More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0315 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0401  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  87.65 
 
 
410 aa  748  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0142061  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4776  Rieske [2Fe-2S] region  88.99 
 
 
432 aa  798  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0336  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  98.14 
 
 
430 aa  895  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0008982  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1004  Rieske (2Fe-2S) protein  67.37 
 
 
445 aa  640  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71410  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  85.99 
 
 
429 aa  791  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.306543  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4892  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  97.67 
 
 
430 aa  865  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00139713  normal  0.55904 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  84.42 
 
 
430 aa  783  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0315  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
430 aa  909  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.276992  decreased coverage  2.64373e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5216  Rieske (2Fe-2S) region  90.63 
 
 
430 aa  804  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168663  normal  0.0108823 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0338  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  97.21 
 
 
430 aa  862  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000696422  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6197  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  85.75 
 
 
429 aa  788  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4029  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  69.14 
 
 
427 aa  611  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.75 
 
 
424 aa  572  1e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  63.73 
 
 
423 aa  569  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4897  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.64 
 
 
410 aa  421  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.71235 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1712  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.28 
 
 
415 aa  408  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2832  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.94 
 
 
412 aa  405  1e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000525331  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1416  Rieske 2Fe-2S family protein  48.4 
 
 
405 aa  405  1e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1461  Rieske 2Fe-2S family protein  48.4 
 
 
405 aa  405  1e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0597  Rieske (2Fe-2S) domain protein  47.91 
 
 
414 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0052075  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0549  Rieske (2Fe-2S) domain protein  47.41 
 
 
414 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.369608  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3062  iron-sulfur cluster-binding protein, rieske family  46.8 
 
 
416 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.476881  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0981  ring hydroxylating dioxygenase alpha-subunit  49.39 
 
 
429 aa  395  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.978274  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3978  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  47.18 
 
 
410 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229993  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3219  Rieske (2Fe-2S) region  48.5 
 
 
408 aa  390  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201195  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.55 
 
 
412 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1189  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.38 
 
 
450 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0483  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.33 
 
 
414 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0747  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239242  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1861  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.96 
 
 
413 aa  378  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.523473  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0703  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.917605  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0835  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0478  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
413 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0999  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2115  iron-sulphur Rieske protein  44.72 
 
 
413 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  44.72 
 
 
422 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0635134  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02037  putative dioxygenase (alpha subunit) oxidoreductase protein  44.72 
 
 
414 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4815  Rieske (2Fe-2S) region  45.19 
 
 
413 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3553  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.2 
 
 
413 aa  371  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5070  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.55 
 
 
437 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192805  hitchhiker  0.00646968 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4057  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.32 
 
 
421 aa  368  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.296927  normal  0.131227 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1578  iron-sulphur Rieske protein  44.78 
 
 
437 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.66 
 
 
426 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166676  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5015  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.63 
 
 
413 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.277088  normal  0.658452 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.63 
 
 
413 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.400487  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5207  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.12 
 
 
413 aa  363  5e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.114331  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5078  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.12 
 
 
413 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27977  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3290  Rieske (2Fe-2S) region  44.12 
 
 
413 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.25 
 
 
419 aa  361  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0578  Rieske (2Fe-2S) protein  43.98 
 
 
413 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1003  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.28 
 
 
423 aa  352  5e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.122707  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4003  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.44 
 
 
419 aa  350  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.11239  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4043  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.2 
 
 
419 aa  349  5e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal  0.202366 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3748  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.71 
 
 
419 aa  347  2e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.219388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2476  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.29 
 
 
419 aa  340  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.75426 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2069  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.67 
 
 
413 aa  338  1e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76502  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5289  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.91 
 
 
417 aa  329  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.54502  normal  0.0949615 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4845  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.61 
 
 
417 aa  327  2e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0260166 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0932  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.8 
 
 
418 aa  327  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.556495  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2853  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  39.61 
 
 
420 aa  325  1e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6857  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.5 
 
 
418 aa  310  3e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3689  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.76 
 
 
434 aa  308  1e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3714  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.14 
 
 
434 aa  303  6e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.162257  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4010  Rieske (2Fe-2S) protein  35.48 
 
 
376 aa  224  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.71 
 
 
423 aa  223  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252321  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3312  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.54 
 
 
408 aa  201  2e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3851  Rieske (2Fe-2S) protein  32.42 
 
 
374 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0219002 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3044  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.61 
 
 
369 aa  182  9e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000332714 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2506  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.38 
 
 
385 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.991153 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2461  Rieske (2Fe-2S) region  30.38 
 
 
385 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.197522  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2498  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.13 
 
 
385 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0242656  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  30.57 
 
 
380 aa  181  3e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3082  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.89 
 
 
373 aa  175  1e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.5055 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2893  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  29.79 
 
 
403 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.045966  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.07 
 
 
432 aa  149  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1560  Rieske (2Fe-2S) region  26.89 
 
 
434 aa  141  2e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3935  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.64 
 
 
385 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0946647  normal  0.167315 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.52 
 
 
384 aa  137  3e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4188  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.96 
 
 
429 aa  134  2e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0795618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  36.32 
 
 
423 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3775  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.81 
 
 
455 aa  133  7e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.37282 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2062  Rieske 2Fe-2S domain protein  33.17 
 
 
374 aa  133  7e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.901443  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3702  Rieske (2Fe-2S) region  28.81 
 
 
455 aa  133  7e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3715  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.14 
 
 
455 aa  133  8e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1386  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.17 
 
 
374 aa  132  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373829  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2528  Rieske 2Fe-2S domain protein  33.17 
 
 
374 aa  132  1e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0428403  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01772  predicted 2Fe-2S cluster-containing protein  33.17 
 
 
374 aa  132  1e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1841  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.17 
 
 
374 aa  132  1e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.213142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2028  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.17 
 
 
374 aa  132  1e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121527  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1890  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.17 
 
 
374 aa  132  1e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01760  hypothetical protein  33.17 
 
 
374 aa  132  1e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1672  Rieske (2Fe-2S) protein  34.8 
 
 
393 aa  132  2e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0251995  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4698  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.44 
 
 
377 aa  131  2e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.412068  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0744  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.02 
 
 
418 aa  131  2e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.295177 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0159  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.02 
 
 
340 aa  131  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.5 
 
 
374 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1753  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.5 
 
 
374 aa  131  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  4.08747e-05 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1516  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.5 
 
 
374 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4738  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.51 
 
 
377 aa  129  9e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.590157  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.46 
 
 
362 aa  129  1e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>