More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0501 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
310 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  99.35 
 
 
310 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  97.41 
 
 
310 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.32 
 
 
310 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.32 
 
 
309 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.39 
 
 
314 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.08 
 
 
309 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  73.79 
 
 
309 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.23 
 
 
312 aa  453  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.46 
 
 
306 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  72.49 
 
 
309 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  71.52 
 
 
309 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.07 
 
 
313 aa  249  6e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.86 
 
 
312 aa  248  9e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.13 
 
 
331 aa  241  1e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.75 
 
 
310 aa  241  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.42 
 
 
314 aa  240  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.08 
 
 
306 aa  225  8e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.58 
 
 
311 aa  221  9e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.2 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.05 
 
 
298 aa  219  3e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.37 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.25 
 
 
313 aa  219  5e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.37 
 
 
304 aa  218  8.999999999999998e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.13 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 
322 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.84 
 
 
313 aa  211  9e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.13 
 
 
311 aa  210  3e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
309 aa  209  4e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.02 
 
 
316 aa  209  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.69 
 
 
325 aa  208  1e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.21 
 
 
309 aa  206  4e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 
333 aa  205  8e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.26 
 
 
310 aa  204  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.4 
 
 
312 aa  202  7e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.33 
 
 
328 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.14 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.02 
 
 
368 aa  198  9e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  39.07 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.17 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  37.54 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.96 
 
 
323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
314 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.21 
 
 
309 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  36.36 
 
 
319 aa  195  7e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 
342 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.28 
 
 
388 aa  194  1e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.73 
 
 
302 aa  194  2e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.73 
 
 
323 aa  193  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.73 
 
 
323 aa  193  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36 
 
 
305 aa  193  3e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
292 aa  192  6e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.41 
 
 
306 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
329 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.11 
 
 
316 aa  191  1e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.72 
 
 
327 aa  191  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.76 
 
 
350 aa  190  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  40.4 
 
 
326 aa  189  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
343 aa  188  8e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.03 
 
 
296 aa  188  9e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.28 
 
 
292 aa  187  1e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 
299 aa  187  2e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.1 
 
 
318 aa  186  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.82 
 
 
317 aa  186  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.52 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.93 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.22 
 
 
340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  33.12 
 
 
340 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.53 
 
 
321 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.31 
 
 
309 aa  183  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
339 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.84 
 
 
341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.86 
 
 
362 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.21 
 
 
285 aa  181  1e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2662  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
341 aa  181  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  32.37 
 
 
340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.83 
 
 
328 aa  179  8e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.91 
 
 
303 aa  178  9e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
357 aa  176  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
370 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  36.3 
 
 
343 aa  176  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  38.75 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.51 
 
 
342 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.64 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.21 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.33 
 
 
347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.49 
 
 
322 aa  173  3.9999999999999995e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 
332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.7 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.49 
 
 
312 aa  172  5e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.06 
 
 
310 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
353 aa  172  5e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5374  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:nucleotide sugar epimerase  37.46 
 
 
377 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
370 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.48 
 
 
315 aa  171  2e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
314 aa  171  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>