More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0229 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0229  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 653 aa  1328    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00896074 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  48.78 
 
 		 667 aa  651    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  49.08 
 
 		 667 aa  654    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  48.93 
 
 		 667 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  84.84 
 
 		 664 aa  1157    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  84.99 
 
 		 664 aa  1161    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  87.6 
 
 		 666 aa  1191    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  50.99 
 
 		 665 aa  660    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4983  choline/carnitine/betaine transporter  97.24 
 
 		 665 aa  1228    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.684113  normal  0.911624 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  49.7 
 
 		 684 aa  645    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  70.2 
 
 		 659 aa  873    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  49.85 
 
 		 667 aa  660    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0253  choline/carnitine/betaine transporter  99.54 
 
 		 667 aa  1323    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.984352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  78.29 
 
 		 653 aa  1058    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0244  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 667 aa  1328    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300044  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  78.13 
 
 		 671 aa  1060    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  47.63 
 
 		 681 aa  607  9.999999999999999e-173  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  45.64 
 
 		 657 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  46.42 
 
 		 661 aa  599  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  47.03 
 
 		 681 aa  593  1e-168  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  47.42 
 
 		 686 aa  592  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  46.95 
 
 		 685 aa  589  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  44.83 
 
 		 679 aa  591  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  45.66 
 
 		 661 aa  588  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  46.19 
 
 		 664 aa  587  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  44.19 
 
 		 660 aa  587  1e-166  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  44.93 
 
 		 637 aa  586  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  47.19 
 
 		 667 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  44.98 
 
 		 677 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  47.19 
 
 		 667 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  45.08 
 
 		 724 aa  583  1.0000000000000001e-165  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  47.04 
 
 		 667 aa  581  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  45.4 
 
 		 720 aa  580  1e-164  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  44.07 
 
 		 677 aa  579  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  46.89 
 
 		 667 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  44.63 
 
 		 724 aa  578  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  43.85 
 
 		 682 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  43.85 
 
 		 682 aa  569  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  53.62 
 
 		 534 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  44.11 
 
 		 695 aa  558  1e-157  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  42.99 
 
 		 656 aa  548  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  42.57 
 
 		 667 aa  542  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  41.08 
 
 		 646 aa  541  9.999999999999999e-153  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70980  choline transporter BetT  53.06 
 
 		 516 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.92652 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  41.19 
 
 		 711 aa  529  1e-149  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  42.07 
 
 		 658 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  39.82 
 
 		 644 aa  524  1e-147  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  41.46 
 
 		 659 aa  523  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  41.98 
 
 		 682 aa  521  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  41.3 
 
 		 659 aa  521  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  41.9 
 
 		 658 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  41.77 
 
 		 658 aa  520  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  41.9 
 
 		 658 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  41.9 
 
 		 658 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  40.49 
 
 		 668 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40.33 
 
 		 682 aa  518  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  40.46 
 
 		 687 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  41.7 
 
 		 673 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  40.3 
 
 		 660 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  40.83 
 
 		 658 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  41.92 
 
 		 658 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  40.99 
 
 		 676 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  41.74 
 
 		 658 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  40.92 
 
 		 685 aa  515  1e-144  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  42.27 
 
 		 661 aa  511  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  42.31 
 
 		 658 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  43.18 
 
 		 661 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1709  choline/carnitine/betaine transporter  41.49 
 
 		 697 aa  499  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.227681  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  40.49 
 
 		 682 aa  500  1e-140  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  38.88 
 
 		 750 aa  499  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  40.28 
 
 		 662 aa  491  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.52 
 
 		 698 aa  485  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22520  choline/carnitine/betaine transport  39.28 
 
 		 748 aa  480  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00223968  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1835  choline/carnitine/betaine transporter  52.23 
 
 		 516 aa  478  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3281  choline/carnitine/betaine transporter  37.35 
 
 		 751 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0983086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  38.85 
 
 		 676 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  40.85 
 
 		 698 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  39.55 
 
 		 673 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  37.79 
 
 		 716 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  38.79 
 
 		 691 aa  445  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  37.79 
 
 		 676 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  37.94 
 
 		 676 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  37.79 
 
 		 676 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  38.69 
 
 		 676 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  37.94 
 
 		 676 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  37.79 
 
 		 676 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  37.79 
 
 		 716 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  38.06 
 
 		 676 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  38.53 
 
 		 676 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  38.53 
 
 		 676 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31680  choline/carnitine/betaine transport  44.74 
 
 		 534 aa  435  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  42.34 
 
 		 545 aa  404  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1835  choline/carnitine/betaine transporter  35.45 
 
 		 671 aa  390  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.314511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>