222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1173 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1173  porin, putative  100 
 
 		 412 aa  841    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  97.33 
 
 		 412 aa  824    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  94.9 
 
 		 412 aa  810    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  99.03 
 
 		 412 aa  835    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  78.66 
 
 		 418 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  74.94 
 
 		 418 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  73.75 
 
 		 417 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  74.94 
 
 		 418 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  73.4 
 
 		 418 aa  616  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  75.25 
 
 		 418 aa  614  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  73.3 
 
 		 422 aa  610  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  74.03 
 
 		 422 aa  610  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  74.42 
 
 		 395 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  72.15 
 
 		 419 aa  597  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  68.84 
 
 		 415 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  68.51 
 
 		 421 aa  564  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  65.09 
 
 		 424 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  66.67 
 
 		 410 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  66.34 
 
 		 423 aa  545  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  68.08 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  63.04 
 
 		 416 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  63.77 
 
 		 422 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  65.66 
 
 		 424 aa  531  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  62.41 
 
 		 422 aa  531  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  63.54 
 
 		 426 aa  513  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  63.04 
 
 		 428 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  63.36 
 
 		 429 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  56.19 
 
 		 405 aa  471  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  55.61 
 
 		 420 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  54.27 
 
 		 413 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  50.6 
 
 		 417 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  52.14 
 
 		 417 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  49.63 
 
 		 416 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  50.38 
 
 		 417 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  50.13 
 
 		 417 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  48.9 
 
 		 416 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  44.98 
 
 		 423 aa  356  3.9999999999999996e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  44.79 
 
 		 431 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  44.97 
 
 		 430 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  44.47 
 
 		 430 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  44.02 
 
 		 416 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  43.54 
 
 		 416 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  43.78 
 
 		 416 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  43.97 
 
 		 430 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  45.41 
 
 		 415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  43.1 
 
 		 429 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  41.94 
 
 		 416 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.92 
 
 		 421 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.82 
 
 		 421 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  43.65 
 
 		 429 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  43.26 
 
 		 422 aa  309  5e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  43.15 
 
 		 429 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  43.15 
 
 		 429 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  40.86 
 
 		 427 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  40.96 
 
 		 410 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  41.2 
 
 		 417 aa  302  9e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  40.61 
 
 		 427 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  41.2 
 
 		 410 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  43 
 
 		 418 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  41.52 
 
 		 410 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  41.73 
 
 		 421 aa  299  8e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  42.75 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  37.24 
 
 		 428 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  38.94 
 
 		 411 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  40.38 
 
 		 416 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  38.17 
 
 		 433 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  39.14 
 
 		 433 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  38.66 
 
 		 433 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  38.66 
 
 		 429 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  39.49 
 
 		 421 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  40.3 
 
 		 420 aa  279  8e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  39.95 
 
 		 431 aa  279  8e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  39.57 
 
 		 431 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  39.08 
 
 		 460 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  41.61 
 
 		 409 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  39.34 
 
 		 420 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  41.65 
 
 		 409 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  37.39 
 
 		 440 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  38.92 
 
 		 416 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  39.37 
 
 		 412 aa  272  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  38.33 
 
 		 439 aa  272  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  37.74 
 
 		 463 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  37.47 
 
 		 443 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  38.52 
 
 		 439 aa  269  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  37.62 
 
 		 416 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  37.2 
 
 		 418 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  38.39 
 
 		 437 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  37 
 
 		 457 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  38.06 
 
 		 439 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  37.47 
 
 		 417 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.35 
 
 		 430 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  37.47 
 
 		 417 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  36.43 
 
 		 433 aa  262  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  37.59 
 
 		 441 aa  260  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  37.56 
 
 		 417 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  37.33 
 
 		 447 aa  256  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  37.47 
 
 		 445 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  36.05 
 
 		 426 aa  249  9e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  36.1 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  36.99 
 
 		 427 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>