133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0874 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0874  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  234  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0771767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0904  protein of unknown function DUF861, cupin_3  99.12 
 
 		 113 aa  232  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7582  normal  0.40632 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0918  protein of unknown function DUF861 cupin_3  92.92 
 
 		 113 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0754701  normal  0.435909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4304  protein of unknown function DUF861 cupin_3  92.04 
 
 		 113 aa  217  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.631594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2676  hypothetical protein  78.07 
 
 		 114 aa  185  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19750  hypothetical protein  70.8 
 
 		 114 aa  174  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1701  hypothetical protein  69.03 
 
 		 114 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.127325  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39730  hypothetical protein  49 
 
 		 115 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0047  protein of unknown function DUF861, cupin_3  42.61 
 
 		 119 aa  97.1  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6100  protein of unknown function DUF861 cupin_3  37.72 
 
 		 114 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.543891  normal  0.927165 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0766  hypothetical protein  38.6 
 
 		 114 aa  87.8  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.877225  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1483  hypothetical protein  38.6 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.171215  hitchhiker  0.000969806 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6574  protein of unknown function DUF861 cupin_3  36.84 
 
 		 114 aa  84.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.647379 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6271  hypothetical protein  44.12 
 
 		 115 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3163  protein of unknown function DUF861, cupin_3  42.05 
 
 		 115 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230079  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0697  hypothetical protein  42.05 
 
 		 114 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.895833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2281  protein of unknown function DUF861 cupin_3  42.65 
 
 		 117 aa  73.9  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.309355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28380  hypothetical protein  38.64 
 
 		 114 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0225083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2474  hypothetical protein  38.64 
 
 		 114 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0856  protein of unknown function DUF861 cupin_3  36.78 
 
 		 114 aa  72.4  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0453  protein of unknown function DUF861, cupin_3  36.78 
 
 		 114 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0932  protein of unknown function DUF861, cupin_3  36.78 
 
 		 114 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0894  protein of unknown function DUF861 cupin_3  36.78 
 
 		 114 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4665  hypothetical protein  38.64 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.777876  normal  0.983259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4529  protein of unknown function DUF861, cupin_3  38.64 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241247  normal  0.339292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4660  protein of unknown function DUF861 cupin_3  38.64 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.894659  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0771  protein of unknown function DUF861 cupin_3  38.64 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356795  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5027  protein of unknown function DUF861 cupin_3  39.33 
 
 		 117 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.838844 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4028  hypothetical protein  35.63 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3449  protein of unknown function DUF861, cupin_3  37.63 
 
 		 113 aa  69.7  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.668724 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5603  protein of unknown function DUF861 cupin_3  37.96 
 
 		 117 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.919827  normal  0.384238 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0868  protein of unknown function DUF861 cupin_3  40.79 
 
 		 113 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.470118  normal  0.846065 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2491  protein of unknown function DUF861 cupin_3  42.65 
 
 		 115 aa  68.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.415528  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0807  protein of unknown function DUF861 cupin_3  34.48 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1243  protein of unknown function DUF861 cupin_3  40 
 
 		 117 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.385254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1330  protein of unknown function DUF861 cupin_3  40 
 
 		 117 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.335699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0796  protein of unknown function DUF861, cupin_3  34.48 
 
 		 114 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0290  protein of unknown function DUF861, cupin_3  42.86 
 
 		 227 aa  67.8  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.774685 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3842  protein of unknown function DUF861 cupin_3  36.54 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.656555  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3856  protein of unknown function DUF861 cupin_3  34.83 
 
 		 120 aa  67  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5674  hypothetical protein  36.67 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.805753  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3784  protein of unknown function DUF861, cupin_3  39.13 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7677  hypothetical protein  34.88 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207566  normal  0.173721 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2651  hypothetical protein  35.71 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000014442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2907  protein of unknown function DUF861 cupin_3  39.33 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186093  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1755  hypothetical protein  31.63 
 
 		 113 aa  61.6  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0401  protein of unknown function DUF861, cupin_3  31.63 
 
 		 113 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0634  protein of unknown function DUF861 cupin_3  36.47 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.491778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6071  protein of unknown function DUF861, cupin_3  34.88 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.045392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1693  hypothetical protein  36.36 
 
 		 114 aa  61.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4020  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.18 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3903  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.18 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.845476  normal  0.334564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3027  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.46 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3725  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.18 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.693386 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0226  hypothetical protein  32.39 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3024  protein of unknown function DUF861, cupin_3  36.23 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00331954  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2742  hypothetical protein  30.68 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0821  hypothetical protein  32.71 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.79703  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4966  protein of unknown function DUF861, cupin_3  35.96 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0418481 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3011  protein of unknown function DUF861, cupin_3  30.68 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0964  protein of unknown function DUF861, cupin_3  28.72 
 
 		 121 aa  57.4  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.179543  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0091  hypothetical protein  26.72 
 
 		 121 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4423  protein of unknown function DUF861 cupin_3  35.56 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4007  hypothetical protein  30.97 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0236  protein of unknown function DUF861, cupin_3  33.33 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70170  hypothetical protein  34.78 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0934  protein of unknown function DUF861 cupin_3  27.14 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1112  protein of unknown function DUF861 cupin_3  26.03 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0143177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0745  protein of unknown function DUF861 cupin_3  36 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0042  hypothetical protein  33 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.358454 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7526  hypothetical protein  34.33 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190702  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6090  hypothetical protein  33.33 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7505  hypothetical protein  40.26 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0959  cupin superfamily protein  39.06 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0678723  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5279  hypothetical protein  31.88 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2618  protein of unknown function DUF861 cupin_3  38.03 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813991  normal  0.532352 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6639  protein of unknown function DUF861 cupin_3  28.26 
 
 		 120 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5714  protein of unknown function DUF861 cupin_3  41.38 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.734293 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1090  hypothetical protein  30.14 
 
 		 121 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00838125  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5189  protein of unknown function DUF861, cupin_3  31.88 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322269  normal  0.130139 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1150  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.14 
 
 		 121 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00929773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3205  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.14 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1184  protein of unknown function DUF861 cupin_3  30.14 
 
 		 121 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.831048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5331  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.88 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.038012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0191  protein of unknown function DUF861 cupin_3  31.88 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5535  hypothetical protein  30.88 
 
 		 120 aa  52  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.110951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1042  protein of unknown function DUF861, cupin_3  25 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0284329  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1082  protein of unknown function DUF861, cupin_3  28.77 
 
 		 121 aa  51.6  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000597126  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0909  protein of unknown function DUF861 cupin_3  42.03 
 
 		 116 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1624  hypothetical protein  29.79 
 
 		 138 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15631  hypothetical protein  33.33 
 
 		 91 aa  50.1  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2929  protein of unknown function DUF861, cupin_3  27.4 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000538599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3011  protein of unknown function DUF861, cupin_3  27.4 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0183  protein of unknown function DUF861, cupin_3  33.33 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10461  hypothetical protein  32.81 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1826  hypothetical protein  27.96 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.756996  normal  0.856699 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0624  hypothetical protein  31.03 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.819765  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3108  protein of unknown function DUF861, cupin_3  27.4 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1060  hypothetical protein  31.03 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1808  hypothetical protein  31.03 
 
 		 174 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>