More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0165 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 648 aa  1300    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  97.99 
 
 		 648 aa  1244    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  55.62 
 
 		 650 aa  719    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  60.46 
 
 		 650 aa  718    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.58 
 
 		 648 aa  991    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  60 
 
 		 650 aa  721    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.69 
 
 		 648 aa  1298    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.13 
 
 		 648 aa  1180    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  56.72 
 
 		 650 aa  726    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.26 
 
 		 650 aa  729    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.05 
 
 		 637 aa  360  4e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 		 637 aa  344  2.9999999999999997e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 		 637 aa  335  2e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.7 
 
 		 663 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 		 642 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.57 
 
 		 645 aa  297  4e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 		 638 aa  292  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  31.08 
 
 		 639 aa  290  7e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.82 
 
 		 639 aa  286  1.0000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.38 
 
 		 649 aa  271  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 		 645 aa  270  4e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.09 
 
 		 635 aa  266  5.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.85 
 
 		 632 aa  246  6.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 		 703 aa  244  3e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  26.26 
 
 		 627 aa  227  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 		 663 aa  227  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  26.41 
 
 		 640 aa  227  6e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  26.82 
 
 		 654 aa  220  5e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.42 
 
 		 640 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  25.94 
 
 		 641 aa  212  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.89 
 
 		 696 aa  206  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.42 
 
 		 636 aa  201  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.69 
 
 		 649 aa  196  1e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  27.41 
 
 		 639 aa  194  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.24 
 
 		 649 aa  194  6e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.86 
 
 		 640 aa  193  7e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.24 
 
 		 639 aa  191  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 		 639 aa  191  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.76 
 
 		 639 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.76 
 
 		 639 aa  187  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.76 
 
 		 639 aa  187  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.61 
 
 		 639 aa  186  9e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 		 640 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.47 
 
 		 640 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 639 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 639 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  26.24 
 
 		 640 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.17 
 
 		 639 aa  179  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.49 
 
 		 632 aa  177  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 		 640 aa  177  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  26.39 
 
 		 639 aa  177  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.06 
 
 		 738 aa  171  4e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.05 
 
 		 634 aa  170  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.26 
 
 		 634 aa  169  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.05 
 
 		 634 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.1 
 
 		 634 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.06 
 
 		 634 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.56 
 
 		 640 aa  164  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.41 
 
 		 644 aa  162  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 		 634 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 		 634 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.55 
 
 		 634 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 		 634 aa  158  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.45 
 
 		 634 aa  157  8e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.28 
 
 		 634 aa  156  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.02 
 
 		 806 aa  156  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.51 
 
 		 587 aa  156  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  24.4 
 
 		 631 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.79 
 
 		 634 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.34 
 
 		 632 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.28 
 
 		 994 aa  153  8e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  28.6 
 
 		 656 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.85 
 
 		 642 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 		 469 aa  152  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.82 
 
 		 658 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.18 
 
 		 673 aa  152  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 		 800 aa  150  6e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.45 
 
 		 638 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.86 
 
 		 820 aa  147  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.52 
 
 		 646 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.54 
 
 		 951 aa  146  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.17 
 
 		 769 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  27.98 
 
 		 818 aa  144  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 623 aa  143  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.02 
 
 		 942 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  28.32 
 
 		 823 aa  142  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  25.24 
 
 		 635 aa  142  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.44 
 
 		 979 aa  141  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  30.91 
 
 		 1245 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  30.37 
 
 		 1245 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  28.83 
 
 		 1006 aa  140  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 		 698 aa  140  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  26.94 
 
 		 817 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.87 
 
 		 960 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.433871 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  29.48 
 
 		 571 aa  137  8e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  28.34 
 
 		 1076 aa  136  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.97 
 
 		 716 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.16 
 
 		 842 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2711  GGDEF  29.47 
 
 		 656 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.65 
 
 		 665 aa  135  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>