215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0308 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5225  peptidase M19, renal dipeptidase  97.23 
 
 
325 aa  660  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.511272  normal  0.0279561 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4784  peptidase M19, renal dipeptidase  93.23 
 
 
325 aa  640  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4899  membrane dipeptidase  99.69 
 
 
325 aa  673  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195029  normal  0.655649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0329  membrane dipeptidase  100 
 
 
325 aa  674  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.371464  normal  0.432124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0394  renal dipeptidase family protein  93.23 
 
 
325 aa  640  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0497  membrane dipeptidase  93.23 
 
 
325 aa  638  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0331  membrane dipeptidase  99.69 
 
 
325 aa  673  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0308  membrane dipeptidase  100 
 
 
325 aa  674  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278532 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71240  hypothetical protein  93.23 
 
 
325 aa  635  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6182  hypothetical protein  92.19 
 
 
320 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0988  peptidase M19, renal dipeptidase  81.17 
 
 
325 aa  556  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2726  membrane dipeptidase  78.77 
 
 
325 aa  543  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.147057  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4019  M19 family peptidase  79.38 
 
 
328 aa  539  1e-152  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1867  renal dipeptidase family protein  71.03 
 
 
323 aa  490  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4821  membrane dipeptidase  69.75 
 
 
323 aa  487  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3547  membrane dipeptidase  70.4 
 
 
323 aa  484  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0709  renal dipeptidase family protein  70.09 
 
 
323 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5084  membrane dipeptidase  70.09 
 
 
323 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1005  renal dipeptidase family protein  70.09 
 
 
323 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.616075  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5201  membrane dipeptidase  70.09 
 
 
323 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0829  dipeptidase family protein  69.78 
 
 
323 aa  481  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3284  membrane dipeptidase  70.09 
 
 
323 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0741  dipeptidase family protein  69.78 
 
 
323 aa  481  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1978  renal dipeptidase family protein  70.09 
 
 
323 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.159584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2108  renal dipeptidase family protein  70.09 
 
 
323 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0472  renal dipeptidase family protein  70.09 
 
 
323 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4496  membrane dipeptidase  69.16 
 
 
323 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0572  membrane dipeptidase  69.78 
 
 
323 aa  478  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5021  membrane dipeptidase  69.16 
 
 
323 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5064  Membrane dipeptidase  67.81 
 
 
323 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.0155477 
 
 
-
 
NC_003296  RS02031  putative dipeptidase protein  69.16 
 
 
323 aa  477  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.237279 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1584  membrane dipeptidase  67.5 
 
 
323 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4050  membrane dipeptidase  65.62 
 
 
323 aa  468  1e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.36145 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3302  membrane dipeptidase  64.38 
 
 
323 aa  458  1e-128  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.347896  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3437  membrane dipeptidase  64.15 
 
 
323 aa  452  1e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1105  peptidase M19, renal dipeptidase  60.37 
 
 
332 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0861  membrane dipeptidase  60.87 
 
 
324 aa  425  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3861  M19 family peptidase  37.46 
 
 
332 aa  238  8e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3059  peptidase M19, renal dipeptidase  38.75 
 
 
328 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2693  dipeptidase, putative  38.12 
 
 
328 aa  233  4e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.882727 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3733  membrane dipeptidase  35.51 
 
 
323 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0876  membrane dipeptidase  35.26 
 
 
329 aa  222  8e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.131069  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001564  microsomal dipeptidase  34.26 
 
 
329 aa  217  3e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.609765  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05502  hypothetical protein  33.75 
 
 
329 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2127  peptidase M19, renal dipeptidase  34.57 
 
 
329 aa  214  2e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0146717  hitchhiker  0.00435983 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1239  peptidase M19, renal dipeptidase  35.11 
 
 
346 aa  213  4e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0814  peptidase M19 renal dipeptidase  32.82 
 
 
327 aa  209  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1814  peptidase M19, renal dipeptidase  33.54 
 
 
329 aa  205  8e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0578  peptidase M19 renal dipeptidase  34.81 
 
 
336 aa  200  2e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3382  peptidase M19, renal dipeptidase  31.78 
 
 
326 aa  184  1e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.290781  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2882  peptidase M19, renal dipeptidase  32.62 
 
 
377 aa  178  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756766  normal  0.22542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1602  peptidase M19, renal dipeptidase  32.6 
 
