More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0082 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0082  tryptophan synthase subunit alpha  100 
 
 		 269 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  98.51 
 
 		 269 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  97.4 
 
 		 269 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000224366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  96.28 
 
 		 269 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  89.18 
 
 		 270 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  89.22 
 
 		 269 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0104  tryptophan synthase subunit alpha  79.48 
 
 		 270 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0037  tryptophan synthase subunit alpha  76.12 
 
 		 268 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00440  tryptophan synthase subunit alpha  75 
 
 		 268 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.203151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0070  tryptophan synthase subunit alpha  75.09 
 
 		 269 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02130  tryptophan synthase subunit alpha  74.72 
 
 		 269 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0142  tryptophan synthase, alpha subunit  62.87 
 
 		 279 aa  347  1e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0391  tryptophan synthase subunit alpha  61.31 
 
 		 277 aa  337  8e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.403186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0198  tryptophan synthase subunit alpha  63 
 
 		 278 aa  337  9e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0222  tryptophan synthase subunit alpha  62.98 
 
 		 267 aa  337  9.999999999999999e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  62.27 
 
 		 278 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0812  tryptophan synthase subunit alpha  61.76 
 
 		 279 aa  335  5e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2108  tryptophan synthase subunit alpha  62.13 
 
 		 279 aa  335  5.999999999999999e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2024  tryptophan synthase subunit alpha  61.76 
 
 		 279 aa  333  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.014662  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0073  tryptophan synthase subunit alpha  61.9 
 
 		 278 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0126825  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  62.64 
 
 		 278 aa  328  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0952  tryptophan synthase subunit alpha  59.7 
 
 		 272 aa  322  3e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0664  tryptophan synthase subunit alpha  58.46 
 
 		 281 aa  321  8e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3238  tryptophan synthase subunit alpha  58.82 
 
 		 279 aa  320  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3584  tryptophan synthase subunit alpha  58.8 
 
 		 263 aa  318  6e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.421277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1695  tryptophan synthase subunit alpha  61.9 
 
 		 281 aa  317  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  hitchhiker  0.000000673783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0054  tryptophan synthase subunit alpha  59.34 
 
 		 278 aa  316  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130781 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0021  tryptophan synthase subunit alpha  57.93 
 
 		 279 aa  316  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0062  tryptophan synthase subunit alpha  58.97 
 
 		 278 aa  315  6e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4282  tryptophan synthase subunit alpha  56.62 
 
 		 279 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0349  tryptophan synthase subunit alpha  61.89 
 
 		 263 aa  311  9e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0121944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3955  tryptophan synthase subunit alpha  56.25 
 
 		 279 aa  310  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.157341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1988  tryptophan synthase subunit alpha  57.93 
 
 		 277 aa  308  4e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.011593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1621  tryptophan synthase subunit alpha  57.56 
 
 		 278 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0831  tryptophan synthase subunit alpha  59.84 
 
 		 263 aa  305  7e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2489  tryptophan synthase subunit alpha  59.84 
 
 		 263 aa  305  7e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0709214  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4910  tryptophan synthase subunit alpha  56.41 
 
 		 280 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  0.738486 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3382  tryptophan synthase subunit alpha  58.67 
 
 		 279 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0201065 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4446  tryptophan synthase subunit alpha  56.88 
 
 		 280 aa  301  9e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1402  tryptophan synthase subunit alpha  61.17 
 
 		 282 aa  299  3e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.362344 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4960  tryptophan synthase subunit alpha  56.88 
 
 		 278 aa  298  4e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.126491  normal  0.0842715 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0477  tryptophan synthase subunit alpha  57.51 
 
 		 275 aa  295  5e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178989  hitchhiker  0.00299272 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0333  tryptophan synthase subunit alpha  56.13 
 
 		 265 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3428  tryptophan synthase, alpha chain  56.65 
 
 		 271 aa  285  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  57.72 
 
 		 271 aa  266  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1301  tryptophan synthase subunit alpha  57.02 
 
 		 266 aa  264  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.699121  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4977  tryptophan synthase subunit alpha  56.93 
 
 		 275 aa  254  8e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3350  tryptophan synthase subunit alpha  50.56 
 
 		 267 aa  249  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.282051  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2371  tryptophan synthase subunit alpha  51.52 
 
 		 264 aa  246  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0243163  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0895  tryptophan synthase subunit alpha  49.81 
 
