More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0578 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0578  methyltransferase, putative  100 
 
 
249 aa  503  1e-142  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0617  methyltransferase type 11  99.6 
 
 
249 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0514794  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4586  methyltransferase type 12  93.57 
 
 
249 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.545494  normal  0.0935438 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0623  methyltransferase type 12  96.79 
 
 
249 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0633  methyltransferase, putative  84.27 
 
 
249 aa  440  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0740  methyltransferase type 11  84.27 
 
 
249 aa  430  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63310  hypothetical protein  83.53 
 
 
249 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134236  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5512  hypothetical protein  82.73 
 
 
249 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0641  smtA protein  82.26 
 
 
249 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07260  SAM dependent methyltransferase  78.63 
 
 
252 aa  405  1e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0740  smtA protein  78.18 
 
 
221 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.867796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1776  putative metallothionein SmtA  43.03 
 
 
261 aa  198  8e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.529612  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2568  putative metallothionein SmtA  44.98 
 
 
261 aa  197  1e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2658  putative metallothionein SmtA  44.98 
 
 
261 aa  197  2e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.492256  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1968  putative metallothionein SmtA  44.58 
 
 
261 aa  195  5e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.768696 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2048  putative metallothionein SmtA  41.83 
 
 
261 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.261011  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0997  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.266496  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1056  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0602785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1089  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0480774  normal  0.198133 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1105  putative metallothionein SmtA  40.24 
 
 
267 aa  185  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.113863  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1722  putative metallothionein SmtA  42.8 
 
 
261 aa  184  1e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0872  methyltransferase type 11  42.35 
 
 
267 aa  184  1e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00607117  hitchhiker  7.75855e-07 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1725  methyltransferase type 11  41.63 
 
 
295 aa  184  2e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0084  SmtA protein  40.64 
 
 
259 aa  184  2e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1440  putative metallothionein SmtA  40.4 
 
 
258 aa  183  2e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.119507  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1024  putative metallothionein SmtA  39.84 
 
 
267 aa  182  5e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.144274  normal  0.551504 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2560  SmtA protein  43.9 
 
 
268 aa  181  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0440  methyltransferase type 12  38.76 
 
 
284 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  3.4912e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1082  putative metallothionein SmtA  39.13 
 
 
261 aa  179  3e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00106092  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2675  putative metallothionein SmtA  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  3.53459e-05  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00932  hypothetical protein  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00185326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1028  putative metallothionein SmtA  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.6657e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00925  predicted S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00177111  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1020  putative metallothionein SmtA  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  3.67391e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2722  Methyltransferase type 11  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.29495e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2403  putative metallothionein SmtA  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.91412e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2199  putative metallothionein SmtA  39.13 
 
 
261 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  normal  0.110054 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2302  putative metallothionein SmtA  42.17 
 
 
278 aa  178  9e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1544  methyltransferase  40.47 
 
 
295 aa  177  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.468935 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3149  smtA protein  40.87 
 
 
256 aa  174  1e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.572529  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2201  putative metallothionein SmtA  41.37 
 
 
261 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3417  methyltransferase type 12  39.37 
 
 
254 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3316  methyltransferase type 11  37.69 
 
 
257 aa  168  9e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00129805  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3472  methyltransferase type 11  39.3 
 
 
262 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0558  methyltransferase type 11  39.3 
 
 
262 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3751  Methyltransferase type 11  38.89 
 
 
257 aa  166  3e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0170338  normal  0.179038 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0558  smtA protein  39 
 
 
260 aa  165  6e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0557  methyltransferase type 11  38.91 
 
 
261 aa  165  8e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.958562  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3807  methyltransferase type 11  38.49 
 
 
257 aa  165  8e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000356198  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3523  methyltransferase type 12  39.76 
 
 
256 aa  164  1e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.538759  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0517  methyltransferase type 11  38.49 
 
 
257 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131919  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1859  gluconate transporter  40.07 
 
 
262 aa  162  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.660589 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3933  methyltransferase type 11  38.1 
 
 
257 aa  162  4e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2185  putative metallothionein SmtA  35.61 
 
