More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0223 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0353  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  80.6 
 
 
401 aa  646  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0223  DszC family monooxygenase  100 
 
 
406 aa  827  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00885592  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0247  acyl-CoA dehydrogenase type 2  97.2 
 
 
393 aa  758  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0239  Acyl-CoA dehydrogenase-like  83.29 
 
 
397 aa  658  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5185  acyl-CoA dehydrogenase family protein  81.61 
 
 
401 aa  648  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4989  acyl-CoA dehydrogenase type 2  88.8 
 
 
393 aa  704  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0238  acyl-CoA dehydrogenase type 2  99.49 
 
 
393 aa  790  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.679999  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2362  acyl-CoA dehydrogenase type 2  75.26 
 
 
399 aa  598  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00266653  hitchhiker  0.00112869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34300  DszC family monooxygenase  71.39 
 
 
405 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.803163  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2915  hypothetical protein  69.5 
 
 
405 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.281087  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31490  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  70.69 
 
 
402 aa  548  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1544  hypothetical protein  64.05 
 
 
420 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.86549 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6338  acyl-CoA dehydrogenase type 2  58.66 
 
 
412 aa  464  1e-130  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6749  acyl-CoA dehydrogenase type 2  58.4 
 
 
412 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.144379 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6515  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  58.4 
 
 
412 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7712  Acyl-CoA dehydrogenase, central region  56.62 
 
 
425 aa  452  1e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1742  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  55.28 
 
 
412 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469598  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6565  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  55.67 
 
 
405 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.191589  normal  0.316976 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2254  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  56.44 
 
 
451 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1148  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  56.19 
 
 
412 aa  439  1e-122  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1013  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  56.19 
 
 
412 aa  439  1e-122  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153934  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0928  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  56.44 
 
 
412 aa  441  1e-122  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0398526  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1523  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  56.19 
 
 
412 aa  439  1e-122  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0091  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  56.19 
 
 
412 aa  439  1e-122  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2440  acyl-CoA dehydrogenase family protein  57.74 
 
 
395 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0806323  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7499  Acyl-CoA dehydrogenase  58.65 
 
 
412 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140498  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3157  acyl-CoA dehydrogenase type 2  55.18 
 
 
407 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1015  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  60.27 
 
 
404 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2549  putative acyl-CoA dehydrogenase  52.61 
 
 
434 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354355  normal  0.569351 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6150  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  55.41 
 
 
405 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00426369  hitchhiker  0.00144914 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2255  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  60.27 
 
 
400 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0930  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  60.27 
 
 
404 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0316102  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1521  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.75 
 
 
404 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.954011  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0092  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.75 
 
 
404 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.362932  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5014  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  53.91 
 
 
415 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1147  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  60 
 
 
400 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5156  acyl-CoA dehydrogenase  49.38 
 
 
420 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0718281  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2551  putative acyl-CoA dehydrogenase  53.79 
 
 
416 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.285917  normal  0.436959 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2053  acyl-CoA dehydrogenase type 2  53.35 
 
 
403 aa  406  1e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2755  hypothetical protein  53.89 
 
 
414 aa  407  1e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2054  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.59 
 
 
415 aa  403  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.876427  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0240  Acyl-CoA dehydrogenase-like  51.02 
 
 
413 aa  398  1e-110  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2998  acyl-CoA dehydrogenase type 2  53.11 
 
 
410 aa  399  1e-110  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5155  acyl-CoA dehydrogenase  48.49 
 
 
422 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31480  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  50.63 
 
 
424 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0554  acyl-CoA dehydrogenase type 2  50.26 
 
 
417 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2916  hypothetical protein  52.54 
 
 
411 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2985  acyl-CoA dehydrogenase family protein  49.22 
 
 
426 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.280885  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2550  putative acyl-CoA dehydrogenase  51.34 
 
 
413 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405659  normal  0.31936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0877  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.51 
 
