231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0504 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0504  OmpW family protein  100 
 
 
227 aa  457  1e-128  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00488825  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0539  OmpW family protein  98.24 
 
 
227 aa  451  1e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0549  OmpW family protein  96.48 
 
 
227 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.742148 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4473  OmpW  78.07 
 
 
228 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0557  OmpW family protein  95.59 
 
 
227 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  0.443014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0679  outer membrane protein OmpW  78.05 
 
 
228 aa  341  5e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1035  outer membrane protein OprG precursor  68.53 
 
 
232 aa  317  9e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11270  outer membrane protein OprG precursor  68.1 
 
 
232 aa  315  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06610  OmpW family outer membrane porin  58.41 
 
 
226 aa  268  6e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06590  OmpW family outer membrane porin  57.89 
 
 
224 aa  267  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3873  OmpW family protein  64.07 
 
 
227 aa  239  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.627912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5029  OmpW  57.76 
 
 
232 aa  237  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000903  outer membrane protein W precursor  48.03 
 
 
214 aa  213  2e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2775  outer membrane protein W  48.05 
 
 
218 aa  207  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00794049  decreased coverage  2.09029e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2049  outer membrane protein W  44.89 
 
 
211 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2322  outer membrane protein W  44.44 
 
 
211 aa  201  8e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1940  outer membrane protein W  44.44 
 
 
211 aa  201  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.218273  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06904  outer membrane protein W  45.41 
 
 
213 aa  200  1e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0030  OmpW  49.34 
 
 
227 aa  199  4e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2674  outer membrane protein W  46.58 
 
 
223 aa  197  1e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  1.69515e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3207  outer membrane protein W  46.29 
 
 
214 aa  196  2e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  3.87398e-05  unclonable  1.73343e-08 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0370  outer membrane protein W  44.54 
 
 
217 aa  196  2e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00029  outer membrane protein OmpW  45.45 
 
 
224 aa  195  4e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.25785  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1392  outer membrane protein W  44.78 
 
 
215 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00591184  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3824  OmpW family protein  48.39 
 
 
237 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2554  outer membrane protein W  45.85 
 
 
213 aa  193  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.030228  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1371  outer membrane protein W  46.98 
 
 
213 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0573693 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1334  outer membrane protein W  47.19 
 
 
215 aa  192  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000150593  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1876  outer membrane protein W  44.89 
 
 
212 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  2.62717e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1673  outer membrane protein W  45.02 
 
 
214 aa  192  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1743  outer membrane protein W  44.89 
 
 
212 aa  191  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  8.20415e-07  hitchhiker  0.000840764 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1425  outer membrane protein W  44.89 
 
 
212 aa  191  6e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0528971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2371  outer membrane protein W  44.89 
 
 
212 aa  191  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535822  hitchhiker  1.60145e-06 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01230  outer membrane protein W  44.89 
 
 
212 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1365  outer membrane protein W  44.89 
 
 
212 aa  191  7e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200008  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2392  OmpW family protein  44.89 
 
 
212 aa  191  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.160177  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01240  hypothetical protein  44.89 
 
 
212 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1414  outer membrane protein W  44.89 
 
 
212 aa  191  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0785515  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2180  outer membrane protein W  45.87 
 
 
210 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.41802  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2000  outer membrane protein W  45.41 
 
 
210 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2601  outer membrane protein W  45.06 
 
 
215 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.1484e-07  decreased coverage  5.56975e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2668  outer membrane protein W  45.06 
 
 
215 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.83878e-07  normal  0.0120446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2787  outer membrane protein W  45.45 
 
 
215 aa  188  6e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0424619  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2299  outer membrane protein W  45.16 
 
 
210 aa  188  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1469  outer membrane protein W  43.48 
 
 
215 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  9.00043e-07  hitchhiker  6.43724e-05 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1939  outer membrane protein W  46.33 
 
 
210 aa  186  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.940404  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1485  outer membrane protein W  45.92 
 
 
214 aa  185  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0850248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2589  outer membrane protein W  45.54 
 
 
214 aa  185  4e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000746821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1521  outer membrane protein W  45.92 
 
 
214 aa  185  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00262855  normal  0.530215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2283  outer membrane protein W  44.05 
 
