More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0833 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  88.14 
 
 		 375 aa  692    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 371 aa  772    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 377 aa  772    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1413  queuine tRNA-ribosyltransferase  91.35 
 
 		 371 aa  708    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.786795  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  91.62 
 
 		 377 aa  709    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  93.53 
 
 		 377 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  87.3 
 
 		 371 aa  683    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  99.73 
 
 		 377 aa  769    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.57 
 
 		 377 aa  757    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  88.41 
 
 		 377 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  87.87 
 
 		 372 aa  691    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.76 
 
 		 373 aa  598  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.49 
 
 		 372 aa  600  1e-170  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.68 
 
 		 381 aa  595  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.14 
 
 		 374 aa  594  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.51 
 
 		 385 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.43 
 
 		 370 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.31 
 
 		 374 aa  573  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.97 
 
 		 375 aa  564  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.97 
 
 		 375 aa  564  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.97 
 
 		 375 aa  564  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.97 
 
 		 375 aa  564  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.97 
 
 		 375 aa  564  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.7 
 
 		 374 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.24 
 
 		 374 aa  561  1.0000000000000001e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.27 
 
 		 385 aa  561  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 387 aa  559  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 374 aa  559  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 374 aa  559  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.54 
 
 		 370 aa  559  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.09 
 
 		 387 aa  558  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.01 
 
 		 383 aa  558  1e-158  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 374 aa  559  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  558  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.01 
 
 		 383 aa  556  1e-157  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 		 375 aa  555  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.28 
 
 		 381 aa  551  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 374 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.35 
 
 		 374 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.35 
 
 		 374 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.09 
 
 		 377 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.35 
 
 		 374 aa  551  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 374 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 374 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.09 
 
 		 377 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.09 
 
 		 374 aa  548  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 374 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.01 
 
 		 381 aa  549  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.01 
 
 		 375 aa  550  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.27 
 
 		 377 aa  548  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 374 aa  549  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.09 
 
 		 374 aa  549  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.62 
 
 		 374 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.38 
 
 		 382 aa  545  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.83 
 
 		 378 aa  545  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  67.47 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.82 
 
 		 383 aa  544  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.56 
 
 		 379 aa  541  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  69.73 
 
 		 371 aa  538  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.15 
 
 		 370 aa  533  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.19 
 
 		 371 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.04 
 
 		 376 aa  531  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.77 
 
 		 391 aa  527  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1615  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.22 
 
 		 376 aa  524  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.214462  normal  0.361776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00525  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.95 
 
 		 381 aa  520  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.87 
 
 		 371 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.87 
 
 		 371 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0191  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.88 
 
 		 384 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.57 
 
 		 370 aa  501  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0167  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.61 
 
 		 377 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.84 
 
 		 369 aa  494  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.46 
 
 		 370 aa  489  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.85 
 
 		 374 aa  485  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0597  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.09 
 
 		 370 aa  486  1e-136  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.8 
 
 		 376 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.34 
 
 		 376 aa  482  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.97 
 
 		 472 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.97 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.97 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.97 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.81 
 
 		 367 aa  474  1e-133  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.7 
 
 		 394 aa  476  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0238  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.26 
 
 		 447 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.97 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.97 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0722  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.43 
 
 		 395 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0690  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.43 
 
 		 395 aa  475  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265074  normal  0.561084 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.97 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3810  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.26 
 
 		 395 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2664  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.16 
 
 		 399 aa  474  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.241217 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0637  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.89 
 
 		 395 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3733  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.19 
 
 		 375 aa  471  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.812012  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>