More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0322 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0345  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
417 aa  857  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.911009 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6283  glycine hydroxymethyltransferase  76.74 
 
 
419 aa  660  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.461604 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0841  glycine hydroxymethyltransferase  77.88 
 
 
417 aa  675  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.33053  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71460  serine hydroxymethyltransferase  90.17 
 
 
417 aa  780  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0197843  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60890  serine hydroxymethyltransferase  82.45 
 
 
417 aa  707  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33010  serine hydroxymethyltransferase  87.26 
 
 
418 aa  740  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.821039  hitchhiker  9.6337e-05 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  73.08 
 
 
416 aa  634  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2617  serine hydroxymethyltransferase  76.72 
 
 
420 aa  634  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.573262  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1557  serine hydroxymethyltransferase  74.28 
 
 
417 aa  637  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  79.57 
 
 
417 aa  683  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1402  glycine hydroxymethyltransferase  74 
 
 
423 aa  635  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.523534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5243  serine hydroxymethyltransferase  83.17 
 
 
417 aa  712  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383038  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  80.53 
 
 
417 aa  696  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0703  serine hydroxymethyltransferase  79.81 
 
 
417 aa  684  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602975  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3094  glycine hydroxymethyltransferase  85.34 
 
 
417 aa  728  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6203  serine hydroxymethyltransferase  89.93 
 
 
417 aa  779  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0377267  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2807  serine hydroxymethyltransferase  87.26 
 
 
418 aa  741  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0316342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4513  serine hydroxymethyltransferase  80.05 
 
 
417 aa  687  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0695784  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0702  serine hydroxymethyltransferase  79.81 
 
 
417 aa  684  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0603318  normal  0.0336909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0344  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
417 aa  857  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4885  serine hydroxymethyltransferase  98.56 
 
 
417 aa  847  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.994809  normal  0.551008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4132  serine hydroxymethyltransferase  90.89 
 
 
417 aa  786  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  5.88766e-06  normal  0.517769 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1344  serine hydroxymethyltransferase  88.94 
 
 
417 aa  763  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.538197  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4877  serine hydroxymethyltransferase  80.77 
 
 
417 aa  692  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.402887  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4712  serine hydroxymethyltransferase  93.05 
 
 
417 aa  812  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4031  serine hydroxymethyltransferase  74.58 
 
 
417 aa  663  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2477  serine hydroxymethyltransferase  74.58 
 
 
417 aa  664  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1660  serine hydroxymethyltransferase  74.52 
 
 
418 aa  640  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0479076  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1871  Glycine hydroxymethyltransferase  74.28 
 
 
417 aa  645  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0163056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0671  serine hydroxymethyltransferase  79.81 
 
 
417 aa  684  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557812  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0461  serine hydroxymethyltransferase  91.61 
 
 
417 aa  802  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0322  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
417 aa  857  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457346  decreased coverage  2.86459e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5208  serine hydroxymethyltransferase  95.92 
 
 
417 aa  827  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0287253 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4632  serine hydroxymethyltransferase  79.81 
 
 
417 aa  685  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.10278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4270  serine hydroxymethyltransferase  80.29 
 
 
417 aa  690  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0373  serine hydroxymethyltransferase  73.38 
 
 
419 aa  632  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.238829  normal  0.155765 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0417  serine hydroxymethyltransferase  71.19 
 
 
420 aa  627  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1438  glycine hydroxymethyltransferase  73.1 
 
 
421 aa  627  1e-178  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0290  serine hydroxymethyltransferase  71.15 
 
 
418 aa  622  1e-177  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0318  serine hydroxymethyltransferase  71.63 
 
 
418 aa  622  1e-177  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  73.14 
 
 
417 aa  623  1e-177  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1185  serine hydroxymethyltransferase  71.46 
 
 
417 aa  621  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2083  serine hydroxymethyltransferase  71.7 
 
 
418 aa  620  1e-176  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.112354  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1887  Glycine hydroxymethyltransferase  71.63 
 