 
429 aa  388  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485998  normal  0.261313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34550  hypothetical protein  53.65 
 
 
411 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1778  acyl-CoA dehydrogenase type 2  55.3 
 
 
425 aa  388  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.251662  normal  0.768767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2934  hypothetical protein  53.65 
 
 
411 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34320  DszC family monooxygenase  51.78 
 
 
411 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.404084  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43650  Acyl-CoA dehydrogenase  52.47 
 
 
414 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0618443  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0239  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.78 
 
 
413 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0224  DszC family monooxygenase  51.27 
 
 
413 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88641  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4988  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.28 
 
 
413 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2572  putative acyl-CoA dehydrogenase  54.73 
 
 
393 aa  378  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.275239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0248  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.02 
 
 
413 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1903  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  51.62 
 
 
417 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0354  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  50.12 
 
 
440 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1545  hypothetical protein  53 
 
 
416 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.828601  normal  0.5845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4228  acyl-CoA dehydrogenase type 2  58.31 
 
 
412 aa  371  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5184  acyl-CoA dehydrogenase family protein  49.75 
 
 
440 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.995233  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3664  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.21 
 
 
419 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.952309  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3951  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  52.47 
 
 
419 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.865313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3957  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  52.21 
 
 
419 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0790683  normal  0.786977 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2008  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.16 
 
 
425 aa  361  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.200025  hitchhiker  0.00322208 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6061  acyl-CoA dehydrogenase  52.96 
 
 
326 aa  353  3e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2677  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  48.85 
 
 
433 aa  352  9e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.3001  normal  0.883174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1779  acyl-CoA dehydrogenase type 2  50.12 
 
 
430 aa  348  9e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.392008  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2009  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51 
 
 
411 aa  346  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0963467  hitchhiker  0.00351271 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  48.86 
 
 
413 aa  342  8e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.478253  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0024  acyl-CoA dehydrogenase type 2  50.65 
 
 
418 aa  340  3e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.641341 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2439  acyl-CoA dehydrogenase family protein  49.87 
 
 
403 aa  337  2e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2361  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.51 
 
 
412 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00969514  hitchhiker  0.0011963 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3100  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  40.1 
 
 
392 aa  328  2e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4516  acyl-CoA dehydrogenase type 2  44.07 
 
 
395 aa  315  1e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.130533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2571  putative acyl-CoA dehydrogenase  49.25 
 
 
420 aa  313  2e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517153  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1581  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  43.73 
 
 
413 aa  303  2e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.217261  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  44.47 
 
 
395 aa  304  2e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4227  acyl-CoA dehydrogenase type 2  50.27 
 
 
418 aa  285  9e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0340079 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1495  hypothetical protein  46.4 
 
 
403 aa  284  2e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0879599  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3342  acyl-CoA dehydrogenase type 2  41.41 
 
 
410 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3173  acyl-CoA dehydrogenase type 2  42.11 
 
 
415 aa  268  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203103  normal  0.0489615 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0889  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  42.71 
 
 
398 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0906  acyl-CoA dehydrogenase type 2  42.71 
 
 
398 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0895  acyl-CoA dehydrogenase type 2  42.46 
 
 
398 aa  257  3e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0424541 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1377  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  40.46 
 
 
409 aa  241  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0469267  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6591  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.1 
 
 
405 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1241  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  38.1 
 
 
405 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3551  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.98 
 
 
411 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.058709  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3501  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.98 
 
 
411 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102842  normal  0.83486 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3488  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  38.98 
 
 
411 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6195  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.83 
 
 
405 aa  223  5e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7189  acyl-CoA dehydrogenase  34.96 
 
 
412 aa  218  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7082  Acyl-CoA dehydrogenase-like  35.98 
 
 
405 aa  213  6e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254723  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3296  putative acyl-CoA dehydrogenase  34.21 
 
 
409 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.187192 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3110  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  35.47 
 
 
375 aa  206  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.464185 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>