More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0204 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  97.19 
 
 		 249 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  85.54 
 
 		 249 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  81.97 
 
 		 248 aa  410  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  69.55 
 
 		 258 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  68.85 
 
 		 256 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  68.29 
 
 		 256 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  67.89 
 
 		 256 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  68.03 
 
 		 256 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  67.48 
 
 		 256 aa  359  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  67.48 
 
 		 256 aa  359  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  59 
 
 		 261 aa  293  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  59 
 
 		 261 aa  293  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 247 aa  162  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  35.04 
 
 		 252 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 247 aa  160  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 248 aa  159  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 243 aa  155  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.13 
 
 		 243 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  38.46 
 
 		 270 aa  151  8e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 		 243 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  34.69 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5417  transcriptional regulator, GntR family  36.61 
 
 		 271 aa  131  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  29.71 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3733  transcriptional regulator, GntR family  33.06 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 241 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 240 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  32.64 
 
 		 273 aa  125  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 239 aa  125  9e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3791  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 		 278 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 268 aa  122  4e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 		 242 aa  122  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4073  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0292067 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 246 aa  119  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1076  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 195 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00111341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3873  transcriptional regulator, GntR family  30.25 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4162  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 195 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000200129  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1903  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.98 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4032  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 		 246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.495604  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 264 aa  119  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 266 aa  118  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0283  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 240 aa  118  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3472  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 238 aa  118  9e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00483129  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2751  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.93 
 
 		 239 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  30.34 
 
 		 242 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 245 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0376  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3508  GntR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 248 aa  116  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 248 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4192  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 238 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1898  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000197182  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4235  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0020  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4049  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.855147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5116  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0019  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3895  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  30 
 
 		 232 aa  113  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 		 241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 256 aa  112  7.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 260 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 242 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4198  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2570  transcriptional regulator, GntR family  32.17 
 
 		 241 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000448817  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 243 aa  109  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1926  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  31.14 
 
 		 251 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 238 aa  108  8.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2758  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.65 
 
 		 240 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4184  transcriptional regulator, GntR family  30.27 
 
 		 185 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000338347  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08770  transcriptional regulator, GntR family  28.94 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000139729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>