 		 267 aa  246  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.76e-31 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2043  tryptophan synthase, alpha subunit  48.83 
 
 		 268 aa  246  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0998342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1329  tryptophan synthase subunit alpha  55.06 
 
 		 276 aa  246  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0798301  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1063  tryptophan synthase subunit alpha  51.88 
 
 		 264 aa  241  6e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1254  tryptophan synthase subunit alpha  49.41 
 
 		 266 aa  241  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.521537  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1965  tryptophan synthase subunit alpha  50.92 
 
 		 274 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  46.67 
 
 		 271 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0090  tryptophan synthase, alpha chain  53.36 
 
 		 265 aa  239  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.460509 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2078  tryptophan synthase, alpha chain  48.62 
 
 		 270 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2494  tryptophan synthase, alpha subunit  49.43 
 
 		 267 aa  237  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3047  tryptophan synthase subunit alpha  47.98 
 
 		 272 aa  235  4e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1726  tryptophan synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195248  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2068  tryptophan synthase subunit alpha  47.21 
 
 		 272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.659301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  47.06 
 
 		 271 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0871  tryptophan synthase, alpha chain  48.86 
 
 		 268 aa  232  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.675089  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0911  tryptophan synthase, alpha subunit  46.43 
 
 		 272 aa  232  5e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000294001  hitchhiker  0.0000000028477 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1913  tryptophan synthase, alpha chain  46.1 
 
 		 273 aa  231  8.000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.075631  normal  0.497259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1811  tryptophan synthase subunit alpha  46.69 
 
 		 265 aa  230  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1981  tryptophan synthase subunit alpha  46.69 
 
 		 265 aa  230  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0328382 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1162  tryptophan synthase subunit alpha  47.74 
 
 		 267 aa  230  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2593  tryptophan synthase subunit alpha  46.49 
 
 		 269 aa  229  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3240  tryptophan synthase subunit alpha  46.49 
 
 		 269 aa  229  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2135  tryptophan synthase subunit alpha  46.69 
 
 		 265 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.192647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1333  tryptophan synthase, alpha subunit  49.63 
 
 		 277 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5244  tryptophan synthase subunit alpha  49.18 
 
 		 269 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776632 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2879  tryptophan synthase subunit alpha  46.61 
 
 		 270 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.526675  normal  0.678186 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3855  tryptophan synthase subunit alpha  49.37 
 
 		 271 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0804  tryptophan synthase, alpha subunit  46 
 
 		 272 aa  226  4e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.28241  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4620  tryptophan synthase subunit alpha  47.19 
 
 		 271 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.26381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  49.15 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  46.84 
 
 		 265 aa  223  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1693  tryptophan synthase subunit alpha  43.78 
 
 		 271 aa  222  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000483828  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1214  tryptophan synthase subunit alpha  45.72 
 
 		 285 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0210268 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1863  tryptophan synthase subunit alpha  40.08 
 
 		 262 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  45.2 
 
 		 265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.477219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  48.1 
 
 		 271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2477  tryptophan synthase subunit alpha  47.39 
 
 		 269 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.854745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3061  tryptophan synthase subunit alpha  47.08 
 
 		 273 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.691783  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3617  tryptophan synthase subunit alpha  45.97 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2465  tryptophan synthase subunit alpha  46.91 
 
 		 265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  41.79 
 
 		 268 aa  219  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1787  tryptophan synthase subunit alpha  47.18 
 
 		 273 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2156  tryptophan synthase subunit alpha  46.49 
 
 		 272 aa  218  7e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.156155  normal  0.0897889 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1557  tryptophan synthase subunit alpha  46.27 
 
 		 270 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1683  tryptophan synthase subunit alpha  47.92 
 
 		 271 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1237  tryptophan synthase subunit alpha  45.88 
 
 		 274 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.763489 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1268  tryptophan synthase subunit alpha  41.95 
 
 		 272 aa  217  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1803  tryptophan synthase, alpha subunit  47.56 
 
 		 273 aa  217  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1156  tryptophan synthase, alpha subunit  43.51 
 
 		 265 aa  216  4e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2808  tryptophan synthase subunit alpha  43.55 
 
 		 267 aa  216  4e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0645  tryptophan synthase subunit alpha  46.59 
 
 		 268 aa  215  5.9999999999999996e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>