More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1184 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1184  dienelactone hydrolase  100 
 
 
265 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00788305  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1214  dienelactone hydrolase  99.62 
 
 
263 aa  537  1e-152  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.602009  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4232  dienelactone hydrolase  95.06 
 
 
263 aa  513  1e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215176  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1196  dienelactone hydrolase  95.42 
 
 
263 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.372002  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3711  dienelactone hydrolase  71.76 
 
 
262 aa  398  1e-110  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138504 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4242  dienelactone hydrolase  72.52 
 
 
263 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.194983  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1677  dienelactone hydrolase family protein  71.37 
 
 
262 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4214  hypothetical protein  65.78 
 
 
262 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49330  hypothetical protein  65.56 
 
 
262 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.295044  normal  0.0937035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33270  Dienelactone hydrolase protein  61.92 
 
 
261 aa  321  9e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.669671  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0790  dienelactone hydrolase  52.96 
 
 
269 aa  265  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2536  dienelactone hydrolase family protein  53.44 
 
 
270 aa  257  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0163  dienelactone hydrolase  53.91 
 
 
318 aa  256  3e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0914  dienelactone hydrolase  47.33 
 
 
263 aa  246  3e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0661  dienelactone hydrolase  49 
 
 
263 aa  244  1e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0480  dienelactone hydrolase family protein  49.03 
 
 
260 aa  240  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0425  dienelactone hydrolase  46.54 
 
 
268 aa  229  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.18094  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1616  dienelactone hydrolase  48.58 
 
 
263 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.555158 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3611  dienelactone hydrolase  45.38 
 
 
267 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000690208  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2350  dienelactone hydrolase  46.33 
 
 
259 aa  211  8e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2218  dienelactone hydrolase  42.86 
 
 
264 aa  208  8e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.000562202  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0347  dienelactone hydrolase  44.19 
 
 
262 aa  207  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.971139  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1370  dienelactone hydrolase  41.8 
 
 
280 aa  198  9e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0014  dienelactone hydrolase  42.29 
 
 
273 aa  196  2e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332863  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2303  dienelactone hydrolase  43.68 
 
 
264 aa  192  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1920  dienelactone hydrolase  43.08 
 
 
264 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0499  dienelactone hydrolase  36.94 
 
 
261 aa  188  7e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1497  dienelactone hydrolase  42.21 
 
 
246 aa  176  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1980  dienelactone hydrolase  39.92 
 
 
245 aa  172  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.228213 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1219  carboxymethylenebutenolidase  39.75 
 
 
258 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0189806  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2281  dienelactone hydrolase  39.51 
 
 
245 aa  170  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187081 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1264  dienelactone hydrolase family protein  39.34 
 
 
237 aa  168  9e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0940  dienelactone hydrolase  40.34 
 
 
279 aa  166  3e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0170  dienelactone hydrolase  37.65 
 
 
246 aa  166  4e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.35133e-08  normal  0.545513 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1803  dienelactone hydrolase family protein  39.18 
 
 
239 aa  161  8e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.100178  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1399  dienelactone hydrolase  35.92 
 
 
250 aa  161  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1093  dienelactone hydrolase  36.89 
 
 
237 aa  160  2e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2719  hypothetical protein  37.13 
 
 
238 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2592  hypothetical protein  37.13 
 
 
238 aa  159  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02015  dienelactone hydrolase  40.17 
 
 
264 aa  157  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0787  dienelactone hydrolase family protein  39.02 
 
 
356 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.307266  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2612  hypothetical protein  34.98 
 
 
238 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2739  hypothetical protein  34.98 
 
 
238 aa  153  3e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0597  dienelactone hydrolase family protein  39.42 
 
 
243 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0612  dienelactone hydrolase family protein  39.42 
 
 
243 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1015  dienelactone hydrolase  35.23 
 
 
261 aa  149  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0264245  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1525  dienelactone hydrolase  35.98 
 
 
241 aa  149  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  normal  0.461619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2490  dienelactone hydrolase  37.45 
 
 
262 aa  145  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4157  dienelactone hydrolase  36.44 
 
 
237 aa  141  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.138582  normal  0.0101627 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3656  dienelactone hydrolase  38.7 
 
 
263 aa  142  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0501  dienelactone hydrolase family protein  38.59 
 
 
242 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.821381  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1626  dienelactone hydrolase  34.55 
 