 
419 aa  615  1e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.409267  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1094  serine hydroxymethyltransferase  71.94 
 
 
417 aa  615  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.383314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1094  serine hydroxymethyltransferase  72.18 
 
 
417 aa  617  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.412028  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1014  serine hydroxymethyltransferase  71.7 
 
 
417 aa  616  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1160  serine hydroxymethyltransferase  72.18 
 
 
417 aa  617  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3471  serine hydroxymethyltransferase  71.7 
 
 
417 aa  612  1e-174  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2780  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  609  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1271  serine hydroxymethyltransferase  73.62 
 
 
418 aa  609  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0190768  hitchhiker  2.60567e-08 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1209  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3161  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.261571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3305  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.297219  hitchhiker  0.000907019 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3162  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.911286  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1142  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  608  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.510367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1380  serine hydroxymethyltransferase  73.38 
 
 
418 aa  609  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.105108  hitchhiker  2.9211e-05 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1093  serine hydroxymethyltransferase  71.22 
 
 
417 aa  610  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2027  glycine hydroxymethyltransferase  70.43 
 
 
417 aa  609  1e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1033  serine hydroxymethyltransferase  70.02 
 
 
417 aa  605  1e-172  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414818  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3044  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  604  1e-172  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.196975  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1912  serine hydroxymethyltransferase  70.57 
 
 
430 aa  607  1e-172  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04405  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  606  1e-172  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1160  serine hydroxymethyltransferase  73.14 
 
 
418 aa  607  1e-172  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000110651  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2762  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  607  1e-172  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0791  serine hydroxymethyltransferase  69.71 
 
 
417 aa  602  1e-171  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1231  serine hydroxymethyltransferase  70.26 
 
 
417 aa  601  1e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0762  serine hydroxymethyltransferase  70.19 
 
 
417 aa  603  1e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1851  serine hydroxymethyltransferase  69.86 
 
 
417 aa  600  1e-170  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3638  serine hydroxymethyltransferase  69.78 
 
 
417 aa  594  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0445  serine hydroxymethyltransferase  69.3 
 
 
417 aa  593  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.71586e-07  hitchhiker  1.2571e-06 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1299  serine hydroxymethyltransferase  72.66 
 
 
418 aa  593  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0505032  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1158  serine hydroxymethyltransferase  69.3 
 
 
417 aa  593  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.44868e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02987  serine hydroxymethyltransferase  71.29 
 
 
418 aa  591  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00150285  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1265  serine hydroxymethyltransferase  69.3 
 
 
417 aa  593  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.7829e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2930  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2817  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2710  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2916  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2796  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2755  serine hydroxymethyltransferase  70.98 
 
 
417 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.418331  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1126  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02407  hypothetical protein  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2704  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2704  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2836  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02443  serine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1117  Glycine hydroxymethyltransferase  70.74 
 
 
417 aa  588  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.796866  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3784  serine hydroxymethyltransferase  70.5 
 
 
417 aa  587  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3036  serine hydroxymethyltransferase  70.02 
 
 
417 aa  583  1e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.603855  normal  0.847682 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0864  serine hydroxymethyltransferase  68.75 
 
 
416 aa  575  1e-163  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0465  serine hydroxymethyltransferase  68.51 
 
 
435 aa  573  1e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.804501  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0004  serine hydroxymethyltransferase  65.23 
 
 
417 aa  574  1e-162  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.461407  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1627  serine hydroxymethyltransferase  69.69 
 
 
419 aa  573  1e-162  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01208  serine hydroxymethyltransferase  68.27 
 
 
416 aa  570  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3838  serine hydroxymethyltransferase  65.96 
 
 
423 aa  568  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3707  serine hydroxymethyltransferase  64.78 
 
 
424 aa  565  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990227  normal  0.0196042 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004230  serine hydroxymethyltransferase  67.55 
 
 
416 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.4605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0577  serine hydroxymethyltransferase  64.03 
 
 
419 aa  560  1e-158  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0728  serine hydroxymethyltransferase  68.42 
 
 
419 aa  558  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>