 
211 aa  183  1e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1490  outer membrane protein W  46.58 
 
 
215 aa  183  2e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  6.49255e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2861  outer membrane protein W  46.15 
 
 
214 aa  183  2e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00340553  unclonable  1.2731e-12 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1414  outer membrane protein W  43.61 
 
 
212 aa  182  4e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.157023  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1859  outer membrane protein W  43.61 
 
 
212 aa  182  5e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1596  outer membrane protein W  43.61 
 
 
212 aa  182  5e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.597068 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1922  outer membrane protein W  43.17 
 
 
212 aa  179  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0854242  hitchhiker  0.00107444 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1864  outer membrane protein W  43.17 
 
 
212 aa  179  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.904155 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2534  outer membrane protein W  42.73 
 
 
218 aa  170  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1236  OmpW family protein  41.78 
 
 
203 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0029  OmpW family outer membrane protein  42.32 
 
 
237 aa  166  3e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0700  OmpW family protein  41.41 
 
 
202 aa  165  7e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.496076  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1265  outer membrane protein precursor  46.75 
 
 
209 aa  164  9e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.28049e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0238  OmpW  39.13 
 
 
209 aa  139  4e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1086  OmpW family protein  37.85 
 
 
216 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.832301 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0976  OmpW family protein  37.72 
 
 
210 aa  130  1e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.591363 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0915  OmpW family protein  37.02 
 
 
217 aa  130  2e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3220  OmpW family protein  35.47 
 
 
209 aa  119  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185502  normal  0.270879 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0595  OmpW family protein  38.05 
 
 
206 aa  119  5e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.761797  hitchhiker  0.00324214 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1299  OmpW family protein  39.11 
 
 
202 aa  118  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0529248  normal  0.202577 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0627  OmpW  35.56 
 
 
219 aa  116  2e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.5393e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1169  OmpW family protein  36.14 
 
 
201 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.122792  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2507  outer membrane protein  36.14 
 
 
203 aa  115  4e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0804612  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0734  OmpW  37.36 
 
 
200 aa  111  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3378  OmpW  34.02 
 
 
241 aa  110  1e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.68852  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1823  OmpW family protein  33.97 
 
 
209 aa  110  2e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219711  hitchhiker  1.60297e-07 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1052  OmpW  35.1 
 
 
211 aa  106  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1244  OmpW  31.8 
 
 
195 aa  105  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  8.47221e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1326  OmpW family outer membrane protein  35.75 
 
 
209 aa  105  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0285584  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3636  OmpW family protein  31.34 
 
 
211 aa  102  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.779637  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2305  OmpW family protein  32.86 
 
 
233 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535052  normal  0.101902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0194  OmpW  32.56 
 
 
227 aa  99  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2012  OmpW family protein  34.25 
 
 
200 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3593  OmpW family protein  30.34 
 
 
241 aa  95.5  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0192087  hitchhiker  6.5316e-07 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1282  OmpW family protein  32.08 
 
 
215 aa  95.5  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.851458 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3800  outer membrane protein  31.6 
 
 
233 aa  95.1  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.550263  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2790  OmpW family protein  30.42 
 
 
240 aa  94.7  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.888162  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3526  outer membrane protein OmpW  31.6 
 
 
241 aa  95.1  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5082  OmpW  28.33 
 
 
241 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133195  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2445  OmpW family protein  34.35 
 
 
214 aa  94.7  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334993  normal  0.396638 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4400  OmpW family protein  28.33 
 
 
241 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5778  OmpW family protein  28.33 
 
 
241 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2313  OmpW family protein  32.33 
 
 
222 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.742705  normal  0.203031 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2898  OmpW family protein  37.04 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3221  OmpW family protein  27.78 
 
 
239 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3350  putative outer membrane W signal peptide protein  29.49 
 
 
241 aa  92.4  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2127  OmpW family outer membrane protein  31.36 
 
 
214 aa  92  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.767621  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3545  OmpW family protein  27.31 
 
 
239 aa  92  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.506265 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3245  OmpW family protein  36.42 
 
 
224 aa  91.7  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0363  OmpW family outer membrane porin  29.91 
 
 
241 aa  91.7  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.814411  normal  0.160886 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2182  OmpW family outer membrane protein  31.36 
 
 
214 aa  91.7  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>