 
242 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0197057 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2163  dienelactone hydrolase  35.74 
 
 
237 aa  135  7e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163998  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7419  hypothetical protein  35.16 
 
 
234 aa  133  4e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4659  dienelactone hydrolase  30.5 
 
 
257 aa  131  1e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2104  dienelactone hydrolase  38.89 
 
 
234 aa  130  2e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0464175  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3045  dienelactone hydrolase  32.38 
 
 
249 aa  130  2e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2209  dienelactone hydrolase family protein  32.26 
 
 
242 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.670258  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1690  dienelactone hydrolase  33.64 
 
 
241 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0305937  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3749  dienelactone hydrolase  33.64 
 
 
241 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3501  dienelactone hydrolase  33.64 
 
 
241 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.572778  normal  0.863924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4178  dienelactone hydrolase  33.18 
 
 
241 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119095  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3134  dienelactone hydrolase  34.69 
 
 
234 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0587579  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2018  dienelactone hydrolase  31.58 
 
 
242 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.426068  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0569  dienelactone hydrolase  32.79 
 
 
267 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  3.52652e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2775  dienelactone hydrolase  34.27 
 
 
269 aa  119  5e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0694  dienelactone hydrolase  36.28 
 
 
271 aa  119  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.115096  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43840  hypothetical protein  33.9 
 
 
241 aa  118  8e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4947  dienelactone hydrolase  30.77 
 
 
241 aa  117  1e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316291  normal  0.300582 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0559  dienelactone hydrolase  32.31 
 
 
265 aa  117  1e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3677  hypothetical protein  33.9 
 
 
241 aa  117  2e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2805  Carboxymethylenebutenolidase  30.08 
 
 
290 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.103542  normal  0.354876 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1245  dienelactone hydrolase  30.13 
 
 
261 aa  116  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00955102  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4133  dienelactone hydrolase  34.4 
 
 
237 aa  115  7e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.850524  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2787  carboxymethylenebutenolidase  32.95 
 
 
254 aa  115  8e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3312  Carboxymethylenebutenolidase  30.08 
 
 
290 aa  115  9e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1898  Carboxymethylenebutenolidase  29.55 
 
 
292 aa  114  2e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.668e-17 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4080  dienelactone hydrolase  30.6 
 
 
244 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.240265  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4373  dienelactone hydrolase  30.61 
 
 
256 aa  106  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.68292 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3032  dienelactone hydrolase  31.19 
 
 
296 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.345773 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1805  dienelactone hydrolase  28.5 
 
 
245 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.341986  normal  0.0741289 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0298  Carboxymethylenebutenolidase  30.8 
 
 
227 aa  99  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2650  dienelactone hydrolase  30.54 
 
 
265 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2621  dienelactone hydrolase  30.54 
 
 
265 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2665  dienelactone hydrolase  30.54 
 
 
265 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.858071  normal  0.690988 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1276  carboxymethylenebutenolidase  30.29 
 
 
227 aa  93.6  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3733  dienelactone hydrolase  27.97 
 
 
248 aa  91.3  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000974999  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1386  Carboxymethylenebutenolidase  29.24 
 
 
224 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670188  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1199  Carboxymethylenebutenolidase  30.14 
 
 
214 aa  87.4  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2303  putative carboxymethylenebutenolidase  29.24 
 
 
224 aa  86.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3055  Carboxymethylenebutenolidase  31.94 
 
 
243 aa  86.3  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.655447 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1304  carboxymethylenebutenolidase  28.39 
 
 
224 aa  84.3  2e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1783  Carboxymethylenebutenolidase  29.06 
 
 
227 aa  83.6  3e-15  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1202  carboxymethylenebutenolidase  29.41 
 
 
224 aa  83.2  4e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2091  carboxymethylenebutenolidase  32.71 
 
 
303 aa  82  8e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.449099  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5500  dienelactone hydrolase  34.81 
 
 
292 aa  80.5  2e-14  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  9.14876e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0997  dienelactone hydrolase-related protein  31.65 
 
 
285 aa  80.5  3e-14  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.107963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3006  dienelactone hydrolase  32.27 
 
 
331 aa  80.5  3e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.146307  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3231  dienelactone hydrolase  28.4 
 
 
228 aa  79  7e-14  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.891917  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1000  dienelactone hydrolase  33.02 
 
 
326 aa  79  8e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>