4380  hypothetical protein  98.56 
 
 
209 aa  415  1e-115  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0506505  normal  0.0887943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4505  hypothetical protein  99.34 
 
 
151 aa  295  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000389369  normal  0.62283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0951  hypothetical protein  88.67 
 
 
151 aa  268  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.166342  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4401  hypothetical protein  67.55 
 
 
153 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4095  hypothetical protein  63.12 
 
 
161 aa  201  9e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.332241  normal  0.566821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0929  hypothetical protein  63.51 
 
 
151 aa  178  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0092322  normal  0.674823 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4429  hypothetical protein  62 
 
 
151 aa  174  1e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4977  hypothetical protein  56.76 
 
 
153 aa  128  8e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.204636  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57250  hypothetical protein  58.73 
 
 
131 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0153824  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2028  hypothetical protein  34.36 
 
 
174 aa  66.6  3e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2853  hypothetical protein  34.62 
 
 
147 aa  62.4  5e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0179123  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2183  hypothetical protein  38.58 
 
 
156 aa  61.2  1e-08  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  4.27964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2638  hypothetical protein  30.26 
 
 
155 aa  59.3  4e-08  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0193906  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2445  hypothetical protein  30.47 
 
 
149 aa  57  2e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  1.70869e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0416  hypothetical protein  34.03 
 
 
150 aa  54.3  1e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.79477e-08  hitchhiker  0.000470097 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0361  hypothetical protein  34.27 
 
 
150 aa  54.3  1e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.15827e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0768  hypothetical protein  37.17 
 
 
174 aa  53.1  3e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  7.09717e-06  normal  0.343025 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4527  hypothetical protein  34.25 
 
 
150 aa  52.8  3e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.60771e-06  unclonable  1.98081e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3805  hypothetical protein  34.97 
 
 
150 aa  52  6e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.10465e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3773  protein of unknown function DUF721  35.34 
 
 
175 aa  51.6  9e-06  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000368452  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0617  protein of unknown function DUF721  31.25 
 
 
174 aa  51.2  1e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000209759  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0568  hypothetical protein  32 
 
 
158 aa  50.1  2e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0538  hypothetical protein  32 
 
 
158 aa  50.1  2e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0044295  normal  0.27748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0086  hypothetical protein  32 
 
 
158 aa  50.1  2e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2911  hypothetical protein  35.66 
 
 
174 aa  49.3  4e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.30848e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3511  hypothetical protein  35.66 
 
 
174 aa  49.3  4e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000118772  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3380  hypothetical protein  35.66 
 
 
174 aa  49.3  4e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.36191e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2193  hypothetical protein  39.13 
 
 
142 aa  49.3  4e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00409116  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3585  hypothetical protein  35.4 
 
 
175 aa  48.5  7e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  4.45956e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0471  hypothetical protein  32.21 
 
 
159 aa  48.5  7e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.396188  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2828  hypothetical protein  32.6 
 
 
219 aa  48.5  7e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.119045  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0496  hypothetical protein  32.21 
 
 
159 aa  48.5  8e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00166057  normal  0.977883 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1154  hypothetical protein  30.2 
 
 
154 aa  48.1  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00206415  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0493  hypothetical protein  35.71 
 
 
148 aa  47.8  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.06627e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0419  hypothetical protein  36.73 
 
 
148 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000551607  unclonable  3.88194e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0408  hypothetical protein  36.73 
 
 
148 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.90387e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0407  hypothetical protein  36.73 
 
 
148 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.71569e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0433  protein of unknown function DUF721  36.73 
 
 
148 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  3.20142e-10  unclonable  1.79401e-12 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3447  hypothetical protein  33.06 
 
 
151 aa  47  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.8127e-05  unclonable  1.8391e-06 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3653  hypothetical protein  30.87 
 
 
158 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3737  hypothetical protein  35.71 
 
 
148 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.47329e-05  hitchhiker  2.2613e-08 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0655  protein of unknown function DUF721  33.94 
 
 
174 aa  45.8  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240864  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  58.14 
 
 
357 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4213  hypothetical protein  31.73 
 
 
148 aa  45.1  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0392  hypothetical protein  34.69 
 
 
148 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  4.00952e-06  unclonable  2.27076e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0777  hypothetical protein  33.61 
 
 
146 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.080705  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0360  hypothetical protein  32.29 
 
 
150 aa  43.1  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.15067e-07  unclonable  7.08625e-06 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2875  hypothetical protein  28.57 
 
 
162 aa  41.6  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0140441  hitchhiker  1.88483e-05 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004484  hypothetical protein  28 
 
 
152 aa  41.6  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.19516e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0611  hypothetical protein  27.59 
 
 
175 aa  41.6  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3436  hypothetical protein  31.07 
 
 
151 aa  41.6  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00123738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>