150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0828 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0828  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  660  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0854  hypothetical protein  98.65 
 
 
297 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4358  hypothetical protein  95.22 
 
 
307 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.750707  normal  0.330007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0869  hypothetical protein  95.56 
 
 
295 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2785  hypothetical protein  79.24 
 
 
300 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5054  hypothetical protein  78.28 
 
 
295 aa  474  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.399703  normal  0.838168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5502  hypothetical protein  77.24 
 
 
295 aa  465  1e-130  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31760  hypothetical protein  69.05 
 
 
306 aa  437  1e-122  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1371  conserved effector locus protein  64.29 
 
 
314 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0841301  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1182  hypothetical protein  63.57 
 
 
314 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.720294  normal  0.241586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2577  hypothetical protein  66.19 
 
 
306 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.652411 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3402  hypothetical protein  44.91 
 
 
296 aa  229  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.408916 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2549  protein of unknown function UPF0187  41.88 
 
 
272 aa  211  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02585  hypothetical protein  40.55 
 
 
286 aa  206  4e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0078  protein of unknown function UPF0187  39.37 
 
 
291 aa  191  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.323458  hitchhiker  0.00334919 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3670  protein of unknown function UPF0187  32.39 
 
 
309 aa  158  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3922  hypothetical protein  33.72 
 
 
303 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.314293  normal  0.0751799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5036  protein of unknown function UPF0187  32.95 
 
 
305 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3907  hypothetical protein  34.48 
 
 
299 aa  152  6e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3860  protein of unknown function UPF0187  36.75 
 
 
305 aa  152  8e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0101759  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4128  hypothetical protein  33.88 
 
 
299 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.903788  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2252  hypothetical protein  32.91 
 
 
299 aa  147  2e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.272487  normal  0.629804 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1290  hypothetical protein  33.88 
 
 
299 aa  147  2e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0277  protein of unknown function UPF0187  28.57 
 
 
302 aa  146  4e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2014  hypothetical protein  32.17 
 
 
304 aa  145  7e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00931147  normal  0.0815668 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3033  hypothetical protein  30.45 
 
 
310 aa  145  7e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1229  hypothetical protein  32.33 
 
 
308 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4598  hypothetical protein  33.06 
 
 
299 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0395716  normal  0.546384 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1250  protein of unknown function UPF0187  30.98 
 
 
305 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  2.95826e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3926  hypothetical protein  30.67 
 
 
305 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.74386  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2950  hypothetical protein  31.93 
 
 
307 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.345922  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3226  hypothetical protein  30.62 
 
 
314 aa  143  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0016  protein of unknown function UPF0187  35.42 
 
 
315 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742789  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3128  hypothetical protein  30.08 
 
 
305 aa  142  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2133  hypothetical protein  32.21 
 
 
304 aa  141  1e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.337926  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1652  hypothetical protein  32.44 
 
 
304 aa  141  1e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.066565  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2126  protein of unknown function UPF0187  32.44 
 
 
304 aa  141  1e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0815429  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1069  hypothetical protein  32.33 
 
 
308 aa  140  2e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.686021  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2184  hypothetical protein  32.93 
 
 
306 aa  139  5e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0159481 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1022  protein of unknown function UPF0187  33.33 
 
 
308 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.88279 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0021  protein of unknown function UPF0187  35.39 
 
 
318 aa  139  8e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1602  hypothetical protein  32.06 
 
 
321 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.738962  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1720  hypothetical protein  32.06 
 
 
321 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.219104  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1689  hypothetical protein  32.06 
 
 
321 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00204582  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01488  hypothetical protein  32.06 
 
 
304 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01477  conserved inner membrane protein  32.06 
 
 
304 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0092  hypothetical protein  33.46 
 
 
300 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2138  hypothetical protein  32.06 
 
 
304 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1404  protein of unknown function UPF0187  33.04 
 
 
306 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.453282  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1817  hypothetical protein  30.16 
 
 
313 aa  138  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.294075  normal  0.846199 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1261  hypothetical protein  30.25 
 