 
323 aa  173  3e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.184491  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1847  peptidase M19, renal dipeptidase  33.92 
 
 
357 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1522  Zn-dependent dipeptidase  31.34 
 
 
368 aa  163  4e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.329262  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0068  peptidase M19 renal dipeptidase  29.97 
 
 
332 aa  142  1e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1009  membrane dipeptidase  33.06 
 
 
311 aa  140  2e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0814  multidrug resistance protein B  33.65 
 
 
332 aa  141  2e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0081  peptidase M19, renal dipeptidase  29.79 
 
 
327 aa  140  2e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0917  peptidase M19, renal dipeptidase  28.32 
 
 
386 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182228  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1494  membrane dipeptidase  29.43 
 
 
348 aa  133  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1472  Membrane dipeptidase  30.35 
 
 
307 aa  132  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1478  Membrane dipeptidase  30.07 
 
 
328 aa  129  5e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  3.44928e-05  normal  0.899515 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0721  peptidase M19 renal dipeptidase  29.03 
 
 
312 aa  129  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00790748  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09650  Membrane dipeptidase  28.84 
 
 
315 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1701  glutamine amidotransferase, class II/dipeptidase  29.73 
 
 
602 aa  124  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.176176 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0838  peptidase M19, renal dipeptidase  29.37 
 
 
388 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.994028  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2779  renal dipeptidase family protein  27.59 
 
 
379 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3791  renal dipeptidase family protein  28.47 
 
 
396 aa  122  9e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3577  peptidase M19 renal dipeptidase  30.67 
 
 
388 aa  122  1e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0827  Membrane dipeptidase  27.43 
 
 
399 aa  121  2e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3509  peptidase M19 renal dipeptidase  31.11 
 
 
388 aa  121  2e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0741  peptidase M19 renal dipeptidase  30.22 
 
 
388 aa  121  2e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3700  peptidase M19 renal dipeptidase  31.11 
 
 
388 aa  121  2e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.56612 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3840  peptidase M19, renal dipeptidase  30.2 
 
 
335 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3100  Membrane dipeptidase  27.04 
 
 
315 aa  120  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.19053e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0756  thermostable dipeptidase  27.82 
 
 
311 aa  119  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3872  Membrane dipeptidase  27.13 
 
 
412 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0951  membrane dipeptidase  27.61 
 
 
326 aa  118  1e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3133  twin-arginine translocation pathway signal  28.93 
 
 
387 aa  117  2e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2131  Membrane dipeptidase  28.25 
 
 
338 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.248358  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0834  twin-arginine translocation pathway signal  25.8 
 
 
387 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2434  Membrane dipeptidase  25.8 
 
 
381 aa  117  4e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.911642  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6456  Membrane dipeptidase  25.5 
 
 
402 aa  116  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3166  Zn-dependent dipeptidase microsomal dipeptidase  29.74 
 
 
400 aa  115  7e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3448  Membrane dipeptidase  30.31 
 
 
333 aa  115  1e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0102  thermostable dipeptidase  30.9 
 
 
337 aa  115  1e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1915  membrane dipeptidase  28.36 
 
 
313 aa  115  1e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3097  Membrane dipeptidase  25.72 
 
 
333 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0690607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4785  Membrane dipeptidase  27.72 
 
 
355 aa  113  4e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18060  Zn-dependent dipeptidase, microsomal dipeptidase  25.08 
 
 
433 aa  113  4e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  4.16179e-06  normal  0.24272 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5836  Membrane dipeptidase  27.54 
 
 
444 aa  113  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3086  membrane dipeptidase  29.58 
 
 
350 aa  112  1e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0806  peptidase M19, renal dipeptidase  27.24 
 
 
387 aa  112  1e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC05890  conserved hypothetical protein  29.58 
 
 
433 aa  111  2e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3174  Zn-dependent dipeptidase microsomal dipeptidase  28.48 
 
 
399 aa  111  2e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.845004  normal  0.812253 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1454  hypothetical protein  26.19 
 
 
329 aa  111  2e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.929699  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3183  twin-arginine translocation pathway signal  26.07 
 
 
388 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0645  peptidase M19, renal dipeptidase  27.53 
 
 
306 aa  110  3e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0751  twin-arginine translocation pathway signal  25.62 
 
 
391 aa  109  7e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3756  peptidase M19, renal dipeptidase  26.03 
 
 
388 aa  109  8e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>