223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0234 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  82.25 
 
 
442 aa  736  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  100 
 
 
444 aa  900  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4978  outer membrane porin  86.74 
 
 
443 aa  782  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  6.30026e-06  normal  0.206455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  83.63 
 
 
446 aa  751  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4878  outer membrane porin  64.89 
 
 
448 aa  583  1e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477958  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5318  outer membrane porin, OprD family  64.87 
 
 
448 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  55.07 
 
 
437 aa  451  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4465  porin, putative  54.77 
 
 
450 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  51.82 
 
 
439 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  49.04 
 
 
460 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  49.15 
 
 
463 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  47.73 
 
 
447 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  50.68 
 
 
442 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  50.32 
 
 
445 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  48.45 
 
 
457 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  48.15 
 
 
440 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  47.58 
 
 
443 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  47.56 
 
 
439 aa  357  2e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  47.72 
 
 
439 aa  353  3e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  47.24 
 
 
441 aa  345  8e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19070  outer membrane porin, OprE-like protein  44.52 
 
 
442 aa  341  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2927  outer membrane porin OprE  44.39 
 
 
443 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0534215  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  44.23 
 
 
443 aa  329  5e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  41.68 
 
 
456 aa  313  5e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3341  outer membrane porin  41.1 
 
 
437 aa  305  1e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  38.78 
 
 
421 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  38.56 
 
 
421 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  37.92 
 
 
421 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  39.25 
 
 
412 aa  266  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  38.7 
 
 
416 aa  266  6e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  38.99 
 
 
418 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  40.18 
 
 
417 aa  262  9e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  38.41 
 
 
422 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  40.18 
 
 
417 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.61 
 
 
411 aa  259  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  39.72 
 
 
417 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  36.95 
 
 
427 aa  256  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  37.41 
 
 
427 aa  255  1e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  36.54 
 
 
421 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  36.83 
 
 
418 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  37.05 
 
 
429 aa  240  3e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  36.13 
 
 
418 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  36.95 
 
 
429 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  35.15 
 
 
420 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  35.38 
 
 
433 aa  236  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  34.71 
 
 
420 aa  236  5e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  36.19 
 
 
429 aa  236  5e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  35.96 
 
 
429 aa  235  1e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  35.62 
 
 
417 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  35.75 
 
 
417 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  35.79 
 
 
416 aa  229  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.73 
 
 
433 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  3.30448e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  34.53 
 
 
410 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  34.75 
 
 
410 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  34 
 
 
433 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  35.48 
 
 
408 aa  226  5e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  34.82 
 
 
417 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  34.67 
 
 
427 aa  226  8e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  34.3 
 
 
410 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  34.43 
 
 
427 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  34.84 
 
 
423 aa  224  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  35.98 
 
 
416 aa  223  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  34.39 
 
 
423 aa  222  9e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  35.68 
 
 
415 aa  221  1e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  34.59 
 
 
416 aa  221  2e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  33.19 
 
 
422 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  33.7 
 
 
433 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  33.48 
 
 
429 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  35.51 
 
 
418 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  36.66 
 
 
409 aa  217  3e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  36.43 
 
 
418 aa  217  3e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  34 
 
 
440 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  34.59 
 
 
440 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  35.73 
 
 
418 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  34.96 
 
 
416 aa  216  6e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05785e-07 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  35.51 
 
 
418 aa  216  6e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  35.93 
 
 
409 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  35.73 
 
 
417 aa  215  1e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  33.19 
 
 
441 aa  215  1e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  36.26 
 
 
416 aa  215  1e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  33.33 
 
 
423 aa  214  2e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  35.51 
 
 
418 aa  214  2e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  34.83 
 
 
417 aa  214  2e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  32.97 
 
 
421 aa  214  2e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  32.97 
 
 
421 aa  214  3e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  35 
 
 
416 aa  214  3e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  33.78 
 
 
413 aa  213  4e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  31.56 
 
 
424 aa  213  5e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  33.55 
 
 
431 aa  213  6e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  33.33 
 
 
431 aa  213  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  33.78 
 
 
405 aa  212  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  34.39 
 
 
417 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  34.27 
 
 
408 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  34.61 
 
 
417 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  34.3 
 
 
417 aa  210  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  36.24 
 
 
422 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  34.98 
 
 
416 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  35.68 
 
 
412 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  35.06 
 
 
419 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  35.93 
 
 
415 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>