 
271 aa  155  7e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.166203  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0730  putative metallothionein SmtA  32.95 
 
 
259 aa  151  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0631637  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003937  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase functionally coupled to the MukBEF chromosome partitioning mechanism  34 
 
 
263 aa  149  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01586  putative metallothionein SmtA  33.6 
 
 
263 aa  146  4e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1320  putative metallothionein SmtA  35.6 
 
 
260 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.08011e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2177  methyltransferase type 11  34.27 
 
 
252 aa  140  2e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0480419  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01900  SAM-dependent methyltransferase  32.65 
 
 
247 aa  131  1e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0089  SmtA protein  40.34 
 
 
199 aa  125  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1647  Methyltransferase type 12  34.1 
 
 
263 aa  88.6  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2941  Methyltransferase type 11  33.74 
 
 
257 aa  84.3  2e-15  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000129742  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3077  methyltransferase type 11  30.49 
 
 
252 aa  80.5  2e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.531691  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0881  Methyltransferase type 11  32.78 
 
 
256 aa  73.9  2e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.374196 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2855  putative metallothionein SmtA  33.61 
 
 
252 aa  70.5  2e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0516683  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3283  Methyltransferase type 11  37.01 
 
 
252 aa  70.5  2e-11  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.48669  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1149  methyltransferase type 12  27.45 
 
 
245 aa  70.1  3e-11  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3214  Methyltransferase type 12  30.05 
 
 
265 aa  68.2  1e-10  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.35564  hitchhiker  0.00217509 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1401  methyltransferase type 11  33.14 
 
 
270 aa  67  3e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.30255  hitchhiker  0.000533063 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1392  type 11 methyltransferase  29.3 
 
 
245 aa  66.6  4e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.206555  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1507  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  30.43 
 
 
247 aa  63.5  3e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.148991  normal  0.0208491 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2740  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.2 
 
 
238 aa  62.4  7e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1530  3-demethylubiquinone-9 3-O-methyltransferase  31.43 
 
 
237 aa  62  8e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2186  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.7 
 
 
239 aa  60.5  3e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0852291  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4926  Methyltransferase type 11  32.4 
 
 
252 aa  60.1  3e-08  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.16451  normal  0.0585071 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1742  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.44 
 
 
239 aa  60.1  3e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3020  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  31.3 
 
 
249 aa  59.7  4e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0957  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  33.64 
 
 
235 aa  59.7  4e-08  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0464  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  30.48 
 
 
259 aa  59.7  5e-08  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1149  Methyltransferase type 11  28.57 
 
 
241 aa  59.3  6e-08  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.85461e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23220  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.36 
 
 
232 aa  59.3  6e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0574161  hitchhiker  0.00443225 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02731  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.75 
 
 
235 aa  58.5  9e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3270  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.43 
 
 
241 aa  57.8  1e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0514123  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0217  UbiE/COQ5 methyltransferase  27.86 
 
 
255 aa  57.8  1e-07  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0805678  normal  0.734054 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0876  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.19 
 
 
245 aa  58.5  1e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000138589  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3650  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.52 
 
 
232 aa  58.5  1e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3212  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.13 
 
 
239 aa  57.4  2e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2847  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.19 
 
 
242 aa  57.8  2e-07  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170371  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1227  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.36 
 
 
232 aa  57.8  2e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.43556e-14  normal  0.238391 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2305  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.83 
 
 
256 aa  57.4  2e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43395e-05 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1311  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.19 
 
 
242 aa  57.8  2e-07  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.310574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15760  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.36 
 
 
232 aa  57.8  2e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1959  methyltransferase type 11  26.72 
 
 
244 aa  57.4  2e-07  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2768  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.19 
 
 
242 aa  57.8  2e-07  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.167435  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1958  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.7 
 
 
232 aa  57.4  2e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.937117  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0272  Methyltransferase type 11  32.9 
 
 
258 aa  57  3e-07  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0393  methyltransferase protein  35.83 
 
 
246 aa  56.6  3e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1622  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  33.02 
 
 
242 aa  57  3e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1845  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.44 
 
 
234 aa  57  3e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00431464  normal  0.756459 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>