More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0561 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0561  thiol:disulfide interchange protein precursor  100 
 
 		 590 aa  1165    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4858  thiol:disulfide interchange protein DsbD  71.21 
 
 		 604 aa  770    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06980  thiol:disulfide interchange protein precursor  67.96 
 
 		 635 aa  677    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0600  thiol:disulfide interchange protein precursor  97.92 
 
 		 590 aa  1054    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4604  thiol:disulfide interchange protein precursor  87.18 
 
 		 593 aa  921    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138187 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4398  thiol:disulfide interchange protein precursor  73.29 
 
 		 606 aa  789    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.898445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0621  thiol:disulfide interchange protein precursor  72.11 
 
 		 585 aa  782    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.46991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0606  thiol:disulfide interchange protein precursor  93.56 
 
 		 590 aa  1013    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0716  thiol:disulfide interchange protein precursor  65.35 
 
 		 595 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5565  thiol:disulfide interchange protein precursor  61.59 
 
 		 591 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64080  thiol:disulfide interchange protein precursor  61.55 
 
 		 591 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.83 
 
 		 586 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  42.95 
 
 		 629 aa  415  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2790  thiol:disulfide interchange protein DsbD  45.8 
 
 		 589 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  39.12 
 
 		 628 aa  396  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  39.24 
 
 		 630 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.63 
 
 		 624 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3936  protein-disulfide reductase  42.81 
 
 		 577 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.327412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.88 
 
 		 789 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.54 
 
 		 613 aa  382  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2990  thiol:disulfide interchange transmembrane protein  40 
 
 		 608 aa  375  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  37.15 
 
 		 586 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  37.09 
 
 		 586 aa  372  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0028  protein-disulfide reductase  41.32 
 
 		 623 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3415  disulfide reductase  41.78 
 
 		 623 aa  371  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.189847 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1055  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.28 
 
 		 626 aa  366  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000114598  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.31 
 
 		 810 aa  368  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  37.57 
 
 		 731 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.51 
 
 		 602 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  41.23 
 
 		 649 aa  363  5.0000000000000005e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  38.04 
 
 		 750 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2760  thiol:disulfide interchange protein  44.84 
 
 		 589 aa  362  9e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.364714  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  40.11 
 
 		 605 aa  361  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2921  Protein-disulfide reductase  40.7 
 
 		 604 aa  360  6e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351714 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  39.68 
 
 		 616 aa  359  7e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.68 
 
 		 616 aa  359  7e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3151  protein-disulfide reductase  39.53 
 
 		 639 aa  355  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32590  thiol:disulfide interchange protein  43.37 
 
 		 589 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426474  normal  0.0965179 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1041  DsbD family thiol:disulfide interchange protein  40.42 
 
 		 745 aa  353  4e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  41.45 
 
 		 603 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2329  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.44 
 
 		 606 aa  353  7e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0733929  normal  0.104839 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.7 
 
 		 600 aa  347  3e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  41.11 
 
 		 600 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3559  protein-disulfide reductase  42.34 
 
 		 570 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  38.2 
 
 		 563 aa  342  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2592  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.77 
 
 		 654 aa  340  4e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4235  protein-disulfide reductase  44.25 
 
 		 571 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.892987 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1312  Protein-disulfide reductase  38.25 
 
 		 625 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0091784  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3801  protein-disulfide reductase  43.36 
 
 		 571 aa  337  5e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.39 
 
 		 565 aa  335  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.3 
 
 		 610 aa  334  3e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1357  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.56 
 
 		 612 aa  334  3e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.669889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.39 
 
 		 565 aa  333  5e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.53 
 
 		 604 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.23 
 
 		 565 aa  333  7.000000000000001e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.23 
 
 		 565 aa  333  7.000000000000001e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.39 
 
 		 565 aa  332  8e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  37.39 
 
 		 565 aa  332  8e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1568  protein-disulfide reductase  36.12 
 
 		 622 aa  332  1e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.314287  normal  0.0195641 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.3 
 
 		 595 aa  332  1e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.3 
 
 		 595 aa  332  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.3 
 
 		 595 aa  332  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1629  protein-disulfide reductase  43.52 
 
 		 571 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.63 
 
 		 613 aa  331  3e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2683  protein-disulfide reductase  36.28 
 
 		 654 aa  330  4e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.23 
 
 		 565 aa  330  6e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.33 
 
 		 567 aa  329  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.16 
 
 		 567 aa  329  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.16 
 
 		 567 aa  329  9e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  34.44 
 
 		 603 aa  329  9e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.16 
 
 		 567 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.02 
 
 		 619 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.02 
 
 		 565 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.97 
 
 		 613 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.33 
 
 		 567 aa  329  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.29 
 
 		 608 aa  328  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.51 
 
 		 613 aa  327  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0237355 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  37.06 
 
 		 565 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2394  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.24 
 
 		 612 aa  327  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000654714  hitchhiker  0.0000354348 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1683  thiol:disulfide interchange protein DsbD  37.52 
 
 		 624 aa  327  5e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.424941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.7 
 
 		 619 aa  327  5e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.74 
 
 		 611 aa  326  6e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.9 
 
 		 602 aa  326  8.000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1355  Thioredoxin domain protein  35.17 
 
 		 577 aa  325  1e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  36.15 
 
 		 626 aa  325  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.01 
 
 		 628 aa  324  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0296  protein-disulfide reductase  37.06 
 
 		 611 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.58017  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0022  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.54 
 
 		 614 aa  322  9.999999999999999e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  36.11 
 
 		 583 aa  322  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.75 
 
 		 561 aa  321  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2730  protein-disulfide reductase  36.58 
 
 		 615 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0377  protein-disulfide reductase  36.58 
 
 		 615 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.53 
 
 		 607 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  38.56 
 
 		 752 aa  321  3e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.12 
 
 		 619 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  37.5 
 
 		 642 aa  320  5e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.59 
 
 		 619 aa  319  9e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.51 
 
 		 592 aa  318  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2980  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.71 
 
 		 611 aa  317  3e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702235  normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0343  protein-disulfide reductase  36.17 
 
 		 631 aa  317  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0138358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>