More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0989 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0989  glycine cleavage system protein H  100 
 
 		 127 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1026  glycine cleavage system protein H  99.21 
 
 		 127 aa  256  8e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.946369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0994  glycine cleavage system protein H  91.34 
 
 		 127 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4229  glycine cleavage system protein H  88.98 
 
 		 127 aa  232  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.012135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4391  glycine cleavage system protein H  84.25 
 
 		 127 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.175178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1277  glycine cleavage system H protein  74.02 
 
 		 127 aa  191  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375217  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1097  glycine cleavage system protein H  71.65 
 
 		 127 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2804  glycine cleavage system protein H  69.29 
 
 		 127 aa  179  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0629199  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32985  glycine cleavage system protein H  69.29 
 
 		 127 aa  179  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0356565  hitchhiker  0.0000202177 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1346  glycine cleavage system protein H  63.78 
 
 		 127 aa  168  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3096  glycine cleavage system protein H  61.29 
 
 		 125 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  57.85 
 
 		 130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  58.62 
 
 		 130 aa  140  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  55.37 
 
 		 129 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0834  glycine cleavage system protein H  55.37 
 
 		 129 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  53.72 
 
 		 129 aa  138  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 129 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3618  glycine cleavage system protein H  53.72 
 
 		 129 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3800  glycine cleavage system protein H  53.72 
 
 		 129 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3676  glycine cleavage system protein H  53.72 
 
 		 129 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.134478  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0618  glycine cleavage system protein H  53.72 
 
 		 129 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.475927  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1216  glycine cleavage system H protein  54.47 
 
 		 125 aa  133  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00705649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  52 
 
 		 130 aa  132  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000111817  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  52.07 
 
 		 129 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  52.07 
 
 		 129 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1432  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 124 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  53.28 
 
 		 129 aa  132  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3674  glycine cleavage system protein H  49.59 
 
 		 129 aa  131  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  54.1 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1812  glycine cleavage system protein H  50.79 
 
 		 131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3968  glycine cleavage system protein H  52.07 
 
 		 129 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0721397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  52.89 
 
 		 129 aa  131  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  55 
 
 		 130 aa  131  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1183  glycine cleavage system protein H  55.46 
 
 		 120 aa  130  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.157974  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 127 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0332  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  50.82 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2200  glycine cleavage system protein H  54.92 
 
 		 125 aa  127  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.330883 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3591  glycine cleavage system protein H  51.64 
 
 		 129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4327  glycine cleavage system H protein  49.59 
 
 		 124 aa  127  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124977  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0689  glycine cleavage system protein H  50.81 
 
 		 125 aa  127  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.904294  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0317  glycine cleavage system H protein  57.63 
 
 		 128 aa  127  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00862  glycine cleavage system protein H  52.07 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0177  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  57.52 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  53.85 
 
 		 127 aa  126  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  54.7 
 
 		 127 aa  126  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1867  glycine cleavage system H protein  52.54 
 
 		 122 aa  126  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0347749  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  54.7 
 
 		 127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2577  glycine cleavage system protein H  50.42 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0304435  normal  0.0181641 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  52.03 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2092  glycine cleavage system protein H  55.08 
 
 		 120 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.206967  normal  0.370959 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2684  glycine cleavage system H protein  53.04 
 
 		 123 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.418167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  52.89 
 
 		 127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0290  glycine cleavage system protein H  47.97 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.148153  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1903  glycine cleavage system protein H  47.97 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0247  glycine cleavage system protein H  52.46 
 
 		 128 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0811  glycine cleavage system protein H  52.21 
 
 		 130 aa  124  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.061834  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2253  glycine cleavage system protein H  54.92 
 
 		 120 aa  124  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0487645  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5959  glycine cleavage system protein H  54.87 
 
 		 142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0734  glycine cleavage system protein H  52.85 
 
 		 124 aa  124  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.5619  normal  0.0299013 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3146  glycine cleavage system H protein  49.17 
 
 		 124 aa  124  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.372329  normal  0.912262 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  47.15 
 
 		 126 aa  124  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0142  glycine cleavage system protein H  47.11 
 
 		 126 aa  123  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207968  normal  0.345489 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3072  glycine cleavage system protein H  50.81 
 
 		 131 aa  123  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.132267 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1723  glycine cleavage system protein H  54.7 
 
 		 126 aa  123  8.000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000363297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3020  glycine cleavage system H protein  53.45 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.29213  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6623  glycine cleavage system H protein  46.34 
 
 		 127 aa  123  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.197199 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1890  glycine cleavage system protein H  55.46 
 
 		 120 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467152  hitchhiker  0.00604337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3527  glycine cleavage system protein H  55 
 
 		 120 aa  122  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.36925 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01656  glycine cleavage system protein H  52.07 
 
 		 131 aa  122  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.671039  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1560  glycine cleavage system H protein  50.83 
 
 		 124 aa  122  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0726  glycine cleavage system protein H  51.64 
 
 		 122 aa  121  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0680  glycine cleavage system protein H  51.64 
 
 		 122 aa  121  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1569  glycine cleavage system protein H  53.98 
 
 		 121 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108538 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3294  glycine cleavage system protein H  50.86 
 
 		 127 aa  121  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5427  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 127 aa  121  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.801429  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3254  glycine cleavage system H protein  47.11 
 
 		 126 aa  121  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05972  glycine cleavage system protein H  51.3 
 
 		 126 aa  120  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3330  glycine cleavage system protein H  49.57 
 
 		 126 aa  120  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0144  glycine cleavage system protein H  46.28 
 
 		 126 aa  120  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.87599 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1937  glycine cleavage system H protein  49.14 
 
 		 124 aa  120  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>