More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0129 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 645 aa  1286    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  59.48 
 
 		 677 aa  685    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  59.22 
 
 		 690 aa  718    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  62.64 
 
 		 696 aa  826    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  90.59 
 
 		 642 aa  1147    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  79.03 
 
 		 653 aa  989    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  97.21 
 
 		 645 aa  1223    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  53.03 
 
 		 671 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  53.01 
 
 		 668 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  60.94 
 
 		 614 aa  435  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 565 aa  286  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 461 aa  237  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 508 aa  218  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  32.56 
 
 		 516 aa  207  5e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  32.56 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 451 aa  203  9e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 518 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  30.39 
 
 		 518 aa  181  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 518 aa  179  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  36.36 
 
 		 518 aa  178  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 518 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 518 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 460 aa  176  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 518 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 518 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  31.23 
 
 		 518 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 518 aa  172  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  34.3 
 
 		 518 aa  172  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 518 aa  171  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 518 aa  171  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 518 aa  171  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 514 aa  170  8e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  38.11 
 
 		 530 aa  170  9e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 559 aa  163  9e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  31.23 
 
 		 521 aa  162  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  30.04 
 
 		 536 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 459 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  38.95 
 
 		 520 aa  150  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 328 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 797 aa  145  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 349 aa  145  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 314 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.16 
 
 		 474 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 		 302 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  48.17 
 
 		 308 aa  140  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 464 aa  140  8.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  36.46 
 
 		 524 aa  139  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 820 aa  138  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 476 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 454 aa  138  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  30.18 
 
 		 518 aa  138  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 403 aa  138  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  41.92 
 
 		 234 aa  138  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  46.59 
 
 		 457 aa  138  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.2 
 
 		 457 aa  137  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 		 794 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 438 aa  137  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  46.86 
 
 		 466 aa  136  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  44.51 
 
 		 306 aa  137  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  44.51 
 
 		 307 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  44.19 
 
 		 457 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  47.16 
 
 		 457 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 350 aa  136  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 304 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  46.59 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 355 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.7 
 
 		 721 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 312 aa  135  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  42.42 
 
 		 796 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 614 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 		 730 aa  134  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 681 aa  134  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 492 aa  134  6.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  38.71 
 
 		 355 aa  134  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  42.42 
 
 		 323 aa  134  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 631 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 354 aa  133  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 467 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.11 
 
 		 457 aa  134  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 498 aa  133  9e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 317 aa  133  9e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 381 aa  133  9e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 794 aa  133  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 309 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.59 
 
 		 457 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.86 
 
 		 455 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 347 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  44.51 
 
 		 756 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  43.71 
 
 		 763 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 368 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.59 
 
 		 312 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 311 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  46.59 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  36.92 
 
 		 355 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 342 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.23 
 
 		 418 aa  132  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>