More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0227 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  100 
 
 
264 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  99.62 
 
 
264 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  96.21 
 
 
264 aa  504  1e-142  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  97.73 
 
 
264 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  82.57 
 
 
266 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  72.76 
 
 
268 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  72.08 
 
 
265 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  66.42 
 
 
265 aa  346  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  62.78 
 
 
265 aa  332  5e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  61.65 
 
 
266 aa  330  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  61.65 
 
 
285 aa  328  4e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  61.65 
 
 
285 aa  328  5e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  61.65 
 
 
266 aa  328  7e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  61.65 
 
 
266 aa  327  8e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  61.28 
 
 
266 aa  327  1e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  61.28 
 
 
266 aa  326  2e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  60.9 
 
 
266 aa  323  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  63.18 
 
 
266 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  60.9 
 
 
266 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  60.9 
 
 
266 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  4.88454e-05 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  60.9 
 
 
266 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  5.83389e-11 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  63.95 
 
 
266 aa  323  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  61.81 
 
 
266 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  61.81 
 
 
266 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  61.81 
 
 
266 aa  322  6e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  52.99 
 
 
265 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  45.45 
 
 
266 aa  205  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 
266 aa  204  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 
266 aa  204  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 
266 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 
266 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 
266 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  1.79971e-09 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 
266 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 
270 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.75 
 
 
264 aa  197  1e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 
266 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  43.82 
 
 
256 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  43.82 
 
 
290 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 
264 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 
264 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  42.37 
 
 
264 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.98 
 
 
267 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.57 
 
 
264 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  43.16 
 
 
277 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  1.15158e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  41.25 
 
 
264 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
270 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.98 
 
 
264 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  42.63 
 
 
256 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  42.02 
 
 
264 aa  188  6e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  42.02 
 
 
264 aa  188  6e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  42.02 
 
 
264 aa  188  6e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.42 
 
 
257 aa  188  7e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.42 
 
 
257 aa  188  7e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.98 
 
 
264 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.98 
 
 
264 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.98 
 
 
264 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
257 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.98 
 
 
264 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.98 
 
 
264 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.98 
 
 
284 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.98 
 
 
264 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.59 
 
 
260 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  39.85 
 
 
266 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.87 
 
 
266 aa  184  2e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
260 aa  184  2e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
260 aa  183  2e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
260 aa  183  2e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  43.93 
 
 
257 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  40.74 
 
 
266 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 
260 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  44.17 
 
 
257 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  42.08 
 
 
257 aa  178  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  42.08 
 
 
257 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  41.91 
 
 
273 aa  177  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.79 
 
 
266 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
253 aa  174  1e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  39.66 
 
 
266 aa  173  3e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  37.11 
 
 
264 aa  172  4e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  37.35 
 
 
264 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0207  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.91 
 
 
260 aa  171  1e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.670956  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  41.08 
 
 
260 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  37.89 
 
 
256 aa  169  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1432  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.25 
 
 
260 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.897061 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 
265 aa  167  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  37.71 
 
 
266 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.71 
 
 
315 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.71 
 
 
320 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  36.61 
 
 
256 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 
265 aa  166  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.78 
 
 
265 aa  165  9e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.78 
 
 
265 aa  165  9e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.78 
 
 
265 aa  164  1e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1150  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
281 aa  163  2e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  36.47 
 
 
255 aa  163  2e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  37.41 
 
 
265 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.41 
 
 
265 aa  163  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.41 
 
 
265 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  37.41 
 
 
265 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.41 
 
 
265 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  37.66 
 
 
261 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>