 
308 aa  137  3e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.551182  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0039  protein of unknown function UPF0187  32.54 
 
 
300 aa  136  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.115525  normal  0.475905 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3397  hypothetical protein  31.41 
 
 
315 aa  136  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5346  hypothetical protein  30.53 
 
 
303 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00567307  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3933  hypothetical protein  33.61 
 
 
309 aa  134  1e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1423  hypothetical protein  32.64 
 
 
302 aa  135  1e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3475  hypothetical protein  33.06 
 
 
308 aa  135  1e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3456  protein of unknown function UPF0187  32.77 
 
 
307 aa  134  1e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0228488  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5376  hypothetical protein  29.06 
 
 
315 aa  134  2e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.310342  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0440  protein of unknown function UPF0187  35.37 
 
 
306 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4007  hypothetical protein  31.89 
 
 
306 aa  133  4e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4469  hypothetical protein  31.76 
 
 
306 aa  132  8e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476961  normal  0.842377 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1446  hypothetical protein  29.32 
 
 
308 aa  132  8e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0922  hypothetical protein  29.24 
 
 
307 aa  132  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4016  hypothetical protein  34.66 
 
 
296 aa  132  1e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3495  hypothetical protein  29.44 
 
 
310 aa  132  1e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2476  hypothetical protein  31.15 
 
 
306 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.759422 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2127  hypothetical protein  32.61 
 
 
298 aa  129  5e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.446173 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2042  hypothetical protein  31.87 
 
 
303 aa  129  7e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.660228  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3414  hypothetical protein  32.42 
 
 
306 aa  128  1e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3389  hypothetical protein  31.62 
 
 
299 aa  128  1e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6784  protein of unknown function UPF0187  31.38 
 
 
299 aa  128  1e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.256656  normal  0.854767 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3207  hypothetical protein  28.92 
 
 
310 aa  127  2e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1264  hypothetical protein  31.1 
 
 
306 aa  128  2e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.021109  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0613  protein of unknown function UPF0187  32.08 
 
 
312 aa  127  2e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2717  protein of unknown function UPF0187  28.89 
 
 
303 aa  127  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0718878  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5725  hypothetical protein  31.1 
 
 
306 aa  126  4e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890183  normal  0.38929 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4580  hypothetical protein  31.1 
 
 
306 aa  126  4e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0477154  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3788  hypothetical protein  31.1 
 
 
306 aa  126  4e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0834  hypothetical protein  32.03 
 
 
304 aa  126  4e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.725312  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1335  hypothetical protein  31.4 
 
 
302 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2578  hypothetical protein  31.4 
 
 
302 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468115  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1255  hypothetical protein  31.4 
 
 
302 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.288403  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0500  hypothetical protein  31.4 
 
 
302 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0228  hypothetical protein  31.4 
 
 
302 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1070  hypothetical protein  31.4 
 
 
302 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.55174  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1417  hypothetical protein  31.4 
 
 
302 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.285233  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4064  hypothetical protein  32.02 
 
 
306 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3117  protein of unknown function UPF0187  31.56 
 
 
315 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0400  protein of unknown function UPF0187  33.6 
 
 
306 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0368  hypothetical protein  33.6 
 
 
306 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2692  hypothetical protein  29.32 
 
 
315 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14568  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4544  hypothetical protein  31.6 
 
 
321 aa  121  1e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0214885  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2942  hypothetical protein  28.76 
 
 
287 aa  121  2e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0047162  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3315  hypothetical protein  27.13 
 
 
318 aa  119  9e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.386659 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1996  protein of unknown function UPF0187  27.99 
 
 
306 aa  118  1e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16551  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0696  hypothetical protein  24.92 
 
 
335 aa  118  1e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5726  protein of unknown function UPF0187  29.27 
 
 
303 aa  118  2e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124746  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0218  protein of unknown function UPF0187  28.69 
 
 
314 aa  117  4e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.920117  normal  0.0106107 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0221  protein of unknown function UPF0187  28.69 
 
 
314 aa  117  4e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>