169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1118 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1118  recombinase-related protein  100 
 
 		 563 aa  1166    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236338  unclonable  0.000000608507 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3310  recombinase  37.82 
 
 		 589 aa  331  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0143  recombinase  43.35 
 
 		 565 aa  280  4e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2727  Recombinase  36.79 
 
 		 590 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2774  hypothetical protein  33.48 
 
 		 644 aa  230  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3143  resolvase-like:recombinase  33.78 
 
 		 622 aa  223  6e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0107  recombinase  33.71 
 
 		 544 aa  209  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0003  putative site-specific recombinase  33.6 
 
 		 509 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1905  recombinase  35.98 
 
 		 585 aa  199  9e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0302964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3675  Recombinase  33.89 
 
 		 545 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00494  predicted recombinase  29.88 
 
 		 508 aa  174  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3227  recombinase family protein  29.88 
 
 		 508 aa  174  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171762  hitchhiker  0.00185611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0490  putative site-specific recombinase  27 
 
 		 681 aa  173  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402032  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3468  recombinase  32.35 
 
 		 571 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1544  resolvase domain-containing protein  28.6 
 
 		 503 aa  162  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.197317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1409  putative recombinase  29.65 
 
 		 506 aa  148  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1644  recombinase  31.82 
 
 		 550 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0128  Resolvase domain  32.64 
 
 		 526 aa  144  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000180819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3889  recombinase  32.34 
 
 		 560 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0513638  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3026  phage recombinase, putative  29.54 
 
 		 541 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0613972 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2440  recombinase  28.15 
 
 		 540 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3480  recombinase  25.19 
 
 		 532 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000373145  decreased coverage  0.0098808 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4018  hypothetical protein  28.57 
 
 		 539 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22270  recombinase  27.45 
 
 		 525 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000532619  unclonable  9.12817e-22 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0835  resolvase domain-containing protein  29.03 
 
 		 548 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2317  hypothetical protein  26.08 
 
 		 534 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0306066  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2612  recombinase  29.33 
 
 		 601 aa  103  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  24.85 
 
 		 506 aa  85.5  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  22.98 
 
 		 515 aa  85.1  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0768  hypothetical protein  25.51 
 
 		 552 aa  84.3  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.914496  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  26.01 
 
 		 519 aa  82.8  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  25.26 
 
 		 496 aa  80.5  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  27.85 
 
 		 516 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  27.85 
 
 		 516 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  25.64 
 
 		 522 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  26.32 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  25.95 
 
 		 542 aa  71.2  0.00000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  22.92 
 
 		 522 aa  70.5  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  25.59 
 
 		 554 aa  70.1  0.00000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  25.59 
 
 		 542 aa  69.7  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0430  putative resolvase  24.02 
 
 		 540 aa  69.3  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0212047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  25.7 
 
 		 542 aa  69.3  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  25.7 
 
 		 542 aa  69.3  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  26.34 
 
 		 540 aa  69.3  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0417  DNA recombinase, putative  24.71 
 
 		 520 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5572  recombinase  25.61 
 
 		 479 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0686025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5975  recombinase  25.61 
 
 		 479 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  23.67 
 
 		 526 aa  68.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3976  resolvase domain-containing protein  25.65 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2087  recombinase  24.77 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0591459 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2866  Resolvase domain protein  25.25 
 
 		 525 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.376058  normal  0.544717 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2857  resolvase domain-containing protein  27.91 
 
 		 445 aa  68.2  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.564499  normal  0.264008 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2797  Resolvase domain protein  25 
 
 		 525 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.501781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  29.46 
 
 		 484 aa  67.8  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  29.05 
 
 		 484 aa  67.4  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  23.63 
 
 		 479 aa  67  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5555  integrase  25.71 
 
 		 272 aa  67  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14894e-26 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0898  resolvase domain-containing protein  22.63 
 
 		 586 aa  66.6  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2816  Resolvase domain protein  24.06 
 
 		 521 aa  66.6  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0749793  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  22.42 
 
 		 522 aa  66.2  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0896  site-specific recombinase  25 
 
 		 527 aa  65.1  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1233  Recombinase  24.88 
 
 		 469 aa  65.5  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2851  resolvase domain-containing protein  23.5 
 
 		 565 aa  65.1  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.437901 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2617  resolvase domain-containing protein  27.91 
 
 		 445 aa  64.7  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0540166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  27.08 
 
 		 546 aa  65.1  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  23.09 
 
 		 494 aa  64.3  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4182  resolvase domain-containing protein  27.2 
 
 		 579 aa  63.9  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  24.74 
 
 		 548 aa  63.9  0.000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  23.04 
 
 		 487 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  25.38 
 
 		 613 aa  63.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  26.23 
 
 		 558 aa  63.5  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  22.61 
 
 		 563 aa  62.4  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  22.61 
 
 		 488 aa  62  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  25.68 
 
 		 462 aa  61.6  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  23.18 
 
 		 519 aa  60.8  0.00000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  23.56 
 
 		 475 aa  60.8  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3384  resolvase domain-containing protein  24.36 
 
 		 590 aa  60.8  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2668  resolvase domain-containing protein  25.93 
 
 		 445 aa  60.8  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0277  resolvase domain-containing protein  24.58 
 
 		 551 aa  60.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738521  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0796  recombinase  26.45 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1467  site-specific recombinase, putative  21.93 
 
 		 551 aa  60.1  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00705906  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  23.54 
 
 		 485 aa  60.1  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2440  Resolvase domain protein  22.61 
 
 		 539 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  23.73 
 
 		 539 aa  59.7  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0876  TnpX site-specific recombinase family protein  24.47 
 
 		 550 aa  59.3  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  27.16 
 
 		 515 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  21.51 
 
 		 482 aa  58.2  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1935  site-specific recombinase  25.38 
 
 		 528 aa  57.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3776  recombinase  25.38 
 
 		 528 aa  57.8  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.902088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1541  recombinase  29.12 
 
 		 414 aa  57  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.343961  normal  0.0432678 
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  22.22 
 
 		 518 aa  56.6  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0891  putative site-specific integrase/recombinase protein  24.13 
 
 		 460 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  23.15 
 
 		 553 aa  56.6  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  23.06 
 
 		 498 aa  56.6  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1684  resolvase-like protein  26.17 
 
 		 665 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  30.81 
 
 		 515 aa  55.5  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  24.39 
 
 		 510 aa  54.7  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  24.17 
 
 		 537 aa  55.1  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  25.63 
 
 		 517 aa  54.7  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0394  Recombinase  22.52 
 
 		 541 aa  54.3  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.018734 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>