More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1046 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  98.46 
 
 
584 aa  1159    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  100 
 
 
584 aa  1172    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  79.38 
 
 
650 aa  901    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  95.21 
 
 
584 aa  1055    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.04 
 
 
673 aa  355  1e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  36.45 
 
 
689 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  35.43 
 
 
670 aa  306  8.000000000000001e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  33.44 
 
 
681 aa  292  1e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  36.97 
 
 
748 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.42 
 
 
634 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  32.38 
 
 
666 aa  285  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  45.16 
 
 
655 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  32.42 
 
 
710 aa  278  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  35.14 
 
 
758 aa  270  7e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  32.12 
 
 
724 aa  268  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  36.76 
 
 
738 aa  268  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34 
 
 
776 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 
645 aa  267  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  34.35 
 
 
658 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  34.97 
 
 
658 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  41.47 
 
 
662 aa  263  8e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  38.22 
 
 
697 aa  261  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  35.26 
 
 
675 aa  258  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  40.1 
 
 
747 aa  258  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  33.39 
 
 
640 aa  257  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  31.52 
 
 
674 aa  257  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  32.63 
 
 
710 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  32.68 
 
 
707 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  37.44 
 
 
686 aa  252  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  37.44 
 
 
686 aa  252  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  37.22 
 
 
686 aa  252  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  33.07 
 
 
640 aa  251  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  37.22 
 
 
686 aa  252  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  36.03 
 
 
672 aa  252  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  37.22 
 
 
686 aa  250  5e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  31.44 
 
 
660 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  35.01 
 
 
658 aa  248  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  39.95 
 
 
655 aa  248  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  31.4 
 
 
682 aa  246  6.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  35.27 
 
 
703 aa  244  3e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  35.54 
 
 
793 aa  244  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  37.62 
 
 
705 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  38.08 
 
 
705 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  38.41 
 
 
704 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  41.54 
 
 
725 aa  243  9e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  38.27 
 
 
650 aa  242  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  38.55 
 
 
704 aa  240  4e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  37.77 
 
 
700 aa  240  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  37.77 
 
 
700 aa  240  5e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  36.1 
 
 
736 aa  239  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  37.86 
 
 
702 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  38.89 
 
 
703 aa  237  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  36.03 
 
 
740 aa  237  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  37.18 
 
 
706 aa  236  9e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  38.35 
 
 
703 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  37.85 
 
 
705 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  37.03 
 
 
714 aa  233  9e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  36.72 
 
 
702 aa  230  7e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  34.24 
 
 
787 aa  229  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  35.4 
 
 
728 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  39.16 
 
 
810 aa  226  8e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  35.2 
 
 
753 aa  225  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  33.05 
 
 
781 aa  224  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  39.55 
 
 
649 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  32.61 
 
 
781 aa  220  7e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  35.86 
 
 
750 aa  218  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  36.9 
 
 
654 aa  217  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  35.68 
 
 
641 aa  216  8e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  36.53 
 
 
650 aa  216  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  36.53 
 
 
654 aa  216  9e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  38.48 
 
 
805 aa  214  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  31.02 
 
 
789 aa  213  7e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  39.26 
 
 
783 aa  212  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 
807 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  41.01 
 
 
716 aa  211  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  31.08 
 
 
803 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  40.88 
 
 
714 aa  207  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  31.38 
 
 
732 aa  207  5e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  35.39 
 
 
640 aa  207  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  35.39 
 
 
640 aa  207  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  35.39 
 
 
640 aa  206  7e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  37.38 
 
 
783 aa  205  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  33.25 
 
 
696 aa  205  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.39 
 
 
748 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  34.04 
 
 
717 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  38.12 
 
 
803 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  35.44 
 
 
803 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  36.31 
 
 
744 aa  196  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  36.42 
 
 
804 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  31.77 
 
 
774 aa  194  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  35.74 
 
 
757 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  34.74 
 
 
775 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 
750 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  36 
 
 
635 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 
757 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 
757 aa  191  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 
757 aa  191  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 
757 aa  191  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 
757 aa  191  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  36 
 
 
781 aa  189  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>