90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0170 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0170  ABC transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 		 339 aa  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0191  ABC transporter periplasmic-binding protein  99.71 
 
 		 339 aa  687    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5057  ABC transporter, periplasmic binding protein  95.87 
 
 		 339 aa  644    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0189  ABC transporter, periplasmic binding protein  97.64 
 
 		 339 aa  637    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.366153 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0138  NLPA lipoprotein  82.25 
 
 		 341 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34770  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  78.21 
 
 		 340 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.429191  normal  0.0167014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  79.1 
 
 		 345 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00383664  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30920  ABC transporter, periplasmic binding protein  76.49 
 
 		 343 aa  529  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4137  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  71.38 
 
 		 341 aa  481  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0154  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  67.06 
 
 		 350 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3603  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.86 
 
 		 350 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2170  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  66.18 
 
 		 350 aa  454  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6250  ABC transporter substrate binding protein  67.69 
 
 		 351 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1244  ABC transporter substrate binding protein  69.3 
 
 		 343 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.803249  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6049  ABC transporter substrate binding protein  68.04 
 
 		 351 aa  435  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6535  ABC transporter substrate binding protein  69.62 
 
 		 351 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6588  ABC transporter substrate binding protein  69.3 
 
 		 343 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6192  ABC transporter substrate binding protein  69.3 
 
 		 343 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1687  ABC transporter substrate binding protein  65.38 
 
 		 348 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0343  ABC transporter substrate-binding protein  65.38 
 
 		 348 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.658815  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1866  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  65.38 
 
 		 348 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.346438  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1878  ABC transporter substrate binding protein  65.38 
 
 		 348 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.314195  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0818  ABC transporter substrate binding protein  65.38 
 
 		 348 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106898  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2677  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.94 
 
 		 343 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2032  ABC transporter substrate binding protein  65.38 
 
 		 348 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596707  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0512  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.83 
 
 		 366 aa  418  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3450  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.03 
 
 		 343 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302208  hitchhiker  0.000774086 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1797  ABC transporter periplasmic binding protein  56.25 
 
 		 340 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0340  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  55.46 
 
 		 339 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1399  ABC transporter periplasmic binding protein  55.65 
 
 		 341 aa  383  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.117419  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5195  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  55.16 
 
 		 339 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2205  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  57.83 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4888  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  53.07 
 
 		 332 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.962716  normal  0.144986 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1388  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.09 
 
 		 317 aa  364  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30880  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.24 
 
 		 339 aa  362  6e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3455  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  51.76 
 
 		 347 aa  358  8e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1299  ABC transporter periplasmic binding protein  54.86 
 
 		 362 aa  355  5e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1728  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.57 
 
 		 333 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03032  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  44.59 
 
 		 346 aa  276  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.08661 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4009  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  44.62 
 
 		 342 aa  272  7e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4122  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  44.62 
 
 		 342 aa  272  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1120  ABC transporter, periplasmic binding protein  40.67 
 
 		 334 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3889  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.18 
 
 		 335 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.475299  normal  0.125658 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3152  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.87 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4505  NLPA lipoprotein  40.13 
 
 		 342 aa  246  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.826664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5990  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.73 
 
 		 341 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.626097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6690  putative periplasmic substrate-binding subunit (ABC transporter)  38.19 
 
 		 338 aa  245  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  35.28 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5982  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.96 
 
 		 334 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  35.92 
 
 		 338 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940543  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5060  ABC transporter substrate-binding protein  40 
 
 		 327 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3888  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.54 
 
 		 330 aa  225  8e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3151  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.54 
 
 		 330 aa  225  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6244  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  38.79 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0536  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  39.43 
 
 		 342 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00532956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1606  NLPA lipoprotein  40.8 
 
 		 346 aa  220  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000297803 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2525  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.39 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74884  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3590  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.12 
 
 		 341 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3930  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.12 
 
 		 341 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5326  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.77 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3496  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.77 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0231638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3259  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  33.66 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5095  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.03 
 
 		 119 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.296668  normal  0.288347 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5012  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.89 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0114898  normal  0.178041 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3641  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  27.11 
 
 		 333 aa  54.3  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000105087  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  27.88 
 
 		 349 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  27.88 
 
 		 349 aa  50.4  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0047  taurine ABC transporter, periplasmic binding protein  26.8 
 
 		 335 aa  49.3  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0299581 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  27.23 
 
 		 349 aa  48.5  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0145  NMT1/THI5 like domain protein  27.64 
 
 		 335 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9276  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.53 
 
 		 355 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4330  NMT1/THI5 like domain protein  27.12 
 
 		 335 aa  47.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688917  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1211  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 		 321 aa  47.4  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0825  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  19.35 
 
 		 335 aa  47  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.262946  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2931  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  21.82 
 
 		 328 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2312  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  22.12 
 
 		 328 aa  47  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.355114  hitchhiker  0.0000000431055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4566  taurine transporter substrate binding subunit  27.73 
 
 		 331 aa  45.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1182  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  24.28 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.794723  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4215  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.91 
 
 		 330 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8277  ABC transport system substrate-binding protein  22.57 
 
 		 336 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0627957 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 340 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 347 aa  46.2  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  24.15 
 
 		 346 aa  45.1  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4333  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.48 
 
 		 330 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  22.68 
 
 		 349 aa  44.3  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2622  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  23.49 
 
 		 341 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000404129  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.97 
 
 		 346 aa  43.9  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1367  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  30.68 
 
 		 368 aa  43.5  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0520696 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 347 aa  43.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0481  NMT1/THI5 like domain protein  21.93 
 
 		 327 aa  42.7  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>