More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0907 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  100 
 
 		 406 aa  814    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  87.7 
 
 		 382 aa  674    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  99.21 
 
 		 382 aa  756    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  69.62 
 
 		 382 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  59.73 
 
 		 376 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  60.63 
 
 		 381 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  60.33 
 
 		 375 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  41.92 
 
 		 380 aa  284  2.0000000000000002e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  38.48 
 
 		 381 aa  260  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  40.58 
 
 		 371 aa  259  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.06 
 
 		 380 aa  258  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  38.5 
 
 		 373 aa  253  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.58 
 
 		 372 aa  250  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  41.67 
 
 		 365 aa  248  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  36.75 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.7 
 
 		 383 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  39.34 
 
 		 376 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.79 
 
 		 397 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  36.29 
 
 		 367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  37.34 
 
 		 397 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 376 aa  233  5e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  39.03 
 
 		 397 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  38.38 
 
 		 379 aa  233  6e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  40.53 
 
 		 383 aa  233  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  37.07 
 
 		 403 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  35.81 
 
 		 372 aa  232  9e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  37.06 
 
 		 365 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  36.59 
 
 		 403 aa  232  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 372 aa  230  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  39.7 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  39.72 
 
 		 397 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  37.93 
 
 		 396 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  36.75 
 
 		 394 aa  230  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  39.3 
 
 		 377 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  36.53 
 
 		 368 aa  228  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  38.46 
 
 		 376 aa  228  1e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  35.73 
 
 		 372 aa  228  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.55 
 
 		 387 aa  226  8e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  34.93 
 
 		 372 aa  226  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  36.27 
 
 		 369 aa  225  9e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  37.4 
 
 		 394 aa  225  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  35.09 
 
 		 372 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  35.97 
 
 		 368 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  36.17 
 
 		 368 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.74 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.74 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  34.22 
 
 		 372 aa  222  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  35.43 
 
 		 372 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  39.58 
 
 		 370 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  34.05 
 
 		 420 aa  217  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  34.05 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.49 
 
 		 370 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  37.7 
 
 		 382 aa  217  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  36.66 
 
 		 366 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.03 
 
 		 363 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.03 
 
 		 363 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  31.55 
 
 		 372 aa  208  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 		 365 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  37.69 
 
 		 365 aa  203  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.57 
 
 		 370 aa  203  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  37.69 
 
 		 365 aa  203  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  33.92 
 
 		 405 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 		 374 aa  201  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  32.7 
 
 		 373 aa  199  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  36.27 
 
 		 390 aa  187  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  36.41 
 
 		 360 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.41 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  35.26 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  38.41 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  38.11 
 
 		 365 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.3 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1497  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 391 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0655249  normal  0.432966 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2802  multidrug/cation efflux pump, membrane fusion protein subunit  34.76 
 
 		 391 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  34.85 
 
 		 375 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 361 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 356 aa  177  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.26 
 
 		 368 aa  177  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.27 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.63 
 
 		 360 aa  173  5e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 		 360 aa  173  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 375 aa  172  6.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 340 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 385 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 		 360 aa  172  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 		 360 aa  172  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 		 374 aa  172  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  34.08 
 
 		 351 aa  171  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.75 
 
 		 368 aa  170  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  34.25 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  33.72 
 
 		 360 aa  170  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 351 aa  170  5e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  31.53 
 
 		 361 aa  169  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>