More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0403 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0403  survival protein SurA  100 
 
 
439 aa  886    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.369388  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0553  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  77.57 
 
 
428 aa  683    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4625  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  77.73 
 
 
442 aa  706    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5133  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  80.09 
 
 
426 aa  703    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0738  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  75.12 
 
 
430 aa  674    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4011  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  75.64 
 
 
430 aa  637    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4799  SurA domain-containing protein  95.22 
 
 
441 aa  850    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597956  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0437  SurA domain-containing protein  99.77 
 
 
439 aa  885    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0434  SurA domain-containing protein  98.63 
 
 
441 aa  876    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080411  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07760  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  75.58 
 
 
430 aa  676    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.242603  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46810  Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  69.88 
 
 
432 aa  591  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0780873  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1723  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  46.27 
 
 
426 aa  377  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3509  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  42.92 
 
 
447 aa  358  8e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2715  SurA domain protein  47.52 
 
 
443 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.109912  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1978  Peptidylprolyl isomerase  42.86 
 
 
475 aa  345  8e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0739  L-ribulokinase  39.21 
 
 
430 aa  345  1e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0602  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.35 
 
 
454 aa  340  2e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0218368  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0918  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  40.38 
 
 
435 aa  330  4e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00205446  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0770  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41 
 
 
434 aa  329  6e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524485  normal  0.0902851 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3571  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41 
 
 
434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.287067  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3442  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41 
 
 
434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000041378  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2150  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  39.25 
 
 
437 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0059  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.71 
 
 
428 aa  323  3e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000468252  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00057  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  41.71 
 
 
428 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0213586  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3546  SurA domain protein  41.71 
 
 
428 aa  323  4e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00416172  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0059  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.71 
 
 
428 aa  323  4e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0538241  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0057  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.71 
 
 
428 aa  323  4e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283729  normal  0.558643 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0057  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.71 
 
 
428 aa  323  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000704292  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00056  hypothetical protein  41.71 
 
 
428 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0286102  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3602  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.71 
 
 
428 aa  323  4e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0202628  hitchhiker  0.000135274 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0047  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.47 
 
 
428 aa  322  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000013551  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0520  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  39.04 
 
 
440 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0096  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.23 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.632638 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0101  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.23 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.002065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0103  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.23 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.308469  normal  0.913442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0097  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.23 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0531154  normal  0.145307 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0098  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  41.23 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03412  survival protein surA  42.22 
 
 
427 aa  318  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.621823  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0604  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  38.48 
 
 
433 aa  317  3e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0726  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  39.53 
 
 
432 aa  316  4e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0221524  normal  0.971535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0602  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  39.81 
 
 
428 aa  312  6.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00440274  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0565  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  38 
 
 
430 aa  311  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3633  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  38.95 
 
 
431 aa  310  4e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.94916  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3830  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  38.72 
 
 
431 aa  309  8e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3658  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  39.03 
 
 
438 aa  302  9e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.486041  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0376  hypothetical protein  38.12 
 
 
429 aa  302  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0670  SurA domain  39.72 
 
 
447 aa  301  1e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0351  hypothetical protein  38.12 
 
 
429 aa  301  2e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04643  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  40.54 
 
 
463 aa  298  9e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3419  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  38.61 
 
 
431 aa  297  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0567862  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1021  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  37.3 
 
 
427 aa  295  1e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1455  SurA domain protein  36.97 
 
 
438 aa  294  2e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0966  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  36.71 
 
 
434 aa  290  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000138448  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2338  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  38.12 
 
 
436 aa  289  9e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.866252  normal  0.571441 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0864  SurA domain-containing protein  35.73 
 
 
434 aa  287  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000162907  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1016  SurA domain-containing protein  35.75 
 
 
434 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000539949  hitchhiker  0.00270369 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00810  hypothetical protein  38.66 
 
 
427 aa  285  8e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0991  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  36.87 
 
 
434 aa  285  8e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000134867  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1081  SurA domain-containing protein  36.39 
 
 
434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00545123  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3311  SurA domain protein  36.39 
 
 
434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000542375  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1048  SurA domain-containing protein  36.39 
 
 
434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000188646  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4524  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  37.32 
 
 
433 aa  285  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3077  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  36.82 
 
 
434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0881  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  36.9 
 
 
434 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000301767  normal  0.688163 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0979  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  36.14 
 
 
434 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000166613  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0907  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.71 
 
 
434 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00235031  normal  0.382454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3637  survival protein surA  35.65 
 
 
434 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3113  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.48 
 
 
434 aa  280  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.980889  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2886  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.98 
 
 
434 aa  279  7e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000330996  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3207  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.41 
 
 
434 aa  279  9e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00341514  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2817  survival protein surA  36.95 
 
 
434 aa  278  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.705055  normal  0.656138 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0370  chaperone SurA precursor  37.44 
 
 
436 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1049  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  33.49 
 
 
439 aa  277  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352808  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2011  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.76 
 
 
468 aa  276  5e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1935  SurA domain-containing protein  35.62 
 
 
463 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2863  survival protein SurA  37.97 
 
 
431 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00164728  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001663  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  37.97 
 
 
427 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0516  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  38 
 
 
498 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.644007  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0200  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  38.11 
 
 
433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1275  SurA domain protein  34.27 
 
 
465 aa  268  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.508238  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2737  SurA domain-containing protein  35.45 
 
 
452 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752292  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2098  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.45 
 
 
452 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941822  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2710  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.45 
 
 
452 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6037  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  34.96 
 
 
452 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.643718  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0872  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  35.17 
 
 
448 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0693  putative survival protein SurA  35.17 
 
 
450 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0707  putative survival protein SurA  35.17 
 
 
450 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0392  SurA domain  35.94 
 
 
500 aa  264  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2736  putative survival protein SurA  35.17 
 
 
448 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0209  survival protein SurA, putative  35.17 
 
 
448 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2342  putative survival protein SurA  35.17 
 
 
448 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2422  putative survival protein SurA  35.17 
 
 
448 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.30012  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1053  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  34.89 
 
 
416 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0556078  normal  0.850667 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0407  SurA domain protein  35.45 
 
 
500 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2628  SurA domain-containing protein  34.96 
 
 
452 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.222069  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0576  survival protein SurA, putative  34.41 
 
 
448 aa  260  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.566553  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2762  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  34.96 
 
 
452 aa  260  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0589  SurA domain-containing protein  34.23 
 
 
451 aa  255  9e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4111  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  33.74 
 
 
471 aa  248  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0397  SurA domain-containing protein  32.13 
 
 
463 aa  248  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.223084 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>